在長三角一體化實現的具體路徑中，區域合作是最主要的表現形式。
從全球看，以政府間合作為主的區域合作，已成為了建立相對統一市場、應對經濟全球化中的挑戰、擺脫惡性競爭、增強區域發展競爭力等重要手段。
從中國看，長三角地區則是區域合作中的典型和模範，這從計劃經濟時代的華東局（1945-1954）就已開始。當下的一個實踐是，江浙地區的縣級以上地方政府，每年都會在上海舉辦招商會。
顯然，因為掌握著絕對數量的社會資源，並承擔著發展與治理地方的職能，政府在促進一體化中扮演著非常關鍵的角色。
所謂區域一體化中的政府間合作，指的是不同地區的同級政府或不同級政府就有關雙方共同利益問題進行磋商，通過加強彼此合作形成互補關係，形成一個不受地域限制的產品、要素、勞動力、資本等自由流動的區域環境，最終促進整個區域經濟和社會利益最大化和強勁的外部競爭力。
在長三角一體化正式上升為國家戰略之前，或者說在2018年之前，基於之前的發展階段，在權衡整體與局部利益時，地方政府通常會擇優選擇有利於地方的局部利益，因此，長三角地區已經有了一定合作基礎。
旅遊合作政府“均收益”
現有長三角地區政府之間合作最成功的領域當屬旅遊市場，也就是共同打造的“垮省市無障礙旅遊區”（2003年），可以定義為“共享型合作模式”，將政府間的“互動”上升為“合作”，跨界管理從不可能成為可能。
這一合作模式的契機則是長三角地區政府合作共同面對“非典”以拯救當時急劇下滑的旅遊市場，率先突破了長三角一體化障礙（旅遊產業中的“行政區經濟”障礙，如地陪制、地方旅行社異地經營限制等），使得地方政府和企業利益得到了極大的提升，當地居民、遊客以及諸多關聯產業及其從業者等也成為了間接利益獲得者。
“我們和長三角地區的很多旅遊景點都建立了相互共享資源的協議，共同做大市場。比如，通過我們購買迪士尼的門票價格就相對便宜一點，這在降低遊客成本的同時也增加了自身的收入。”常州龍城旅遊控股集團總裁、黨委書記唐華亮說，當下總體經濟下行趨勢明顯，但消費並沒有受到根本性影響，而旅遊等服務業具備反經濟週期的作用，因此，在經濟低谷期，通過旅遊來促進消費對經濟增長起到了非常明顯的貢獻。
長三角地方政府打造的“跨省市無障礙旅遊區”，證明了政府合作收益與成本的關係：合作之前，各地政府都能獲得一定的收益，但收益較小；合作後，各方利益特別是“淨收益”得到了顯著增長。這是合作的基礎。從近些年“旅遊聯盟”等多個會議通報的數據看，各方收益已進入“均衡狀態”。
也就是說，全球化、經濟一體化以及政府治理的變革帶來了無限市場，不去拿市場就會在變革中處於劣勢。現在看來，長三角地方政府以旅遊為切入口，充分發揮了市場在旅遊資源配置中的決定性作用，率先實現了國家提出的長三角一體化的戰略目標，實現了多方共贏局面，也體現了對國家使命的完成。
基建合作“補償利益”
不過，在長三角內部，因合作利益不均等，地方政府之間的“討價還價”亦是常態，這以“十一五”期間交通部規劃建設的重點項目—-申蘇浙皖高速公路為典型，特別是江蘇段（蘇州市吳江區）建設一度陷入“建設停擺”的僵局長達2年之久。
儘管這一高速公路是由國家立項，但根據《公路法》，地方政府也掌握了規劃、項目審批、監督管理、評估驗收等諸多關鍵環節，涉及到太多的利益關聯方。
有參與當時建設領導小組的吳江區官員回憶說，修建高速公路會佔用大量土地，吳江境內水網密度高、湖泊佔比大，建設成本會大幅提升，而國家給予的支持是一樣的，並且當時建設用地十分有限、且能夠用於交通的用地比例更小，因此蘇州的積極性不高是符合理性判斷的。
在經過一系列的艱苦談判後，交通部、江蘇省、浙江省出面協調，國家層面將原有的雙向4車道升級為雙向6車道，並由上海同意蘇州—上海再增加一條入滬通道（S26，2010年通車），同時，江蘇省政府答應給予蘇州土地指標補貼，湖州給予蘇州相應補貼，最終實現了合作。
這是長三角地區內部地方政府之間“比較利益型”合作模式，即，合作中的初始收益不均衡，因增加了對收益少的一方補償，從而促使雙方收益走向均衡，建立起合作伙伴關係的一種合作模式。
環境跨界治理“先損後益”
在不同地區政府合作中，如果一方收益、一方損益，那麼是否可以形成利益均衡機制？這體現在了跨界水汙染協調治理上，是為“損益型”合作模式。
發生在江蘇吳江和浙江嘉興之間經過10年的艱苦治理，最終形成了中國跨行政區水汙染協同共治的典範，其經驗得以向全國推廣。
事後看，這一跨省河流汙染維權事件，是當時上游城市對於經濟增長的片面追求與下游生態環境保護之間的矛盾，形成了兩地政府的博弈，而上游水汙染引發的下游民間自發性保護行為則將這一衝突白熱化。這一合作，從當時的歷史看，則是城市政府之間被上級政府施壓下的被動行為。
事實上，在有關共同治理協議和上游政府對重點產業實施調整後，水質提前達標，僅用了不到2年時間就完成了中央的要求。從此，兩地政府開始真正都意識到，以鄰為壑只能損人不利己，只有協商共治才能實現區域共同發展。
如今，經濟利益最終讓位於環境生存權利，流域上下游政府不同時期的首要關注利益發生了根本性轉變，當今對環境的保護已是政府間自我主動保護行為。2005年，發生在同一地點流域的酒精廢水意外洩漏事件讓兩地環保協商機制得到了考驗，雙方第一時間啟動合作機制，3天后恢復正常供水。
兩地政府合作之後，原先受益一方的受益水平有所下降，受損一方的收益有所增加。但是，上游城市通過調整完成了產業轉型升級，下游獲得了賠償，建立了水質自動監測站、自來水廠、汙水處理廠等，流域環境和發展水平得到了改善。
獲得合作淨收益
這一跨省水環境共治機制的建立，意味著城市合作中，市場力量是推動跨界合作的主導力量，企業、非政府組織等政府之外的參與者在區域合作中都有可能發揮更加重要的力量。
在中國市場經濟和相對統一市場尚未成熟的前提下，政府的政策和行為導向仍然在區域一體化資源配置中扮演著支配者的角色，在跨區域合作中繼續發揮主導地位。
從跨域水環境治理案例可以看出，地方政府的博弈可能會因為上級或民間而發生結構性變化，只有順勢而為、積極引導，才能實現危機的轉變，發揮出城市合作的積極正面效應。
可見，政府之間的合作，必須滿足一定的前提：合作的預期收益大於非合作收益、合作收益大於合作所需的成本，合作者都能獲得淨收益。
是以，有參與國家發改委關於新一輪長三角一體化的學者表示，在上升為國家戰略後，長三角地區要實現更高和更深層次的開放、開發，各地政府應當進一步建立健全合作互信、對話協商、利益共享、監督約束等區域合作機制，特別是積極向中央爭取條件建立有三方（多方）投資參與的、利益共享的項目和機制。（作者：王海平）
資料來源：中國經濟信息社江蘇中心、21世紀經濟報道