碇真嗣企圖掐死明日香”的劇情發生在老劇場版的《air~真心為你》中。
根本原因是來自碇真嗣消極的內心。處於崩潰邊緣的真嗣在潛意識中嚮明日香求助時，被當場拒絕，從而精神陷入全面崩潰，才做出這種行為。
關於碇真嗣的精神崩潰，動畫的TV版用了整整22集來進行鋪墊。真嗣的精神也是隨著劇情進展不斷的崩壞與重塑，最後變得傷痕累累，失去了恢復的餘地。
從小目睹親生母親死亡，又被父親拋棄保守了多年寄人籬下的煎熬，這是碇真嗣的第一次崩潰。與之對應的是時隔多年，受到了父親的邀請，又讓他心中抱有了一絲希望。
然而父親邀請他來的目的只是想利用他，逼他駕駛初號機，在體會過劇烈疼痛，並回憶起自己在初號機中與使徒戰鬥的駭人場景之後，碇真嗣陷入了第二次崩潰。之後在與葛城美里、鈴原東治的互動之中，碇真嗣又得以振作起來。
14、16兩集用來展現碇真嗣的內心世界，被零號機侵蝕後的回憶閃現，以及被十二使徒關進虛數空間之後的自問自答，都是他重新構建破碎的精神的過程。然而18集被迫手撕三號機，害鈴原東治受傷的部分，又讓他的精神再次崩塌。
最後遇到知心的同伴渚薰，差點就讓碇真嗣獲得了精神的救贖，然而奈何渚薰身負使命，不得不與真嗣開戰。真嗣在親手殺死薰之後，伴隨著長達一分鐘的靜止畫面，精神幾乎到了完全崩潰的地步。
碇真嗣的這種狀態在《真心為你》中繼續持續著。正因如此，碇真嗣才會向躺在床上動彈不得的明日香求助。
掐死明日香的舉動表現的是碇真嗣對於他人的否定，是他放棄世界的體現。只是在他潛意識中中，依然沒有放棄這最後一絲希望，於是人類補完之後，明日香並沒有消失。
當生命垂危的明日香用纏滿繃帶的手撫摸真嗣的臉頰時，真嗣意識到，自己並沒有被世界背叛，而是被自己消極的內心所欺騙了。然而事已至此，已經沒有了後悔的餘地。
為了說明這個問題，光看劇場版是無法明白的，還好庵野秀明在Renewal版22話加入了很多劇情，專門交代Asuka的感情線，我們來看看第一次掐脖子可能發生在什麼時候：
首先是Asuka來日本之前，這裡臺詞說明Asuka很在乎加持對她的看法。
Asuka：“我喜歡的只有加持先生一個喲!如果是加持先生的話，無論是kiss還是更進一步都可以的哦。”加持：“Asuka還是小孩子，這種事情還是等你大一些再說吧。”
聽說第三適任者是男孩子喔我對笨蛋小鬼沒興趣我喜歡的只有加持先生一個那真是我的榮幸真是的對象要是加持前輩的話無論何時我一定連叫三次OK要接吻也行，再進一步也沒問題明日香，妳還是小孩啊這種事情等妳稍微長大一點再說無聊死了我已經是成熟的大人了已經是大人了是大人了，是大人了所以請看著我Asuka（給加持打電話，但是電話已註銷），突然發現發現Shinji和Rei在一起：
Asuka很吃醋的說了一句：“明明消失了三十天，結果突然就跟優等生好上了。“這可以確認時間點應該是同步率400%之後，加持應該已經死亡，此時Asuka還未知情。
明明不久前才跟EVA足足融合了一個月之久什麼嘛，已經完全言歸於好了反正是我輸了輸給你這種傢伙Asuka和繼母通話之後，同步率下降之前，Asuka仍然不知道加持已經死了（和Shinji衝突之後肯定會知道）。
難得三個人聚在一起，氣氛卻如此僵硬我吃飽了明日香我不接反正一定是加持先生打給美里你的吧美里你自己去接不可能的啦哎呀！讓無敵的真嗣大人做這種雜務真有勞你了我們再看看同步率下降之後，Rei和Asuka的電梯對話：
這裡Asuka說了一句很重要的臺詞：“不只是被Shinji同情”
不敞開心扉EVA是不會動的妳是想說本小姐封閉心扉嗎?沒錯，EVA是有心的那個人偶有心?妳應該懂才對妳竟然主動找我說話看來明天要下雪了什麼嘛!我無法駕駛EVA有這麼值得高興嗎?反正不必擔心要是有使徒打過來無敵的真嗣大人會幫我們解決的我們什麼都不做也沒關係只要有真嗣在就好了不只是被真嗣還被妳這個像是機器人偶一樣的人同情本小姐真是沒用我不是人偶少囉嗦妳明明照著別人說的話行動如果碇司令說要妳死\N妳也會去死，對吧沒錯這不就是人偶嗎妳這種像人偶一樣的傢伙老實說我從以前就超級討厭我...我討厭所有人Asuka被使徒精神汙染之後的回憶：
加持：”明日香你還是小孩子。“
Asuka：”為什麼你（Shinji）會在那裡？“
可以推理出這時候Asuka已經知道加持死亡，並且是Shinji告訴她的，（Asuka明白了加持心目中的地位Shinji遠比Asuka重要，她並不被加持所需要，Shinji可以說是Yui最重要的籌碼）
救我，加持先生救我因為明日香還是小孩子你為什麼在那裡?什麼都不做也不來救我明明連抱我都不願意戰後回收，Shinji和Asuka的談話：
明日香呢?確認駕駛員的生存因汙染打開的防疫隔離已解除這樣啊明日香，真是太好了吵死了，一點也不好什麼人都好卻偏偏被那個女人救...竟然被那個女人救...要是這樣死掉反而比較好然後23話Asuka作戰失敗自暴自棄去班長家打遊戲，在這之後都沒有機會發生衝突。第24話明日香精神崩潰被發現後就送往醫院了，值得注意的是這時Asuka回憶了和Shinji的衝突，說明是之前發生的事情。
媽媽!媽媽!我被選上了我是保護人類的精銳駕駛員了世界第一的喔對任何人都要保密不過，我只告訴媽媽很多人會親切的對待我所以再也不會寂寞了所以爸爸不在也沒關係我完全不會寂寞所以請看著!看著我!好不好嘛，媽媽!!不要胡說八道了明明是笨蛋真嗣還敢這樣要我說幾次妳才聽得懂加持先生已經不在世上了騙人的同步率0失去第二適任者的資格我已經沒有留在這裡的理由不會有人看著我了爸爸這樣，媽媽這樣每個人都是這樣我也沒有活下去的理由了可以看出和Shinji的這次衝突才是對她最大的打擊，再加上劇場版的心理描寫我們已經可以推理出真相。
喂 來接吻吧不行還是說你不敢？這不是小孩子該做的事那就來吧你明明什麼都不懂別靠近我我明白的你不懂的 笨蛋你以為你很瞭解我你認為你救得了我？你這就叫做傲慢自大你不可能會懂的我當然不可能懂明日香什麼都不告訴我明明什麼都不告訴我明明什麼都不說 還要我瞭解你那怎麼可能啊碇你有試著去瞭解嗎試過了笨蛋我知道喔你把我當「助興的道具」像你平常那樣做做看啊我會在這裡看著你的如果你…無法完全屬於我的話那我寧可什麼都不要
綜合來看最大的可能性應該是這樣：
Asuka被Shinji刷自尊導致同步率下降，然後發現已經和自己Kiss的Shinji和Rei在一起備受打擊，同步率進一步下降，並且有意識地疏遠Shinji（和繼母打電話之後的傲嬌）。在來大姨媽時（注意這時候就有”気持ち悪い“了），Shinji安慰Asuka，但是Asuka拒絕了Shinji的同情，然後發生衝突，Asuka得知加持死亡，同步率進一步下降（赤木律子：表層身體不適不會左右同步率，問題出在更深層的意識）。Rei在電梯談話被認為是對她的挑釁（得到Shinji還要刷優越），所以Asuka打了Rei一巴掌。最後在使徒的精神攻擊下徹底崩潰。
如果從心理分析簡單的來說就是Asuka佔有慾太強，認為Shinji和Rei在交往，無法完全獨佔Shinji，非常沒有安全感，所以一直在抗拒Shinji。Asuka來大姨媽很難受，Shinji給Asuka倒咖啡（這時候不是應該萬能回答溫開水麼？）被拒絕（”你只是想從我這裡刷優越感所以才同情我把，你就是個爛好人。“）。Shinji對Asuka告白被她拿加持比較（臺詞估計是“如果是加持先生肯定會溫柔的抱緊我”），所以Shinji告訴Asuka加持已經死了，（並且加持根本不在乎Asuka所以沒有告訴她自己的險境，葛城一開始就知道加持之死，最後的遺言也是加持留給葛城的），Asuka被拆穿以後惱羞成怒推倒Shinji，Shinji發飆掐Asuka脖子（我是真的喜歡你，只是我不想傷害你，也不想被你傷害，所以和你保持距離）。
EOE最後Shinji掐Asuka脖子我覺得其實是在延續Shinji對曖昧的拒絕和性格的改變（你不接受我我就掐死你，寧肯傷害你也要接近你，從被動逃避學會了主動接近他人），
Asuka這時候明白了Shinji的真心（這也呼應標題まごころを、君に），
終於接受了Shinji，並且摸了Shinji的臉（這一定是抖M，不過其實Asuka應該一直期待有個人繞過重重的自尊心接近她，Asuka用自尊心偽裝下的空虛內心一直期待有人瞭解，Asuka攻擊性的人格只是為了保護自己的另一種逃避，如今Asuka也學會了關心他人），
那句“気持ち悪い”其實在呼應之前Asuka對自己獨佔欲的吐槽（終於沒有Rei來搶了，Shinji是我一個人的了，即使會互相傷害也不會分開了，學會接受別人的關心和傷害）。
總結，EOE的結局其實和TV 25/26話的內涵一致，就是成長和改變，學會接納別人，這樣的話即使沒有補完，也能填充人與人心靈的空隙。
===================補充的分割線===================關於“気持ち悪い”的另一種版本：庵野秀明對最後的臺詞十分不滿意，於是靈機一動對宮村優子說：”假如我現在對你求婚，你會怎麼回答？“宮村優子不假思索的回答“好惡心（気持ち悪い）”，於是就這樣確定了最後的臺詞。===================貼圖的分割線===================
作者：李浩博
看了幾個回答覺得全是偽粉，不知道怎麼邀請的。不論劇場版以後怎麼樣解釋，但是按照原先的安排，幾次想殺死明日香都是有很深的含義的，神作不是白叫的。
想要明白這個事情首先要知道三個孩子各自代表的是什麼：1凌波——時空上代表“過去，回憶，已經不可改變的事實”，精神上是“母愛，沉默的付出，代溝，犧牲”所以凌波的性格情緒都很穩定，最後“死去”的也一定要是她，因為過去已經過去，這就是過去的職責。說到這裡，明白為什麼她這麼“寵，將就”真嗣？因為“今天的果就是昨天的因，昨天的孩子就是今天”2真嗣——時空上代表“今天，現在，唯一可以控制並且決定的時空”，精神上是“迷茫，在壓力痛苦中成長，昨天在你流淚的時候給你溫暖，明天在你絕望的時候給你希望，現在做什麼樣的你，就會得到什麼樣的明天”，說到這裡是不是覺得男主的整個性格和故事線都是圍繞這個來說的，是不是每個處在“今天”的人都是這樣面對著生活呢？沒錯，因為在作品中他代表了“你”。後面就更好理解了.3明日香——時空上代表“明天，未來，希望“，精神上是“妻子，是絕對不會對今天放任，總是覺得自己的不夠完美都是因為今天所做的不足和錯誤，總是覺得可以更好”，其實懂一點女人的都知道，加持也好，其他什麼人也好，對於明日香來說，都是偶像，或者浮雲，只有真嗣是她愛的，愛，卻恨其不爭，大家有沒有想起自己的女朋友？老婆？有沒有想起今天自己做不好的時候去怨恨過去自己犯下的錯誤？沒錯，明日香就是代表著這樣的未來。所以在劇情中，每次當“今天”因為太過痛苦的時候去捏著“明天”想要捏死明天的時候，明天都是不反抗的，因為當你不要明天的時候，她只會淡淡的消失，而你做的好或者不好會直接影響著明天，這就是為什麼最後一幕，凌波消失了，真嗣和明日香躺在LCL的海邊，真嗣看著蒼茫的天空，保護自己的“媽媽”已經不在了，自己要承擔一切，為了“明天”而戰的時候，想捏死明日香，而明日香面無表情的溫柔的摸了一下“今天”的臉。
每個人理解都不一樣，這也是官方不說明白的目的，因為對人類自身的思考就沒有一個統一答案，為什麼想掐死明日香，噁心又是什麼意思，每個人套用自己的世界觀去理解都會不一樣，這也是Eva能夠成為神作的一個原因，它不定義一個唯一的世界觀，只是在這樣一個世界裡，把人物之間的故事和矛盾展露出來，由觀眾去討論，所以才有這麼多解讀。
就簡單的理解來說，男主本身代表了人類自身，有著所有的弱點，也有著最本質的善良。綾波麗則代表了全知的世界法則，她本身就是這個世界的命運，但她自己不會下決定，她知曉一切，在遇到男主前，她只是作為一個旁觀者，看著司令的作為不去幹預，服從司令的意志。明日香則是一個故事的推動點，很多故事的關鍵走向受到了明日香的影響，她與綾波麗，與男主，與自身的情感，把幾個人物的矛盾串了起來。男主從綾波麗身上感受到了想要做主角的衝動，為什麼?因為綾波麗就是這個世界的法則，男主如果能擁有綾波麗就能改變世界，但男主退縮了，因為他憧憬的父親擋在她面前，他的懦弱阻止了他進一步瞭解事實。男主從明日香身上看到的就是自己的慾望，他不敢染指綾波麗，於是轉向了明日香，這便是他作為一個人類，展示出來的另一個弱點。
為什麼他想掐死明日香，因為他明明決定不再揹負一切，想要毀滅一切，但綾波麗作為法則，執行男主意願的時候，卻留下了明日香，這說明男主自己所期待的只是逃避，把他不想揹負的負擔甩給了綾波麗，而忠於了自己的慾望，他發覺了自己在與最後使徒的對話後，還是這樣懦弱，明明被寄託了期待，還是沒辦法完成該做的事情，最後一事無成，這樣的自己不可原諒，於是在這一刻對自己的厭惡讓他想掐死明日香否定這個結果，但他最後又接受了這個結果，他害怕了，沒有勇氣面對自己一個人的結局，他還是選擇了妥協，服從自身的懦弱。明日香在這一刻從混沌裡回到現實，她看到了男主的選擇，包括自己，這一整件事，讓她感覺，也許人類就是這樣，懦弱又忠於自身，想要改變又無力承擔，做著堂皇的事情，卻是一個失敗的結局，矛盾的，複雜的，令自己噁心的。
怎麼一上來就提了這麼複雜的問題。。。
詳細的分析知乎上很多的。簡單的講，就是三衝開始後，莉莉絲和亞當禁忌融合，麗可以給真嗣想要的世界，於是所有人的A.T.field被解除，人類全部迴歸莉莉絲，成為沒有隔閡的世界。然後真嗣發現並不是自己想要的，於是莉莉絲自殺。真嗣回到現實，一同的還有不能接受真嗣的明日香。而此時離開LCL海的只有他們兩個，所以明日香代表現實和未來，真嗣發現自己想要回到的現實已經因為三衝不存在了，所以又想要逃避現實，所以想殺死明日香，即毀掉現實。明日香為什麼說噁心，這裡不同人就有不同的看法了吧，也不存在對錯。可以說因為她並沒有接受真嗣，而現實是隻剩他們兩個人類，所以不得不接受而感到噁心，既是因為不能接受真嗣覺得真嗣噁心，也是因為只剩他們兩個不得不接受這個現實，覺得現實噁心。
這是我比較喜歡的一個回答，你看下...
真嗣：亞當 明日香：夏娃 綾波麗：莉莉斯 猶太教中認為莉莉斯是亞當的第一任妻子，但由於莉莉斯不甘於成為神的奴僕，所以離開依甸園，與惡魔生下惡魔之子--李林（人類）。而夏娃則是亞當的第二任妻子。 真嗣掐明日香可以看作是一種反抗的表現，因為真嗣性格的軟弱而當明日香對他的步步為營之後，他終於反抗了，可以說這是人類內心深處的一種慾望，一種反抗一切的慾望，也許，人類同樣在反抗著神的意志，所以才會有人想要成神的妄想。
小孩子，精神失常了，崩潰了，想一起死。（要是我，尼瑪，不是掐脖子，而是掏棍子，進洞，創造人類）。明日香不想死，想繼續活下去。只能安撫小孩子的樣子去幫助他。不過明日香對小孩子不感興趣。感覺要慢慢教一個小孩子很噁心。（要教一個小孩進她的洞，確實很噁心）
其實並沒有什麼原因，只是因為畫真嗣生氣打女人會挺掉份，推來推去又太娘娘腔，所以就畫憤怒地想掐她，就像家暴一樣。
庵野秀明曾經在一次採訪中說過，畫eva中加入大量神學概念並不是因為什麼內涵，而只是單純覺得這樣很帥。
後面的解讀都是觀眾自己想象的。(╯▽╰)
首先 我只在十多年前看過老版的tv版 不知道和劇場版有區別沒有
老版男主在最後一刻精神已經被自己的爹整崩潰了 基友掛了 被自己親手殺死 女神也要化為神靈滅世 照顧他的那個女的也掛了 他覺得愛他的人死絕了 所以男主準備破罐子破摔 他掐著明日香的脖子 但明日香在死的時刻卻只想安慰男主 所以她輕撫男主的臉 可能男主感受到還有人在乎自己 所以男主改變了結局（綾波麗成為神後也只聽男主的，男主放棄滅世）
Eva就是1000個觀眾，1000個哈姆雷特的那種，與其看別人的看法不如自己好好思考，這不算是過分解讀，畢竟神作就行了。
