清君側，單叢字面上看就是清除皇帝身邊的亂臣賊子，奸邪小人。但是真正的目的不是“清”，而是“君”，而所謂的側，只不過是一個冠冕堂皇的藉口罷了。清君側都是造反的一塊遮羞布。
洪武三十一年，（1398）年。明太祖朱元璋去世，傳位給孫子朱允文，史稱建文帝，建文帝登基這事鬧的有點不愉快，為什麼呢？朱元璋的膝下有一大堆兒子，雖然大太子朱標早逝，朱元璋完全可以從別的兒子裡面選一個來繼承皇位，但是他沒有這麼做，而是把皇位傳給了孫子，這下兒子們心裡就有疙瘩了。朱允文當上皇帝之後心裡也不踏實。怎麼呢？他往那龍椅上面一座，往下一看就什麼都明白了：我這個年紀，這些叔叔們一個個虎視眈眈的盯著我的皇位，而且現在只有南京在我手裡，天底下的其他地方都分出去了，這個叔叔在這兒封王，那個叔叔在那兒封侯，這個皇位怎麼能坐的安穩。
當然，朱元璋活著的時候想的很周到，這些兒子都大了都被封了藩王，分管天下各省，沒事的時候不允許他們到首都南京來，而且不允許他們同時離開各自的屬地。反正就是想方設法地把他們牽制在各自的領地裡，為的就是給孫子朱允文一個太平天下。
建文帝登基之後，身邊有兩位官員，一個叫齊泰，一個叫黃子澄。這倆人沒事的時候就建議皇帝削藩，理由是皇帝的這些叔叔太厲害了，每個人都擁兵自重。建文帝越聽越有理，於是決定削藩，他這一削藩幾個叔就遭殃了，今兒被拿下一個縣，明兒被逮起來。到最後建文帝的四叔也就是燕王朱棣坐不住了一看不能再等了，再等下去，我就該完蛋了，於是找了個藉口開始“清君側”。
什麼藉口呢？當年朱元璋寫過一個《皇明祖訓》，是專門寫給孩子門看的，裡面規定了什麼能做，什麼不許做。裡面提到了這麼一句話“如朝無正臣，內有奸惡，則親王訓兵待命，或領正兵討平。”意思就是說如果朝廷裡沒有好官了，都是奸臣當道，就可以帶著兵來征討，以清理皇帝身邊的奸佞小人。這幾句話算是給朱棣找到了合適的藉口，於是開始了名正言順的“清君側，”於是就有了著名的靖難之役。
戰爭的過程很殘酷，這裡就不一一細說了。到了1402年，朱棣的清君側終於成功，建文帝兵敗，被逼退位，也有說剃度以後跑到海外了，之後的鄭和七次下西洋據說就是朱棣派去尋找朱允文了。
同年，朱棣登基，史稱“永樂大帝。” 歷史上第一次大規模的“清君側”，也是唯一成功的一次，以朱棣的取勝劃上了句號。