在歷朝歷代的農民起義之中，元末農民起義和太平天國起義有著極為相似的地方。首先他們都是以漢人為主導的推翻異族王朝統治的農民起義（蒙古和滿族），其次起義初期都是以外來宗教作為信仰，元末農民起義受到了波斯明教的影響，而太平天國起義則受到了西方天主教的影響。
太平天國的起義領袖洪秀全在起義以後，也想效仿明朝開國皇帝朱元璋統一天下。1850年，他曾經寫了一首詩，有這麼四句:“明主敲詩曾詠菊,漢皇置酒尚歌風,古來事業由人做,黑霧收殘一鑑中”，赤裸裸地在膜拜朱元璋。
等到1853年太平軍攻佔南京以後，洪秀全還特意跑到朱元璋孝陵面前去祭拜：“不孝子孫洪秀全，率領皇漢天國百官謹祭於吾皇之靈。”洪秀全雖然信天主教，不信孔子，但在朱元璋面前還是自稱“不孝子孫”，把太平天國當成是漢人的王朝去推翻滿人的統治。
但可惜的是洪秀全沒有模仿對朱元璋，比如朱元璋聽了謀士朱升的建議“緩稱王”，但洪秀全在1951年攻擊永安以後就自封為天王，並封了東西南北翼五個王，導致了手下各王之間擁兵自重，相互攻訐，最終導致天京事變。
又如朱元璋勤勉政事，生活上又極其剋制儉樸，像消滅陳友諒以後，手下的官員為了巴結他，給他獻上金鏤床，但朱元璋卻叫人把床砸碎，而洪秀全一攻下南京，就住進了兩江總督衙門，後來又自己修建了天王府，此後就忙著在府裡以婦人為伍和作詩，直到太平天國滅亡。
要說洪秀全沒有模仿朱元璋也是錯的，但他模仿朱元璋做的事情卻最終導致了太平天國的滅亡，那就是洪秀全模仿了朱元璋統一天下的軍事路線。
朱元璋攻下應天以後，同時面臨著元朝、陳友諒、張士誠的威脅，先消滅誰成了朱元璋集團裡爭論的問題。最後，朱元璋決定先消滅上游陳友諒，待平定南方以後，再集合兵力北伐，最終統一了天下。
在攻佔武昌以後，洪秀全也有兩個選擇，他可以揮師北上，率領太平軍直指清廷腹地北京，另一條路線則是東下南京，以此為據地，和當年的朱元璋一樣，通過西征和北伐統一天下。洪秀全和他的從屬們選擇了第二個方案。
朱元璋之所以作出先西征再北伐的軍事策略，主要是因為處於上游的陳友諒有實力有野心，並且佔據了地利。朱元璋無論是動兵北伐還是攻打下游的張士誠，陳友諒都會趁虛而入，自上游而下進攻應天。
而元朝則是有種坐山觀虎鬥，想看朱元璋、陳友諒、張士誠鬥得三敗俱傷，再出兵南下，打倒那個最後的獲勝者。張士誠本人則沒有太大的野心，雖然有錢但沒有實力。因此朱元璋可以從容和陳友諒在鄱陽湖一戰，勝利的人再踩著對方的屍體去征服天下。
洪秀全當時的對手也主要有三個，清廷、西方列強和士大夫地主階級。
清廷作為天下的統治者，肯定不允許內亂，而且江南是清朝財賦、漕糧主要徵收地區，是朝遷的錢包子，長江又是當時中國重要的交通動脈，“南北之漕運不通，淮揚之鹽綱亦廢”，南京的得失直接關係到清朝的前途。因此當知道太平軍攻佔南京時，咸豐皇帝“茫然無措”，多次下令江南大營馬上收復南京。
鴉片戰爭以後，西方列強通過和清朝簽訂一系列的不平等條約，在長江沿岸建立了通商口岸，並以此為據點傾銷鴉片，剝削和壓迫中國百姓，天京及周圍地區是西方列強特別是英國的勢力範圍。洪秀全雖然信天主教，卻不和外國人合作，直接侵害了他們的利益。
洪秀全他們反對孔子，要平均地權，使耕者有其田，更是動了士大夫地主階層的蛋糕。清廷為了鎮壓太平天國，允許漢官發展團練民兵，作為士大夫階層代表的曾國藩因此才得以在1854年組建湘軍，成為鎮壓太平天國運動的先鋒和主力軍。
因此，洪秀全在佔領天京以後，勢必會面臨著中內外三方勢力的排擠和鎮壓，不能像朱元璋一樣自如地先消滅西邊的陳友諒，再去滅掉其他勢力。
而且在攻佔天京的過程中，洪秀全犯了一個致命的失誤。在攻佔天京的過程中，洪秀全放棄了在武昌的一切，“略城堡，舍要害，專意金陵”，最後雖然佔領了天京，卻使天京城處於一座孤城之中。
武昌是兵家必爭之地，控制武昌相當於掌握了長江上中游地區的軍事主動權，但是洪秀全卻傾家而出，不僅放棄了武昌，連安慶、九江等要地都沒有佔。
起義之初，清政府正處於茫然無措之中，清軍將領也貪生怕死，不敢帶兵和太平軍死磕。洪秀全完全有機會可以在攻佔了武昌、安慶等要地後，留一部軍隊駐守，或者進行擴軍，就地增加兵源用於防守。可惜的是，太平軍沒這麼做，這不得不說是一個非常重大的戰略失誤。
等到攻下天京以後，洪秀全發現天京上游的安慶、武昌已經被緩過神來的清廷攻佔了，而且在天京周圍設了江南、江北兩座大營，對天京城直接構成了軍事威脅，天京不僅成了一座獨城，還是一座危城。此時明白過來已經晚了。
為了保衛天京城的安全，他們不得不傾主要兵力進行西征，同時用派中層將領率小股部隊進行北伐，以分散清朝的注意力，牽制清兵主力。
就西征而言，由於石達開所部的能征善戰，取得了一系列的勝利，讓太平天國在軍事上一時達到了頂峰。但從局勢上來看，對太平天國卻極為的不利。
一方面清朝已經從起義之初的驚慌無措中想到了解決的辦法，那就是以漢制漢。1954年，曾國藩組建湘軍，雖然成立之初，屢戰屢敗，但也消耗了太平天國大量的精力來應付。等到後來，曾國藩練兵有成，又有英國人的洋槍隊相助，在軍事實力上已經完全不遜色太平天國。
另一方面，由於西征的勝利，為天京營造了一個穩定安全的大後方，再加上北伐軍的失利，讓太平天國對北伐沒了興趣，此後再無北伐之舉。
洪秀全、楊秀清等領導階層沒有了危機意識，過著貪圖享樂的日子，並開始了爭權奪利，最終導致了天京事變，太平天國自此衰落。
從事後諸葛亮的角度來說，太平天國唯一的生機就是攻佔下武昌後，利用河南軍事防範不足，和列強短暫的中立時間，發兵北伐，消滅清廷。
“一打天京，二打北京”的戰略雖然比不上直接在武昌時就揮兵北上，卻也有勝利的機會。可惜的是，在攻佔下天京以後，洪秀全等人喪失了起義之初的進取心，為了營造一個安穩的後方，大舉西征，錯過了最好的機會。
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