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洪武二十五年，藍玉西征歸來，朱元璋為新冊封的皇太孫朱允炆重置東宮官屬，授潁國公傅友德、宋國公馮勝為太子太師，封藍玉為太子太傅。
藍玉放言：“我不堪太師耶！”
已有公之尊的藍玉自然不在乎這個虛榮的加銜，而是在意朱元璋給他們的排名有區別：“不樂居宋、潁兩公下！”（《明史·藍玉傳》）
他不情願排名在兩個老上級之後。
明制設“太子太師、太子太傅，太子太保，掌以道德輔導太子，而謹護翼之”（《明史·職官志一》）太子三師，都是虛銜兼職，併為從一品。
藍玉所謂“太師”，應該指太子太師，而非三公之太師。《明太祖實錄》卷二百二十五記載：洪武二十六年二月乙酉，朱元璋歷數藍玉問題時，稱藍玉“至是徵西還，意覬升爵命為太傅，玉怒攘袂大言曰：吾此回當為太師，廼以我為太傅”。此“太傅”為太子太傅，而“太師”則為“太子太師”。因為此次是重新“定東宮官屬”，與三公無關。
《朱元璋》中的朱元璋與藍玉
他忘了洪武元年，太祖給皇太子朱標安置東宮官屬，以朝臣兼宮職，李善長兼太子太師，徐達兼太子太傅，常遇春兼太子少保。至於此三人進位三公，分別為太師、太傅、太保，則是在洪武三年大封功臣時。
戰功彪炳的大帥，也不是有排名在並無征戰之功的文臣後的先例嗎？常遇春早逝，而徐達也不是沒做聲嗎？
更何況，論資歷、比年齡，藍玉都在傅友德、馮勝之下。拼戰功、比斬獲，傅友德、馮勝相較於藍玉，亦有自己的優勢。
藍玉發牢騷，這為爭權奪利，指責皇帝獎賞不明。
朱元璋的論功行賞，山頭為其次，主要還看誰順心。
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藍玉的牢騷，引發了朱元璋的強烈反感，迫使朱元璋下定決心清除藍玉，他之所以要徹底解決藍玉問題，不僅僅是因為他私養兵馬，對元帝皇妃施暴，而是因為他在收養義子、培植死士，威脅到了朱家皇權。
廣收義子，這是犯了朱元璋的大忌。
和尚出身、投身造反的朱元璋，就是靠收納義子義侄起家，逆襲而起的。這是他揹著主帥郭子興玩的圈子文化，幫助他成就了帝王霸業。
電視劇《朱元璋》中，朱元璋一語道破玄機，義子義侄是幫其衝鋒陷陣的利器。一旦大將們也學這種伎倆，就是養自己造反的力量，直接威脅到主子的江山帝位。
查繼佐在《明書·藍玉傳》中說：“初，玉之出討越巂也，與部將十餘陛辭。上方留玉與議，呼眾將去，三呼無應者，玉舉袖一揮盡起。”此事發生在洪武二十五年。藍玉率眾將到金鑾殿向朱元璋辭行，然而朱元璋狠狠的三聲喝退，竟然比不了藍玉的輕輕一揮手。
朱元璋
大將眼裡只有大將軍的赫赫虎威，卻充耳不聞皇帝的雷霆震怒了。
所謂將在外君命有所不受，那是在戰場上要隨機應變，然而在朱元璋的朝堂之上，大將們也只認為藍玉是他們唯一的主子。不僅如此，藍玉連朱元璋派來的監察御史，也藉故趕走了。這也難怪朱元璋對他“久疑之矣！”
懷疑日久，必有殺心。
至於朱元璋因為懷疑御河中的死胎，疑為楚王母胡充妃所為，將其殺之，引發藍玉怨恨。難道藍玉與胡充妃有私仇或有私情，查繼佐沒說，只是胡亂一句“玉以私怨構之”，不知是藍玉構陷胡充妃，還是仇恨朱元璋。
不論何種原因，後起之秀藍玉已在插手宮廷政治，甚至對朱元璋處置後宮問題在指手畫腳。
不論藍玉是不是有心造反，謀逆都是朱元璋日益擔憂的嚴重隱患，不如藉助藍玉恃功驕縱，給他編織一項造反的罪證。更何況，他同已死的胡惟庸、李善長都有過千絲萬縷的聯繫。
洪武二十六年二月，錦衣衛指揮蔣瓛（查繼佐《明書·藍玉傳》作“蔣獻”）秉承聖意，告發藍玉謀反，下獄鞫訊後，獄詞稱：“玉同景川侯曹震、鶴壽侯張翼、舳艫侯朱壽、定遠侯王弼、東莞伯何榮及吏部尚書詹徽、戶部侍郎傅友文等謀反，將伺帝出耤田舉事。”（《明史·藍玉傳》）
朱元璋下旨，以謀反罪將藍玉逮捕下獄。藍玉不肯認罪，朱元璋為其羅織罪名。案件審理結束後，誅滅藍玉三族，並株連枝蔓，“徹侯功臣文武大吏以至偏俾將卒，坐黨謀死者可二萬人”（查繼佐《明書·藍玉傳》，《明史》本傳稱朱元璋下詔曰：“藍賊為亂，謀洩，族誅者萬五千人”）。當初陛辭朱元璋、只知藍帥而不聞皇上的十餘部將，想必都遭遇了雷霆震怒的嚴懲。
為警誡群臣，朱元璋手詔佈告天下，並條例爰書為《逆臣錄》，震懾朝野。
當初，朱元璋決定碎剮藍玉，但念及藍玉與自己是兒女親家，改碎剮為剝皮。劊子手把藍玉全須全尾整張人皮剝下來，填滿稻草，算是留了全屍，送往蜀王府，給朱元璋媳婦、藍玉女兒蜀王妃“留念”。明末農民軍攻破蜀王府，在王府祭堂發現了這件“文物”。
對於藍玉具體死於何種形式，民間傳聞剝皮實草，《明史》本傳未作交代，何其慘厲。但是，《明書》稱“磔於市”。磔者，一為磔誅，即千刀萬剮的凌遲；一為磔刑，乃五馬分屍的車裂。皮不是剝下來，而是直接破解。
《明太祖實錄》也只是反覆強調藍玉“謀反伏誅”，“實皆伏誅”。（《明太祖實錄》卷二百二十五，洪武二十六年二月乙酉）
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而朱棣要造反之事，查繼佐也曾記載，皇太子朱標在世時，妻舅藍玉就多次對他說：“臣觀燕王英武，負上寵愛至，而術者言燕地有天子氣。太子幸自愛。”（查繼佐《明書·藍玉傳》）藍玉力勸朱標對朱棣早早防患！
燕王朱棣鎮守的北平，那是前元的大都，做過多個朝代的都城，不免是龍興之地、有天子氣象。不用術士盤算，歷史儼然如此。
朱棣深為朱元璋喜愛，那是實情，故而命其鎮守元帝國留下的最繁華的政治、經濟、文化中心。不但查繼佐如此說，就是清人修《明史》，亦有朱元璋在朱標死後，於東閣議立新太子，曾言：“燕王英武似朕，立之何如？”（《明史·劉三吾傳》）劉三吾諫阻，朱元璋“大哭而入”，可見朱元璋屬意朱棣，由來已久，甚至在不滿意朱標過於仁厚時就有過易儲朱棣的盤算，但是最終礙於儒家宗法制繼承傳統而放棄。
唐國強版朱棣劇照
所以，查繼佐大膽地說，藍玉是忠於大明王朝的，但燕王朱棣從中構陷，必殺藍玉這頭奪儲路上的攔路虎。
查繼佐老先生感嘆：“存玉而無燕，不存玉以有燕。”（查繼佐《明書·藍玉傳》）
藍玉死了，一大批悍將受到株連，朱元璋為皇太子—皇太孫裝配的超強武人團隊，都被清洗乾淨，為幾年後朱棣造反早早地清除了強有力的對手。