很多用人單位都有獎懲制度、考勤制度，這其中當然也有關於罰款的規定。那麼公司對員工罰款合法嗎？
案情簡介：李某是一家公司的職員，在該公司從事技術管理工作。該公司的考勤管理制度中規定，員工上班遲到或早退一次，罰款50元，而且規定比上班時間（早9：00）晚到1分鐘也屬於遲到。李某的家離公司比較遠，經常堵車。一般他得早上7點之前從家出發，才能確保不遲到。剛工作的時候，李某還能堅持，後來就不行了，因此經常遲到。每個月公司都要從張某的工資里扣除200左右的罰款，而張某一個月工資也就3000元左右。罰的多了，李某就不服了，認為公司的考勤制度太苛刻，從工資里扣罰款屬於剋扣工資。但是公司認為制訂考勤制度是單位的用工自主權，作為單位的員工就應當遵守，於是雙方就引發了爭議。
仲裁結果：李某向當地仲裁委申請仲裁，仲裁委經審理認為，現實生活中，很多用人單位獎懲制度、考勤制度中經常有罰款的規定。1982年國務院頒佈施行的《企業職工獎懲條例》第11條和第12條授予了企業對員工的經濟處罰權。這是我國勞動法律關係中對企業員工罰款的直接法律淵源。然而，《企業職工獎懲條例》在2008年1月15日被國務院516號令廢止，用人單位對員工的罰款處分，已經沒有法律依據。對遲到的員工不能採取罰款的處理方法，但可以不發給全勤獎，採取扣分、記過、警告等其他方式，往往更能達到管理的效果。對於勞動者的嚴重違紀行為，用人單位可以解除勞動合同。公司對李某實行罰款是違法行為，應當立即將罰款退還給李某。
專家說法：企業設立罰款制度無法律依據。罰款實質上是一方對另一方經濟資源的單方剝奪，這種剝奪無論是形式上還是實質上，都必須要有嚴格的法律依據。根據我國立法法和行政處罰法規定，對財產的處罰只能由法律、法規和規章設定。企業罰款的法律淵源是1982年國務院發佈的《企業職工獎懲條例》，2008年1月15日，國務院公佈了《關於廢止部分行政法規的決定》(國務院令第516號)，明確規定《企業職工獎懲條例》已被《中華人民共和國勞動法》、《中華人民共和國勞動合同法》代替。根據勞動合同法的規定，在簽訂勞動合同的時候，“違反勞動合同的責任”這個曾經的“必備條款”，現在已經被新法所廢棄，故所謂“企業罰款權是契約的一種體現”的依據，就失去了法律支持。
企業罰款權不利於勞資雙方權益保障的平衡。在我國立法並未明文規定企業罰款權，並對適用的情形、程序、罰款額幅度進行嚴格規制的情形下，承認企業罰款權不利於保持企業用工自主權與勞動者權益保障的平衡。企業行使經濟處罰權是以剝奪勞動者的經濟利益為代價的，對勞動者是不公平的。假如允許，由於勞動者在勞動關係中事實上的弱勢地位，企業很容易憑藉其優勢地位，濫用罰款權，隨意處罰勞動者，故司法機關不應支持企業依據內部罰款制度對勞動者剋扣工資。
企業罰款制度應被其他合理的制度所替代。我國勞動合同法實施以後，企業應適應新的要求，完善內部的勞動規章制度。廢止前的懲戒措施被現行法律部分替代：開除、除名被法律規定的懲戒性解僱替代;責令賠償經濟損失被賠償金和賠償經濟損失替代;行政處罰性質的一次性罰款實際上被禁止。對於勞動者的嚴重違紀行為，用人單位可以解除合同;或者企業採取複合工資制工資，即多個組成部分的累加，有相對固定的，如崗位、職務、技能工資等，也有相對浮動的，如提成工資、績效工資、各種獎金等，注重及時考核，強調對員工進行激勵;對遲到的員工進行罰款不妥，但可以不發給“全勤獎”，採取扣分、記過、警告等等其他方式，往往更能達到管理的效果。