忽必烈自稱大汗的時間是1260年，建立元朝的時間是1271年，滅亡窩闊臺汗國，基本結束與其他蒙古汗國征戰，並獲得各大汗國認可的時間是1309年。這一樣一算起來，元朝軍隊確實與其他蒙古汗國打了四五十年的時間。
這個過程很長很煎熬，忽必烈直到死（忽必烈去世於1294年），都沒有看到元朝與其他蒙古汗國關係正常起來。
（忽必烈像）
不過，之所以出現這種狀況，其實還是忽必烈自己造成的。
蒙哥大汗戰死在南宋四川釣魚城後，在蒙古監國的阿里不哥就不斷派人來聯絡忽必烈，讓他回國參加商討選大汗的事宜。但是忽必烈並沒有回去。他擔心有兩點：一是擔心回去後，就被阿里不哥給扣留。二是擔心回去參加推選，自己並沒有把握被推選為大汗。
忽必烈不會去，乾脆自己找了些人召開忽裡臺會議，並宣佈當上蒙古帝國的大汗。
這件事，不但讓阿里不哥很不滿，也讓蒙古本土的很多宗王不滿。當時基本上除了他的兄弟旭烈兀支持他外，沒有人支持他。
於是，阿里不哥隨即也召開了忽裡臺會議。出席阿里不哥舉行的忽裡臺會議的，差不多包括蒙古的所有老牌宗王：一是朮赤的孫子忽裡迷失和合刺察兒；二是察合臺的兒媳兀魯忽乃（她丈夫哈剌旭烈已死，她是實際統治者）、察合臺的孫子阿魯忽；三是窩闊臺的孫子爾赤（合丹的兒子）、海都（合失的兒子）；四是蒙哥大汗的兒子阿速臺、玉龍答失；五是成吉思汗的兄弟帖木格的兩個重孫子。這個陣容非常強大，阿里不哥在會上被推舉為大汗。
可以說，阿里不哥被推舉為大汗，非常具有說服力。
（攻打阿里不哥）
忽必烈當然不幹了，於是提兵攻打阿里不哥。
忽必烈之所以敢率先自封大汗，最大的底氣就是他兵強馬壯，實力強勁。阿里不哥當然打不贏，所以這個仗打了四年後，1264年，阿里不哥向忽必烈投降。1266年，阿里不哥暴卒。
忽必烈雖然戰勝了阿里不哥，但是並沒有贏得蒙古其他宗王的支持。大家都各自為政，不承認忽必烈大汗之位，也不去朝見忽必烈。
忽必烈當時正在著手另一件重要的事情，就是發動對南宋的戰爭。這場戰爭，一直打到1279年，崖山之戰後，忽必烈的元朝，才吞併南宋，實現了統一。
不過，忽必烈雖然把精力幾乎都放在南方戰事上，但是他也沒有放棄瓦解那些不服從他的蒙古宗王。他先是準備搞亂察合臺汗國，把一個親附於他的察合臺的重孫子八剌放回察合臺汗國內，幫助他奪取察合臺汗國的汗位。
不過，八剌回國奪位後，就叛變了忽必烈，與金帳汗國、窩闊臺汗國聯合起來，反對忽必烈。在這個過程中，察合臺汗國的海都漸漸地成為了首領，帶領大家和忽必烈作戰。
忽必烈雖然雙線作戰，但是他畢竟兵強馬壯，因此，在與另外三大汗國聯軍作戰過程中，始終佔據著上風。不過，卻並不能把三大汗國瓦解。
（捲土重來的海都）
1269年，忽必烈派大將那木罕打敗海都，海都逃走，不過隨即捲土重來。1274年，忽必烈增加軍隊，派大將安童幫助那木罕打海都。沒想到安童被部下昔裡吉（他是蒙哥大汗的兒子）抓住，送給了海都。1286年，海都的聯軍一度和東道諸王聯合起來，打到元朝的哈拉和林，後來被元軍擊退。
1294年忽必烈去世，他的孫子鐵穆耳（元成宗）繼位。元朝和三大汗國（主要是海都）的戰爭又斷斷續續打了很多年。1301年，海都在進攻元朝的時候，受了重傷，死在回去的途中。
海都去世後，海都的後人發生內亂。元朝大將海山（後來的元武宗）利用這一點，對海都的兩個兒子拉攏加攻擊，各個擊破。在這個過程中，察合臺汗國及金帳汗國都先後承認了元朝的宗主國地位。直到1309年，海都最後一個後人投降元朝，強盛一時的窩闊臺汗國滅亡，元朝作為宗主國地位，最終才被所有宗王所承認。
總結一下，元朝在這差不多半個世紀的戰爭中，之所以最終能夠打勝。一是元朝實力強勁，二是三大汗國聯軍互相之間勾心鬥角，暗戰不斷。三是強勢人物海都受傷去世。四是經過了半個世紀的人事變遷，相逢一笑滅恩仇。
（參考資料：《元史》《蒙古祕史》）
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