自從“基因編輯嬰兒”事件發生後，賀建奎此前所供職的南方科技大學也被覆蓋在輿論風波之下。
11月28日，在環境優美的南方科技大學，外界的風波似乎未影響到校園的寧靜。實際上，很多師生也迫切地想知道“基因編輯嬰兒”事件的真相：校方是否參與“基因編輯嬰兒”研究項目，是否向賀建奎提供了資金資助，這些謎團待解。
雖然離“基因編輯嬰兒”被公佈之日已過去了三天，南方科技大學的很多師生依然關注著這個事件的走向。電梯上有教職工討論賀建奎在香港舉辦的第二屆人類基因組編輯國際峰上是否會現身，校道上也有學生拿著手機駐足觀看峰會的視頻直播。
無論是教職工還是學生，“基因編輯嬰兒”事件都成為他們茶餘飯後繞不開的話題。但面對陌生人時，談及該事件卻變得謹慎。
隨著輿論對南方科技大學的關注，該校門衛對外來人員出入管理更加嚴格，沒有門禁卡的外來人員要進入校園一律要求由校內教職工或學生出來接人。賀建奎的實驗室在南方科技大學第一科研樓，所在樓層通往實驗室的通道也全天被三位工作人員守著，不讓外人靠近。
而在前一天夜間，南方科技大學賀建奎所屬辦公室門外的介紹內容被摘除，門上貼上印有“請勿入內，後果自負”的提示紙張，並蓋有南方科技大學的蓋章。
賀建奎此前指出，南方科技大學與“基因編輯嬰兒”項目在研究經費上有關聯，這也是媒體聚焦該校的原因之一。在賀建奎研究室官網上，針對參與試驗志願者的知情同意書披露，項目研究經費來源是南方科技大學。
11月28日，在人類基因組編輯國際峰會上，“基因編輯嬰兒”事件後賀建奎首次公開現身。關於該項目經費方面，賀建奎表示，“一開始是我自己承擔費用，我在大學裡已經做了一些前期研究，後面來到醫院/診所研究，一些成本是大學院系提供的。”不過，他也表示，學校對他的實驗並不知情。
校園內，更多的師生依然相信，南方科技大學和該事件無關。該校宣傳與公共關係部一名工作人員告訴界面新聞記者，自己從新聞上看到賀建奎主持參與“基因編輯嬰兒”項目時，和大家一樣都特別震驚，她認為校方之前對此事一點都不知情。
對於“基因編輯嬰兒”項目的經費來源，該工作人員表示，校方也關注到賀建奎的說法，目前仍未給出迴應，建議關注其官方平臺的通報。而對於南方科技大學和賀建奎的基因公司之間有著何種合作，校方也未置評。
同時，該名工作人員指出，賀建奎研究室官網並不是南方科技大學的官網，“賀建奎研究室官網上的南方科技大學logo有錯誤，這個logo最早由原校長朱清時提出來，因為顏色太多，後來進行了優化，賀建奎研究室官網上的‘南方科技大學’的字體和學校官網上也有區別。”
“南方科技大學的英文全稱是’Southern University of Science and Technology’，但賀建奎研究室官網上南方科技大學的英文全稱是’South University of Science and Technology of China’。”她說。
“基因編輯嬰兒”風波之下，南方科技大學生物系的教職工對賀建奎的行為質疑聲音不斷。
11月28日中午，南方科技大學通過官方微博發佈了生物系全體教授關於“基因編輯嬰兒”事件的聯合聲明稱，“作為當事人的同事，我們對此事件深感痛心。在法有禁止、倫理逾矩、安全性未經充分檢驗的情況下，貿然開展人類胚胎基因編輯的臨床應用，嚴重違背了學術規範和道德倫理，我們對此表示堅決反對和強烈譴責。”
該份聲明還稱，自建系以來，生物系一直注重遵守國家科研倫理和政策法規，不斷完善相關規章制度。對此孤立事件的發生及其造成的惡劣影響深感遺憾，將全力配合學校以及上級單位對此事件進行全面調查，科學發展不能把倫理留在身後，法律和道德的底線不容突破。
“賀建奎是被利益薰心，這種事情是正規搞科學研究的人不應該去做的，正因為有這個市場，賀建奎才會去幹這個事情，公佈這個事情就是告訴那些有需求的人他可以做。”一位南方科技大學教職工對界面新聞記者說。