深惠城軌
深惠城軌是深圳連接惠州的快速軌道項目，將深圳西部的南山-前海中心與東部中心兩大城市中心串聯起來，並且連接惠州主城區，線路長度約128公里。今年4月舉行的深莞惠三市交通部門聯席會議提到，深惠城際線項目對加快深莞惠經濟圈建設，加強深莞惠交通聯繫，更好地發揮深圳對粵東、粵北地區的輻射帶動具有十分重要的作用。會議確定，深圳、惠州兩市交通部門聯合推動深惠城際線建設，爭取在2017年完成項目的前期工作，“十三五”期間開工建設。
值得關注的是，深惠城際原來有“東線”和“西線”兩套備選方案。東線從惠州惠城到惠陽的惠州南站再進入深圳，西線則由惠城區經過仲愷高新區、惠陽區後轉入深圳。5月下旬，惠州市發改局公開透露，根據深惠兩市的初步共識，深惠城際軌道線選擇西線方案，不走東線，原來設想的東線方案則由惠州地鐵1號線來承擔。
除了“穗莞深”和“深惠”兩條城軌外，深圳交通“十三五”規劃還規劃了遠期的深莞、中虎龍、深珠等三條城軌。
目前，穗莞深城際鐵路已動工，多方消息顯示，深惠城際有望提前動工，將有效完善深圳區域間軌道交通網。
深惠城際軌道擬由東江科技城(預留往河源方向通道)引出，經惠州機場、惠城南站，至莞惠城軌仲愷站，向南經鎮隆、新圩至深圳境內，與深圳前海線銜接。
據介紹，設計時速200公里/小時，計劃工期5年。
開工時間：
爭取在2017年完成項目的前期工作，“十三五”期間開工建設。
完工時間：
據《惠州市“十三五”規劃綱要(草案)》，深惠城軌計劃2018年開工，2022年建成。
站點：
龍城、大運、平湖站、西麗、前海灣;(深圳段)
東江科技城、惠州機場、惠城南站、莞惠城軌仲愷站、鎮隆、新圩。(惠州段)
PS：線路規劃中，以官方最新公佈信息為準。
深珠城際
深珠城際軌道又稱珠深城際線，是《珠江三角洲城際快速軌道交通線網規劃》中的一條城際鐵路，根據規劃，該線的走向為珠海淇澳—伶仃洋大橋線路—深圳南山。
據瞭解，“珠深城際線”屬於遠期規劃，將結合經濟社會發展和客運需求情況適時安排開工建設。珠三角城際快速軌道交通網，將採用輕軌、直達快速線和準高速鐵路等多種軌道交通方式。
《規劃》中的深珠城際軌道也將從新區穿過，將設置橫門站、逸仙站等2個城軌站，並將與廣珠城際軌道在翠亨站併線，翠亨站為換乘站。
站點：
西麗樞紐、前海、淇澳島、唐家灣
PS：線路規劃中，以官方最新公佈信息為準。
換乘：（規劃中線路，以下僅為預測）
唐家灣站，可與廣珠城軌換乘;
深圳前海，香港或考慮深港機場軌道(深港西部快軌)設分線銜接深珠城軌。
西麗，可與深惠城軌、深茂高鐵換乘。
最新進展：
2016年3月15日，大公報稱，深珠城軌正在論證規劃中。
2016年12月29日，深圳規土委公示《深圳市軌道交通線網規劃(2016-2030)》