講完紅岸的前世今生後，我們便要回歸三體故事的主線了。接著之前地球三體組織的聚會，葉文潔在講完紅岸歷史後，在汪淼提問的同時，會場的兩扇大門被軍警同時撞開，抓捕行動正式開始。
雖然扭斷潘寒脖子的美麗女孩拿著微型原子彈作為威脅，但史強依靠強大的臨場反應和判斷能力，利用引誘三體組織成員拿取他手中信件擋住女孩視線的瞬間，掏槍射擊，原子彈被子彈擊碎，但並未引發核反應。地球三題組織聚會的成員初少部分被擊斃外，其餘全部被抓獲。
在對葉文潔的審問中，他們得知了雷政委和楊衛寧的死因、伊文斯協同她創建地球三體組織的初衷以及人類正在被三體文明發送到地球的兩顆智子鎖死了地球的基礎物理學研究等事實。
在接下來常偉思主持的會議上，他們根據史強提出的古箏計劃，結合汪淼關於納米材料的研究成果，對第二紅岸基地——也就是“審判者”號——發起了最後的攔截。
在巴拿馬運河的兩邊，他們在審判者號通過之前，按照計劃拉起了由高強度納米材料製作的削鐵如泥的琴絃，隨後，審判者號像且豆腐塊一樣被切割開來，伊文斯被切成了三段，他最上面的一部分臨死前向前爬了一米，在那個方向的電腦裡，他們找到了28G的三體信息。大劉向我們披露了其中兩大部分信息：
1、監聽員
三體世界有類似於地球紅岸基地的組織，當然也有類似葉文潔的角色，三體的這位監聽員在首次收到葉文潔地球發來的信息時，大劉對於這段的細節描述和對當時葉文潔的描述及其相似，這是一種故意為之的特寫，這是宇宙文明對於新的文明共同的反應。三體監聽員在看了看了葉文潔的信息後，動了惻隱之心，他不忍三體世界去破壞另一個文明，雖然他知道其他監測點肯定也收到消息了，但還是毅然決然向葉文潔回覆了那份“不要回答”的信息，可惜，在經過對人類社會無比絕望的內心掙扎後，葉文潔已經找不到熱愛地球的勇氣，她還是回覆了信息、暴露了地球座標。
三體監聽員在發佈“不要回答”的消息後，立即被捕。三體世界的元首在和他談過話後，未做脫水焚燒的處罰，而是罰他活下去，去看到他們佔領地球的那一天。
2、智子
三體文明為了限制地球自然科學的發展，保證他們四個世紀後能在絕對優勢下佔領地球，他們制定了智子計劃來鎖死地球物理學的基礎部分，從而讓科技的根基維持在目前水平而不能發生質的飛躍，只能維持在核物理水平。三體文明通過將一個質子二維展開，然後再二維展開形成的巨膜上蝕刻集成電路，通過加載智能操作系統，最後通過收縮成四維度子，質子被成功加工成智子。他們通過量子感應陣列，成功在三體世界操作著智子來影響地球的高能粒子撞擊實驗結果，這也是楊冬的崩潰的起因，丁儀在文章開始向汪淼描述的物理現象就是智子的傑作。
另外智子可以作為高能粒子使膠片感光，還可以在人的視網膜上打出字母或者圖案，這就是幽靈倒計時和宇宙閃爍的真相。
在葉文潔查閱這些三體信息的時候，常偉思將軍主持召開會議，儘管他知道現在他們無時無刻不在智子的監控之下，三體文明最後一次和人類聯絡，並在每個人參與開會的人的視網膜上打上了五個字：你們是蟲子！此後，三體文明和地球三體組織再也沒有聯絡過。
汪淼和丁儀討論起了丁儀最初的發現——宏原子，丁儀在獲知三體文明的智子後，也覺悟到可能宏原子只不過是原子的低維展開，宇宙可能從大爆炸之後，都一直在進行著低維展開，最終會成為一個低維原子構成的宏宇宙，這也是熵的持續增長。這裡大劉的宇宙觀初現，藉著丁儀全盤托出，若是大家看完全部三體，這一切都將會真相大白。
汪淼和丁儀在智子鎖死物理學基礎的前提下，心灰意冷，史強在這時找到他們，在帶領他們觀看了蝗蟲漫天的壯觀場景後，他們兩人豁然開朗：蟲子從來就沒有被真正戰勝過。他們又恢復了繼續工作的熱情。
葉文潔在被捕後，她只有一個要求：想回紅岸基地遺址看看。在她憑藉生命最後的體力爬上雷達峰後，發現基地已經被拆除，她找到了發射信號的天線基座，人類的第一聲呼喚就是通過這裡傳向宇宙。在基座旁，有一塊小小石碑。
葉文潔走到懸崖邊，在這裡她結束了兩個軍人的生命。她的心臟在做最後的跳動，懸崖下邊不遠處的一個村落，她久久地注視著。在生命的最後，她看著西方正在雲海下沉的夕陽，像是一大片壯麗的血紅，輕輕說到：“這是人類的落日……”
在生命的最後，她選擇記住人類的落日，這是否可以理解她人性的迴歸？或許吧。
她死後，葬在她女兒楊冬的墓穴旁邊，也是在她女兒的墓穴前面，在參加地球三體組織最後一次聚會之前，她將宇宙的公理一字一句傳授給了第二部黑暗森林的主角羅輯。
面對大劉如此龐大的宇宙觀，第二部黑暗森林的故事究竟是如何展開的呢？敬請期待大海哥後續的文章，歡迎大家多多批評執政。謝謝！