成吉思汗的皇后妃子很多，他讓她們分住在五個地方，稱為五個斡兒（耳）朵，斡兒朵是“宮帳”的意思。
第一斡兒朵的正後是元配孛兒帖皇后，生了朮赤、察合臺、窩闊臺、拖雷四個兒子，五個女兒。
第二斡兒朵的正後忽蘭皇后和次後古兒八速。忽蘭皇后生了一個兒子，叫做闊列堅，後來隨拔都西征，在俄羅斯中箭而死。
次後古兒八速原本是乃蠻部太陽汗的後母，乃蠻部汗王亦難察必勒格死後，太陽汗和不亦魯黑為爭奪古兒別速，兄弟分裂。古兒別速終為太陽汗所娶。古兒八速曾說:"蒙古人衣著髒汙，身有臭味。"這句話給成吉思汗聽到了，後來將她俘虜了來，就問她：“你說我們蒙古人身上很臭嗎？”當晚就娶了她，大概要她聞聞自己身上臭不臭。
第三斡兒朵的正後是也遂皇后。她和忽蘭皇后兩人最為得寵。
第四斡兒朵的正後是依速甘皇后。她是也遂皇后的妹妹。由於她舉薦姊姊， 成吉思汗才得到也遂皇后。 第四斡兒朵的三後名叫合答安皇后，是四大功臣之一赤老溫的妹妹。
四大斡兒朵之外，又另有一個“公主斡兒朵”，正後是金國的歧國公主，蒙古人稱她為“公主皇后”。
當然還有許多不出名的妃子。
按照蒙古的傳統，只有正妻生的孩子才算真正的子女，他和孛兒帖皇后，生了朮赤、察合臺、窩闊臺、拖雷四個兒子就成為成吉思汗家族的傳承基礎。
長子朮赤：
孛兒只斤·朮赤（約1177年-1225年），鐵木真與孛兒帖結婚時，三姓蔑兒乞惕部的首領脫黑脫阿，為報其弟赤列都的未婚妻訶額侖當年被鐵木真的父親也速該所搶之仇，突襲了鐵木真的營帳。搶走了孛兒帖。等救回時孛兒帖已有身孕，而"朮赤"二字是"客人"的意思。因此，從他的出生開始就不斷有人懷疑朮赤的血統。
1206年，大蒙古國建立後，成吉思汗分封諸子，得蒙古民眾九千戶。
1211年，隨成吉思汗伐金，與察合臺、窩闊臺攻掠雲內、東勝、武、朔等州。
1213年，再次大舉分道伐金，與察合臺、窩闊臺率右軍殘破太行山東西兩側諸州郡。
1217年，吉利吉思部反抗蒙古徵兵，朮赤奉命出征，征服了吉利吉思及謙河（今俄羅斯葉尼塞河上游）西至也兒的石河（今額爾齊斯河）的森林中百姓諸部 。成吉思汗便以西北諸部賜歸他領有。
1219年，從父西征，受命與察合臺、窩闊臺留軍圍訛答剌。城破後，朮赤進至撒麻耳幹（今烏茲別克斯坦撒馬爾罕）與成吉思汗會合。成吉思汗又命他與察合臺、窩闊臺進攻花拉子模都城玉龍傑赤城（今土庫曼斯坦烏爾根奇）。因與察合臺素不和，各行其是，城久攻不下。成吉思汗乃命窩闊臺總領軍事，協調行動，終於取勝。玉龍傑赤城陷後，朮赤徑返其在也兒的石河旁輜重所在駐地。成吉思汗分封諸子，朮赤作為長子，封他最西，封地在額爾齊斯河以西、花剌子模以北 (包括額爾齊斯河流域和阿爾泰山地區)，朮赤的斡爾朵(行宮)設在額爾齊斯河流域，稱為"朮赤因·兀魯思"。在此基礎上次子拔都建立了欽察汗國。
1223年，朮赤去世，次子拔都承襲汗位。追諡元穆宗道寧皇帝。
察合臺
次子叫察合臺。
1211年，隨成吉思汗伐金，與孛兒只斤·朮赤、孛兒只斤·窩闊臺攻掠雲內、東勝、武、朔諸州。
1213年，再次大舉分道伐金。 蒙古大舉攻金，他與朮赤、窩闊臺率右路軍，破太行山東西兩側大部州縣。
1219年，隨成吉思汗西征。隨後與朮赤，窩闊臺奉命進攻花剌子模(中亞阿姆河流域的古國)，陷其首都玉龍傑赤城(今土庫曼斯坦舊烏爾根奇，非烏茲別克斯坦烏爾根奇市)。成吉思汗把畏兀兒以西直至阿姆河之間的草原地區分封給他。 設斡耳朵宮阿力麻裡(今新疆霍城西)附近的虎牙思
1226年，成吉思汗出征西夏，察合臺受命留守蒙古大斡耳朵。他與長兄朮赤不和，與弟窩闊臺相處較融洽。
成吉思汗逝世後，察合臺遵照遺命擁戴窩闊臺即大汗位。親執臣屬之禮;平時亦守臣下禮節，維護大汗尊嚴。察合臺熟悉札撒(法令)，執法嚴峻。窩闊臺大汗統治時期，察合臺(窩闊臺兄)在蒙古帝國的政治生活中居有崇高地位，在重大問題上起著一定的決策作用。
1241年5月，察合臺病逝。元朝建立後，元世祖追諡為元聖宗忠武皇帝。
察合臺汗國最盛時其疆域東至吐魯番、羅卜泊，西及阿母河，北到塔爾巴哈台山，南越興都庫什山，包括阿爾泰至河中地區(河中地區特指阿姆河與錫爾河之間的大片地區)。斡爾朵(宮帳)設在阿力麻裡境內的忽牙思。
窩闊臺
第三子窩闊臺
初隨父統一漠北諸部，在合蘭真之戰中率部與克烈部王汗激戰,受箭傷。
公元1225年受封於也兒的石河(今額爾齊斯河)上游和巴爾喀什湖以東一帶，建斡耳朵於也迷裡城(今新疆額敏縣)。
公元1229年忽裡臺大會被擁戴登基，管理整個蒙古帝國。
他繼續父親的遺志擴張領土，南下滅金朝，派拔都遠征歐洲，他在位期間疆域版圖曾擴充到中亞、華北和東歐。在位期間，任用契丹人耶律楚材為中書令，採用漢法，並且開科取士，重用中原文人，奠定元朝的基礎。
窩闊臺是個性情複雜的人物。他仁愛好施，又嚴酷、刻毒。他本人嗜酒如命，到晚年更是溺情酒色，每飲必徹夜不休，十三年十一月，酗酒暴卒。元世祖忽必烈追尊窩闊臺廟號為太宗，諡號英文皇帝。
託雷
四子託雷
孛兒只斤·託雷(Tului，蒙古語意為鏡子，1193-1232年)，尊號"也可那顏"。在金庸小說《射鵰英雄傳》中與郭靖結為"安達"。
按照蒙古習俗，幼子繼承父業，而年長諸子則分析外出，自謀生計。故成吉思汗生前分封諸子，拖雷留在父母身邊，繼承父親所有在斡難和怯綠連的斡耳朵、牧地及軍隊。成吉思汗留下的軍隊共有12.9萬人。其中10.1萬由拖雷繼承。在成吉思汗死後的兩年間，按照傳統未經呼勒臺大會確認窩闊臺無法繼任大汗，這期間就由託雷監國。
1213年，成吉思汗分兵伐金，拖雷從其父率領中路軍，攻克宣德府，遂攻德興府。拖雷與駙馬赤駒先登，拔其城。即而揮師南下，撥涿洲、易州，殘破河北、山東諸郡縣。1219年，從成吉思汗西征，攻陷不花剌、撒麻耳幹。
1221年，分領一軍進入呼羅珊境，陷馬魯、尼沙不兒，渡搠搠闌河，降也裡。3圍攻馬魯，馬魯長官出城投降，拖雷假許不殺，但在蒙古軍人城後只選取工匠400人後將全部居民和降卒進行屠殺，死者達70萬人，馬魯城被夷為平地。
與成吉思汗合兵攻塔裡寒寨，圍攻7個月才將此山城攻克下來。該城的守軍和人民皆被屠殺殆盡。
1221年1227年成吉思汗死後，拖雷監國。
1229年，在選舉大汗的忽裡臺上，推窩闊臺即大汗位。
1231年，與窩闊臺分道伐金，拖雷總右軍自鳳翔渡渭水，過寶雞，入大散關。11月，蒙古軍假道南宋境，沿漢水而下，經興元（今陝西漢中）、洋州（今陝西洋縣）在均州（今湖北均縣西北）、光化（今湖北光化北）一帶，渡漢水，北上進入金境。1232年初與金軍在均州（今河南禹縣）遭遇。拖雷乘雪夜天寒大敗金將完顏合達、移刺蒲阿、完顏斜烈於三峰山，盡殲金軍精銳。此役畢，拖雷與自白坡渡河南下的窩闊臺軍會合。同年北返，病死途中。
《蒙古祕史》、《元史》記載：太宗在軍中患病，不能言語。巫師向神許以人命、寶物問卜，但病情不見好轉，反而更加嚴重起來。又向神許以親人之命，窩闊臺汗才甦醒過來。於是，在汗兄身邊看護的拖雷說：“我聖明的汗父，委兄以大任而將國家江山交給了您。汗父命我隨汗兄身邊，提起所忘，喚醒所睡。如今，我若失去汗兄，將提起誰之所忘，喚醒誰之所睡呢？若汗兄真有不測，蒙古之眾將成遺孤。”於是，拖雷喝下了巫師之水。少頃，拖雷說：“我已大醉！照顧遺孤之事就拜託汗兄了。”即走出屋去，昏厥而亡。之後，太宗果然病癒。
至元三年（公元1266年）諡號景襄皇帝，廟號睿宗。
拖雷有子十一人：長子蒙哥，次子忽睹都、四子忽必烈、六子旭烈兀、七子阿里不哥、八子撥綽（不者克）、九子末哥、十子歲哥都、十一子雪別臺，第三子和第五子失其名。拖雷和正妻唆魯禾帖尼所生的四子皆有所成，元憲宗蒙哥和元世祖忽必烈相繼做過大元（大蒙古國）的帝王，蒙元皇帝由拖雷一系繼承。旭烈兀在西亞開創了伊兒汗國，
