到了清代，對於太監的管理趨於更加成熟化，其獎勵和懲罰的措施十分完備，尤其是對於宦官的“處分則例”和“治罪條例”更是精細無比。就整個清代來看，官宦在外犯法事件較少，大多數都發生在宮廷之內。對於那些膽敢違法的太監，其責罰方式有以下幾種：
死刑：凡在宮中私藏武器即火藥者，按規定即行正法。太監、宮女在宮內用刀刃自殺者自傷者，處斬立決，其家屬發配邊地。
斬監候、絞監候：這兩種僅次於死刑，即暫不處決，收監後再行議處。比如在宮中吸食鴉片、持刃上殿、假裝瘋病、醉酒鬧事、宮內自縊自盡而經救活等。
發遣：將犯罪太監發往邊地服苦役或給駐防官兵為奴，視初犯或情節嚴重輕重、屢犯的不同，發遣地點由遠及近。逃跑者罪加一等。
枷號禁閉：即枷戴刑具禁閉。視情節輕重定枷號期限，嚴重者永遠枷號。枷號的地點一般在內務府慎刑司或發遣地。枷號往往還同其他責罰方式並存。比如，在宮中庭院偷釣魚蝦者，不分首從均枷號一個月，重打四十大板，發往吳甸鋤草三年。刑滿後永遠不準為太監首領。再犯者枷號兩個月，發往黑龍江給兵丁為奴，十年後方可返回。
革職、降級：有官職的太監犯罪或下屬太監犯罪而失察者，給予革職或降級處分。
改派差事：宮中太監犯有過失，常派調出去外圍當差或改派為下賤差事。
罰錢罰糧：罰沒月銀二個月、三個月、一年、二年不等、如太監賭博，除該太監被責罰外，總管失察罰月銀一年，首領罰月銀二年。如果發生外人入宮居住，該太監枷號三個月，滿期後重責四十板，六年內每月減少相應錢糧。
責打：這種懲罰措施最為常見，刑具有杖責、鞭責、板責等。杖刑是用五尺長、圓五分的實心青竹；板刑為長五尺、寬五分的青毛竹板。一次責打數目為二十、三十、四十、一百、二百乃至責打至死。
責打的行刑地點分為殿上行刑和各處行刑二種。在殿上行刑有主子監刑，如果行刑者有徇私嫌疑，板下留情，被主子識破後，行刑者將被處以同樣的刑罰。若是在各處行刑，執行者可以賣人情，根據私底下關係好壞或是行賄的多少來決定輕重。
慈禧太后是清朝所有統治者中最心狠手辣的，她責打太監隨心所欲，每天被她處罰的太監，常常多達幾十人。一個太監犯下錯誤，他所在的處所的全部太監皆要連坐。太監為了避免慈禧的殘酷責打，每個人都備有兩塊長一尺寬五寸的牛皮，當班時用繩索捆在兩個大腿上以備責打時減輕痛苦，並因此還給起了個名字叫“護身符”。
由於清皇室歷來不把太監當做人看待，常在規定之外採取其他處罰的方式。比如，光緒末年，內務府慎刑司設有“氣斃”之刑，用七層白綿紙沾水後，將受刑太監的口鼻封閉，然後再用杖刑責打至死。戊戌變法失敗後，慈禧太后曾用此刑處死了光緒宮中給維新派送信的太監多人，珍妃宮中三十多個太監也是用此刑打死的。
但是，還有一件事情更讓人匪夷所思，慈禧太后有一次逼著一個老太監吃下自己的糞便，這個老太監也因此而丟命。其殘忍程度令人髮指。
清朝滅亡後，溥儀依然在紫禁城過著皇帝生活，他在宮內也有很多虐待太監的行為，如強迫太監吃髒東西、吃有鐵砂的蛋糕，甚至還用汽槍進行射擊等。
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