西瓜侵染性病害有幾十種，其中為害較嚴重的有蔓枯病、枯萎病、炭疽病、病毒病等，這些病害不僅影響西瓜產量，也影響品質。
它們是通過土壤傳播的病害，稱為土傳病害，是為害西瓜的主要病害，土傳病害一般危害植物的根和莖，作物生長前期一旦發生病害，幼苗根腐爛或是莖腐爛猝倒，幼苗很快就會死亡，嚴重影響作物生產。
作物生長後期發生病害，一般年份減產20-30%，嚴重年份減產50-60%，甚至絕收。
土傳病害是重茬病害，連作西瓜都會發生，並且很難控制，一旦發病，就無法治癒，損失慘重。土傳病害發病後即便前茬作物全部剷除，也難以防治，病菌藏在土壤中越冬，連作植物受到前茬作物影響，土壤裡有害菌大量繁殖，營養元素缺乏，後茬作物生長受到影響，如此循環，病害越來越嚴重。
因此，西瓜土傳病害必須以防為主，防止發病，才能減少損失。
堅持以農業防治為主，藥劑防治為輔的原則。採取輪作換茬，合理施肥、嫁接防病、田間管理和藥劑防治相結合的綜防措施。
農業防治
1、輪作換茬防病
與其他作物（非瓜類）進行3-4年以上的輪作，惡化病菌生存環境，控制病菌基數。其中以水旱輪作對控制枯萎病菌更有效。
2、利用太陽熱能殺滅病菌
把每畝所需的基肥及石灰氮量撒於土表，起壟、澆透水，用聚乙烯薄膜悶棚15-30天。消毒期間土壤含水量保持在田間飽和持水量的60%以上。
3、嚴格選擇營養土
不用菜園土、瓜田土和庭園土育苗。
4、選擇抗病品種
可選擇抗病性好、產量高和品質優的優良品種。
5、種子處理
種子用55℃溫水浸種，並擦淨種子表皮，減少種子帶菌率。
6、合理施肥
減少氮肥用量，增施磷鉀肥，特別是鉀肥，忌施硫酸銨及氯化鉀等含氯離子的肥料。基肥以有機肥為主，禁用病殘體漚制的未腐熟的肥料。
7、加強田間管理
採用深溝高畦栽培，棚膜兩邊與田畦接口處保持低於棚內畦面，棚內外溝系要暢通，雨後需及時排水；澆水在晴天上午進行，切忌大水漫灌，嚴格控制棚內溫溼度。另外，要及時清除田間雜草，發現病株要及時拔除並帶出田外處理等。
8、嫁接防病
有條件的地區和農戶可用葫蘆作砧木，進行嫁接，能有效減輕枯萎病的發生。據試驗，嫁接可減少56.2%的發病率，控制效果可達90%以上。
藥劑防治
1、床土消毒
每平方米苗床施用50%拌種雙粉劑7克、或40% 五氯硝基苯粉劑9克、或40%猝倒立枯靈可溼性粉劑1克，對細土4-5千克拌勻，施藥前先把苗床底水打好，且一次澆透，水滲下後，將1/3藥土撒在畦面上，播種後，再把其餘2/3藥土覆蓋在種子上面，可預防猝倒病。
2、大田防治
對枯萎病的防治：發病初期選用猝倒立枯靈、農抗120、瓜枯寧等對西瓜枯萎病防治效果均較好。
方法①：用40%猝倒立枯靈可溼性粉劑600-800倍液，在發病初期進行葉面噴淋，防治效果為71.2-82.4%。
方法②：發病初期噴淋15%惡黴靈水劑450倍液，每平方米3L，防治效果為70.1-80.3%。
方法③：4%農抗120水劑300倍液1次灌根（每穴0.5千克藥液），防治效果為50.2-70.4%。方法④：用40%瓜枯寧600倍液1次灌根（每穴0.5千克藥液），效果為61.7-75.6%。