阿古柏入寇新疆——左宗棠：不復新疆誓不還，慈禧：準！
大小和卓被征服之後的平靜只是又一次風沙到來前的暫時的靜謐。 也許是天山南北的綠洲太神奇、太富庶了，這裡不但響起了俄羅斯人滑膛槍和火炮的轟鳴聲，而且遠隔重洋的英國人也伴著聲聲駝鈴不期而至。整個新疆皆淪入外人之手。清同治四年（1865）至六年（1867），中亞浩罕汗國大臣塔吉克人阿古柏佔領了整個南疆，建立了中國近代史上第一個外國割據政權--哲德沙爾汗國。
同治九年（1870），披著宗教聖戰外衣的阿古柏相繼攻陷了烏魯木齊、吐魯番，並先後贏得了俄國和英國的承認。就在阿古柏侵佔烏魯木齊的同時，俄國人搶先發兵佔領了新疆伊犁地區，並聲稱為清廷代管。至此，整個新疆面臨著徹底丟失的危險。 一場有名的“海防”與“塞防”之爭在朝廷爆發。第一權臣李鴻章以新疆乃洪荒邊遠之地為由，執意要放棄新疆。 “我退寸，而寇進尺！”發出錚錚鐵言的是一個名叫左宗棠的湘軍猛將，當時的職務是陝甘總督。 兩人吵翻了天。好在慈禧太后支持了左宗棠，這是一生做盡壞事的“老佛爺”有數的幾個明智決定之一。
清軍最害怕的是軍艦，但新疆沒有海洋，鴉片戰爭的慘敗並不代表以騎兵為主的清軍在陸地上沒有機會。清光緒二年（1876），左宗棠在65歲的多病垂暮之年接受了“欽差大臣，督辦新疆軍務”的重任，在一個沒有風、沒有月、沒人送行的日子裡，率6萬湖湘子弟鏗鏘西行。白雪皚皚的祁連山下，車轔轔，馬蕭蕭，獵獵長風捲起了已經威武不再的龍旗。軍陣裡，士兵們抬著左宗棠的棺材。將有必死之心，士無貪生之念。
在短短一年多時間裡，他們“先北後南，緩進急攻”，迅速掃蕩了阿古柏並收復了天山南北160萬平方公里的國土。 這是晚清夕照中最輝煌的一筆。左宗棠藉此昂然進入了民族英雄的序列，而且他也進入了中國常勝將軍的行列。在他之前稱得上常勝將軍的唯有漢朝的韓信、唐朝的李靖、宋朝的岳飛。 據說他還下達了一道命令，部隊開到哪裡，大路就修到哪裡，楊柳就栽到哪裡。結果，從潼關到嘉峪關3700裡的漫長距離內，生長起一條綠色的長廊，那行遺世而獨立的“左公柳”，成為中國西部一根倔犟的脈絡和一道不老的風景。
繼任者楊昌浚賦詩讚嘆道：“大將籌邊尚未還，湖湘子弟滿天山。新栽楊柳三千里，引得春風度玉關。” 光緒二年至五年（1876-1879），清朝竟然控制了新疆並站穩了腳跟，還打了一連串久違的勝仗，這令俄國人十分吃驚、大失所望。依照俄國過去所做的承諾，必須無條件地從伊犁撤退。但俄國人此時卻要求就撤退的條件談判。 談判似乎是大清王朝的命門。最後，聲稱暫時代管伊犁的俄國人總算歸還了伊犁，但卻藉機割佔了3萬平方公里的土地，得到了500萬兩白銀的軍事賠償。地球上那片可憐的“海棠葉”又被“北極熊”狠狠地咬了一口。
光緒十年（1884），清朝正式在新疆建省，並取“故土新歸”之意將西域改稱“新疆”。新疆軍政中心由伊犁遷到迪化（今新疆烏魯木齊）。