戊戌變法失敗後，光緒皇帝被慈禧囚禁在三面環水的瀛臺。此時的光緒，成了百分之百的傀儡。每當早朝時，光緒離開瀛臺，走進大殿，像木偶一樣走完過場，然後再被送回瀛臺，處於嚴密看管之中。
而慈禧，以訓政的名義重掌天下。
對於光緒在戊戌變法中的表現，慈禧憤恨不已，她把康有為等人謀劃的”圍園殺後“算在了光緒頭上，聲稱他恩將仇報、禽獸不如。
慈禧曾經謀劃著廢掉光緒，甚至是殺死光緒。可是外有諸多列強的干預，內有劉坤一等封疆大吏的反對，慈禧一直投鼠忌器，不敢下手。
不過，聰明如慈禧，總有辦法對付光緒。
據一位慈禧宮中的太監回憶：
戊戌政變後的第二年，也就是1899年的冬天，有一夜天降大雪，氣溫驟降。半夜時分，慈禧突然喊來太監，讓他去給光緒送一件狐皮大衣。
慈禧對太監說：天兒冷了，皇帝那裡更冷，你給他送去這件大衣，說我惦記著他呢。
太監領命，剛要走，慈禧又把他叫住，讓他把下面的話告訴光緒。
慈禧說：你告訴皇帝，這件大衣的鈕釦都是金子做的。今天的日子我也查了，是黃道吉日。這句話，你要對皇帝重複幾遍。
太監拿著大衣，來到冷颼颼的瀛臺，把慈禧讓他說的話，都說了。尤其是最後那句話，重複了好幾遍。
最後，光緒聽得不耐煩了，大聲地說道：太后的意思我懂，但那是不可能的。你告訴她，鈕釦是金子的便是金子的，今日是黃道吉日便是黃道吉日，但它們與我何干？
太監把光緒的話告訴慈禧後，慈禧憤恨不已。但她也無可奈何，因為英國公使曾經給清廷發去照會，他們只認光緒皇帝，別的皇帝他們不承認；英國公使還派西醫去給光緒檢查身體，結果是並無大礙，然後英國公使又照會清廷，如果身體基本健康的光緒皇帝突然發生不測，那麼將對清廷與大英帝國的友好關係產生很大的不利。
慈禧天不怕地不怕，可她怕洋人啊。於是，光緒皇帝一直安然無恙。
不過，慈禧的脾氣畢竟是暴烈的。因為她覺得洋人欺她太甚，情緒長期積累，這才有了後來的義和團運動和“同時對十一國宣戰”，以及接踵而至的庚子國難。
據說，被囚禁在瀛臺的時候，光緒特別喜歡西洋的鐘表。這是一個象徵：相對慈禧來說，他最大的優勢便是年輕，時間站在他的這一邊。他堅持不自殺，是想熬到慈禧先死。
可惜，就在慈禧死去的前一天，光緒皇帝先一步辭世了。