微量營養元素包括鋅、硼、鉬、錳、鐵、銅6種，是作物生長髮育必需的，僅僅是作物對這些元素需要量極小，所以稱為微量元素。在20世紀50`60年代以施用有機肥為主、化肥為輔的情況下，微量元素缺乏並突出，隨著大量元素肥料施用量成倍增長，作物產量大幅度提高，加之有機肥料投入比重下降，土壤缺乏微量元素的狀況也隨之加劇。但是不同土壤質地，不同作物對微量元素的需求存在差異，應根據土壤微量元素有效含量，確定其豐缺情況，做到缺素補素。一般情況下，在土壤微量元素有效含量低時易產生缺素症，所補給的微量元素才能達到增產效果。
作物對微量元素的需要量雖少，但在缺素或潛在缺素土壤上施用相應的微肥，可大幅度地提高作物的產量和改善農產品的品質。在微量元素缺乏的 土壤上施用微肥，除提高產量外，還有改善產品品質的作用。此外，施用微肥還能增加作物對病害、低溫、高溫和乾旱等的抗性，但土壤中微量元素含量過高或微肥施用過量，均會嚴重降低作物的產量和品質
鐵：鐵是光合作用、生物固氮和呼吸作用中的細胞色素和非血紅素鐵蛋白的組成。鐵在這些代謝方面的氧化還原過程中起著電子傳遞作用。由於葉綠體的某些葉綠素-蛋白複合體合成需要鐵，所以，缺鐵時會出現葉片葉脈間缺綠。與缺鎂症狀相反，缺鐵發生於嫩葉，因鐵不易從老葉轉移出來，缺鐵過甚或過久時，葉脈也缺綠，全葉白化。
錳：植物主要吸收錳離子。錳離子的細胞中許多酶（如脫氫酶、脫羧酶、激酶、氧化酶和過氧化酶）的活化劑，尤其是影響糖酵解和三羧酸循環。錳使光合中水裂解為氧。缺錳時，葉脈間缺綠，伴隨小壞死點的產生。缺綠會在嫩葉或老葉出現，依植物種類和生長速度而定。硼：硼與甘露醇、甘露聚糖、多聚甘露糖醛酸和其他細胞壁成分組成穩定的複合體，這些複合體是細胞壁半纖維素的組成成分。同時硼還參與植物傳粉授精作用，抑制酚類合成對幼芽的傷害。
鋅：是乙醇脫氫酶、穀氨酸脫氫酶和碳酸酐酶等的組成成分之一。缺鋅植物失去合成色氨酸的能力，而色氨酸是吲哚乙酸的前身，因此缺鋅植物的吲哚乙酸含量低。鋅是葉綠素植物的必需元素。鋅不足時，植株莖部節間短，蓮叢狀，葉小切變形，葉缺綠。
銅：銅是某些氧化酶（如抗壞血酸氧化酶、酪氨酸酶等）的成分，可以影響氧化還原過程。銅又存在葉綠體的質體藍素中，後者是光合作用電子傳遞體系的一員。缺銅時，葉黑綠，其中有壞死點，先從嫩葉葉尖起，後沿葉緣擴展到葉基部，葉也會卷皺或畸形。缺銅過甚，葉脫落。
鉬：鉬離子是硝酸還原酶的金屬成分，起著電子傳遞作用。鉬又是固氮酶中鉬鐵蛋白的成分，在固氮過程中起作用。缺鉬時，老葉葉脈間缺綠，壞死。而缺鉬則使花椰菜葉皺卷甚至死亡，不開花或花早落。氯：在光合作用水裂解過程中起著活化劑的作用，促進氧的釋放。根和葉的細胞分裂需要氯。缺氯時植株葉小，葉尖乾枯、黃化，最終壞死。根生長慢，根尖粗。
鎳：鎳是脲酶的金屬成分，催化尿素水解成二氧化碳和胺根離子。鎳也是氫化酶的成分之一。氫化酶在生物固氮中將氫氣催化成水，為固氮提供氫離子。缺鎳時，葉尖積累較多的脲，出現壞死的現象。
鈉：鈉離子在碳4和CAM植物中催化PEP的再生，鈉離子對許多C3植物的生長也是有益的，它使細胞膨脹從而促進生長。鈉還可以部分地代替鉀的作用，提高細胞液的滲透勢。缺鈉時，這些植物呈現黃化和壞死現象，甚至不開花。