提起司馬遷，人們首先會想到有關他的兩件事，一是他撰有偉大的歷史著作——《史記》，一是他受過宮刑。可以這麼說，由於司馬遷的名氣，在宮刑的人物史上，司馬遷是非常重要的一位，他也就與宮刑結下了不解之緣，雖然他生前把宮刑當作奇恥大辱。司馬遷與宮刑的關係，也是歷代史家和學者研究司馬遷時避不開的一個話題。究竟宮刑給司馬遷和《史記》帶來怎樣的影響，歷來眾說紛紜，莫衷一是。
較普遍的觀點是，司馬遷因李陵之禍慘遭宮刑是他個人生活的悲劇，卻是《史記》增色的新起點。天漢三年(前98)，正當司馬遷埋頭著述《史記》的工作進入高潮，“草創未就”之時，突然飛來橫禍，受李陵案的株連被下獄受腐刑。司馬遷身受腐刑，人處逆境，體味三重，對封建專制社會的世態炎涼、人情冷暖與權勢浮沉有了更清醒的認識，從“以求親媚於主上”的立場轉而“發奮著書”，對國事世事從此冷漠不再關心。他因“意有所鬱結，不得通其道，故述往事，思來者”，抒憤寄託，強烈地表達他的是非觀點和愛恨感情，從而昇華了《史記》的主題。這就是這種“較普遍觀點”的推理邏輯，它的潛在話語是宮刑成就了司馬遷，司馬遷因宮刑而使《史記》的思想性與文學性更上一層樓。這種邏輯的極端發展是，明代的部分史家甚至認為要成功先自宮，不免讓人想起了東方不敗，但是下一句是若不自宮也能成功。
很明顯這種邏輯是基於司馬遷一定能戰勝宮刑帶來的奇恥大辱和痛苦使人深刻這兩種前提的。其實面對宮刑所帶來的奇恥大辱，在生與死的選擇上，司馬遷徘徊了多時。雖然他最終為了那無聲的立言事業選擇了生，但“刑餘之人”的痛苦一直煎熬著他的後半生。所以我們不能僅從司馬遷最終戰勝困難的結果，從而把過程想得太輕鬆，高估宮刑的積極意義，其實個人認為司馬遷的作品有不少悲觀因素以及反對聲音是與自身處境有關的，比如說對秦始皇的評價，似乎有點兒過於反對專制了。
在傳統的倫理觀念中，“詬莫大於宮刑”，“刑餘之人”是被人看不起的。司馬遷在《報任安書》中說：“夫中材之人，事關於宦豎，莫不傷氣，況慷慨之士乎!”所以司馬遷視腐刑為奇恥大辱，不僅“重為鄉黨戮笑”，而“汙辱先人，亦何面目覆上父母之丘墓乎?”司馬遷出獄後，被漢武帝任命為中書令。此職本由宦官擔任，是皇帝身邊機要祕書長官，侍從左右，出納奏章，位卑權重，被朝臣目為“尊崇任職”。司馬遷不以為榮，反以為辱，也就不難理解了。
在《報任安書》中他滿懷悽愴地訴說他的痛苦：“太上不辱先，其次不辱身，其次不辱理色，其次不辱辭令，其次詘體受辱;其次易服受辱，其次關木索被菙楚受辱，其次剔毛髮嬰金鐵受辱，其次毀肌膚斷支體受辱，最下腐刑極矣。”司馬遷一氣排列了十種恥辱，都是人世間的極大不幸，而“最下腐刑極矣”。一個“最”字，還要加一個“極”字，可以說把辱寫到了極點，司馬遷也痛苦到極點，“是以腸一日而九回，居則忽忽若有所亡，出則不知所往。每念斯恥，汗未嘗不發背沾衣也。”經歷如此痛苦，司馬遷多次想自殺。“僕雖怯耎欲苟活，亦頗識去就之分矣，何至自湛溺縲紲之辱哉!且夫臧獲婢妾猶能引決，況若僕之不得已乎!”平民奴婢面對羞辱尚且去死，何況我一個堂堂士大夫呢?司馬遷一遍遍地拷問著自己。
但若是這樣輕易死去，不能留功名與後世，“若九牛亡一毛，與螻蟻何異?”況且又怎能對得其父親的臨終囑託?這種痛不欲生的心境，這種矛盾交織的狀態，嚴重影響了司馬遷的創作思考和寫作進程，以至於到太始四年(前93)，司馬遷寫《報任安書》時，《史記》仍未最後定稿。父子兩代人就《史記》寫了幾十年仍未完成，一方面說明他對史家職責的認真，但也不能不說明司馬遷因宮刑在創作上受到了巨大幹擾。由此看來，宮刑實際上對司馬遷進行《史記》的創作起到了反面的作用，而不像那些論者僅從結果來看顯得那麼積極。
如果說宮刑之於司馬遷真有幫助的話，那就是使他思想上更深刻，在對封建專制的批判上更強烈、更少顧忌，所以有人說《史記》是一部“謗書”。但是這種作用也不能誇大，不應把《史記》的思想性過多地歸結於司馬遷的受刑，這實際上是對司馬遷的貶低。司馬遷之所以有這麼偉大的成就，是多方面因素共同作用的結果，有其父司馬談有意的培養，二十壯遊開闊了視野，良好的家庭教育，其父臨終遺言的鞭策，當上太史令之後能夠“紬史記石室金匱之書”的便利條件，強烈的史官與功名意識，深思好學、忍辱負重的個人素質等。過高地提升哪一個因素的作用，都是不恰當的。
只能說司馬遷是一個絕對的偉人，能夠忘卻自身的屈辱，忍辱負重完成父親的遺願，成就自己的功業，名垂青史的太史公絕對的發憤圖強的歷史典範！