太平天國失敗後，石達開企圖東山再起，強渡大渡河失敗後被俘虜。
清軍地方守軍首領楊應剛前來勸降．表示立刻可以提供他們所需要的軍糧(這是他們最渴望的)。當時談判的內容和雙方的想法我們都不得而知，但是談判之後付諸行動的各事，公私史料皆有記載，民間也有傳說，主要有兩件事：
一是在6000名太平軍中立即遣散4000人，髮結口糧和路票(證明文件)各回原籍。
二是留下的2000人仍然攜帶自己的武器，由石達開部下週宰輔率領，從洗馬姑出發，暫時移駐大樹堡。
關於遣教4000人一事．清官方文書已有記載，如駱秉章《生擒石逆疏》：“訊明新被裹脅及老弱者，發給路票，遣散四千餘人”。這些人的下落呢，可能有些是回原籍了，有些則被當地彝族擄為“娃子”，或在深山中就地安家落戶。當地地廣人稀．在我們下鄉進行訪問的時候．哪一家是“長毛根根”(太平軍後裔)，左鄰右舍多能指得出來。 關於2000人移駐大樹堡一事，清官方亦有記載，如黃彭年《黎雅記行》中說：“詢知大樹堡尚有二千餘人未繳軍器，其偽周宰輔領之”，民間傳說也多，互為印證．說明其事真實可靠。
1863年6月10日，石達開三渡大渡河失敗，面對清軍和當地土司的重重包圍，虎落平陽的石達開心裡五味雜陳，既有對前途無邊地絕望，又有對眾將深深的自責，更有對家人深深的愧疚。他的三個妻妾，為了不拖累自己的丈夫，也為了避免落到清妖手中遭受侮辱，她們抱著自己的孩子，平靜而又毅然的走向滾滾不息的大渡河……
石達開被押往成都後，清軍又夜襲大樹堡剩餘一千多人，除三百老幼存活外，全部被殺。
清軍對石達開進行了公審，石達開慷慨陳詞，令主審官崇實理屈詞窮，無言以對。最後石達開被凌遲處死。而後，石達開遭受凌遲之刑而死。凌遲，是一種極其殘忍的死刑，即民間俗稱的“千刀萬剮”，需要在受刑之人身上割三千多刀，令受刑之人遭受常人無法想象的痛苦。凌遲的時候，劊子手先割了宰輔曾仕和一刀，劉疼的慘叫狂呼，石達開斥責劉軟骨頭。最後石達開被割了一百多刀，他始至終默然無聲。
現場的劊子手和清朝官員也感到震驚，感嘆石達開“奇男子”，四川布政使劉蓉讚美石達開：“梟桀堅強之氣溢於顏面，而詞句不亢不卑，不作搖尾乞憐語。……臨刑之際，神色怡然，實醜類之最悍者。”
據傳，太平軍和清軍的高級將領們對石達開的膽略十分推崇，如李秀成談及各王優劣才能時說：“皆雲中中，而獨服石王，言其謀略甚深”，陳玉成認為太平軍將領“皆非將才，獨馮雲山石達開差可耳”。清朝方面，石達開的手下敗將曾國藩說“查賊渠以石為最悍，其誑煽莠民，張大聲勢，亦以石為最譎……。”
當然，他的家人們也沒有逃過此劫，紛紛受到了牽連，妻妾都遭到凌辱，而石達開的兒子，年僅四歲的男孩和襁褓裡的嬰兒，也被判處凌遲。按照清朝規定，匪首的家屬也要凌遲處死，但凌遲需要割上3000刀，這麼小的孩子，別說3000刀，可能幾刀就要命了。於是，清政府考慮到實際情況，皇帝下令，先養著吧，等大了再活剮，這話簡直沒人性到極點。據記載，清朝是歷史上使用酷刑最多的朝代，太平軍大部分人都是被凌遲處死，殘忍至極。
時人對石達開都十分推崇，如李秀成談及各王優劣才能時“皆雲中中，而獨服石王，言其謀略甚深”。陳玉成認為太平軍將領“皆非將才，獨馮雲山石達開差可耳”。曾國藩說“查賊渠以石為最悍，其誑煽莠民，張大聲勢，亦以石為最譎”，左宗棠說他“狡悍著聞，素得群賊之心，其才智諸賊之上，而觀其所為，頗以結人心，求人才為急，不甚附會邪教俚說，是賊之宗主而我之所畏忌也”，駱秉章說他“能以狡黠收拾人心，又能以凶威鈐制其眾”，是“首惡中最狡悍善戰”。清朝一位貢生在湘軍軍宴上公開說他有“龍鳳之姿，天日之表”，地主文人周洵在《蜀海叢談》中稱其為“奇男子”，直到石達開死去近40年後，另一位地主文人所撰的著作《江表忠略》之中還有這樣的記敘：“至今江淮間猶稱……石達開威儀器量為不可及。”
連同美國傳教士麥高文在其通訊中也如此稱讚石達開：“這位青年領袖，作為目前太平軍的中堅人物，各種報道都把他描述成為英雄俠義的--勇敢無畏，正直耿介，無可非議，可以說是太平軍中的培雅得(法國著名將領和民族英雄)。他性情溫厚，贏得萬眾的愛戴……”
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