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風水又稱堪輿，是中國古代一種神祕的方術，主要通過對城鎮、村落、建築、目的的地形、方位的觀測來確定選址和佈局，達到趨吉避凶的目標。風水術經過歷代傳承，對中國古代城市和建築影響非常深遠，但今天對風水的評價存在著很大的茶几，有人認為其中包含著古代樸素的環境科學原理，有人認為主要反映的是封建迷信糟粕。
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北京四合院屬於“陽宅”的範疇，也有很多風水上的講究。一般來說，考察一個宅院的選址好壞，要看它與周圍道路、樹木以及其他住宅的關係，同時對住宅平面的輪廓形狀也有要求。
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北京四合院以長方形為最吉，南窄北寬的梯形以及方形也算是吉地，而南寬北窄的梯形以及曲尺形則被視作不吉。
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方位方面，坐北朝南是最好的朝向，也是大多數四合院的實際建造模式，其他的禁忌包括宅門不能正對著走路的走向，鄰居住宅的房屋不能太高等等。
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宅門一般位於東南方，廁所多在西南方，也都是從八卦方位得到的啟示。
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此外中國自古有一個成語叫“門當戶對” ，但從風水的角度來講，位於同一條衚衕兩側人家的宅門是絕對不能相互直對的，據說會對兩家主人有很大的妨害。不過從環境心理學的角度看，兩家戶門如果彼此相對，也確實會帶來視線干擾的問題，並影響各自的出入。
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中國風水最注重“藏風聚氣”，這個“氣”的含義很玄奧，有多種解釋。通常宅門偏於一側，門對照壁，便可防止“氣”隨便洩走。
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另外北京人也重視“接地氣”，就是認為人不能離開大地，一定要抓在與地面直接氣息相通的平房中，所以即便設有樓閣，也主要用於觀景和儲藏東西，並不住人。
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更講究的風水師要使用一種叫做“門光尺”的特殊工具，這種尺又叫“魯班尺”，上面每尺分為八寸，在刻度的位置分別標註“財”、“病”、“離”、“義”、“官”、“劫”、“害”、“吉”等字樣，通過一套複雜的計算方法來確定建築門窗的尺度。這些東西未免有故弄玄虛的嫌疑，不值得相信。
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很多四合院受到先天條件的限制，很難完全符合風水的要求，總會有這樣那樣的缺陷。這些缺陷可以通過一些方法來進行調整和變通，包括設置影壁、石敢當以及在牆上掛一面鏡子等等，據說都有改善風水的作用。
