大清王朝自公元1644年入關以來，迅速從一個佔據東北的部落一躍發展為屈指可數的強大帝國，但在開國初期叛亂頻發，清朝中國的控制實際只有一半。
準噶爾汗國，維吾爾語：（جوڭغار）是準噶爾部落首領噶爾丹於1676年建立的。此時，正是沙皇俄國瘋狂向外擴張的時期，為達到侵略中國西北的目的，沙俄對噶爾丹進行拉攏利誘。康熙二十六年（1687年）噶爾丹割據一方的野心愈益膨脹，終於向歸附了清朝的喀爾喀蒙古發起進攻。
康熙時期
西北之亂
康熙二十九年（1690年），康熙皇帝決定親征噶爾丹。他令軍隊分為左右兩軍從河北出發，迂迴北進包圍噶爾丹部於烏蘭布地區。烏蘭布地區北面靠山南面有高涼河，噶爾丹背靠山水佈陣，讓萬餘駱駝縛蹄臥倒，讓它們背上木箱並用打溼的氈布蓋上，擺成一條如同城柵的防線，謂之“駝城”。令士兵於駝城之內，依託箱垛放槍射箭。康熙以火槍部隊在前，火炮部隊在中，步騎兵在後，隔河佈陣。進攻前先令軍隊先集中火銃火炮，猛烈轟擊對方駝陣，自午後至日落，將駝陣一轟為二，然後揮軍渡河以步兵從正面發起衝擊，又以騎兵從左翼迂迴側擊，噶爾丹大敗，倉皇將撤退，逃回科布多時只剩下數千人。此為一平準噶爾。
雍正時期
雍正
噶爾丹死後，噶爾丹策零成為準噶爾汗國首領。他同樣野心勃勃，妄想入主中原。康熙逝世後雍正堅持平定西北叛亂，並設立“軍機處”用來處理西北問題。雍正十年（1732年）七月，噶爾丹策零率兵3萬進攻喀爾喀蒙古領地，但被喀爾喀蒙古軍和清軍兩面夾擊，被驅趕至光顯寺。清軍趁機在光顯寺外側設下埋伏，噶爾丹策零率殘部乘夜拼死突圍，終於逃出蒙古。雍正十二年，噶爾丹策零向清廷請和罷兵，雙方暫時罷戰。
乾隆時期
乾隆
乾隆初年，清朝和噶爾丹策零議和成功，雙方劃定牧場，息兵罷戰。乾隆時期準噶爾汗國曆經數十年戰亂以經破亂不堪，噶爾丹策零死後，準噶爾部貴族為爭奪汗位發生內訌，幾個大部落首領相互攻伐。乾隆皇帝認為時機已經成熟，遂在乾隆二十年時（1755年）發兵5萬，兵分兩路直搗伊犁。由於連年戰亂西域人民對準噶爾貴族的殘暴統治十分不滿，希望早日出現安定和平局面，當清軍前往伊犁途中，準噶爾部百姓“大者數千戶，小者數百戶，攜酮酪，獻羊馬、絡繹道左，行數千裡，無一人抗顏者”。準噶爾部貴族沒有料到清軍會提前行動，部下直接不戰而降，僅少數人帶親信逃往天山以南投奔烏什，結果被烏什擒獲交給了乾隆。
直搗伊犁
至此這場歷經70多年，延續三代人的叛亂終於被平定。在準噶爾部和清朝對峙的70多年裡，清朝統治者對其抱有很深的敵視心理。據清朝文獻記載，乾隆帝在重新統一新疆後為了杜絕後患，採取了極為殘酷的屠殺政策。 準噶爾原有60多萬人口，由於戰爭，內訌，瘟疫，清軍屠殺、擄掠、逃亡、最後僅剩7萬餘人。