天主教和東正教都是基督教的分支，1054年大分裂之前，它們分別被稱為西方教會和東方教會。羅馬帝國雖然不是基督教的發祥地，但是基督教發展的主戰場。頗具反諷意味的是，羅馬帝國殺死了基督教的創始人耶穌，一直到4世紀初，羅馬帝國的屠刀時不時砍向羽翼未豐的基督教。
早期的基督徒處境悲慘，在帝國境內他們是排斥的對象，關於他們的謠言四處流散，比如他們在禮拜時喝血，比如基督徒的聚餐是淫亂大會。一旦帝國境內發生諸如經濟危機、內戰等災難，官方就將罪過怪在基督徒頭上。儘管如此，善於隱忍的基督徒依然在逐漸壯大。公元1世紀末，基督教在羅馬帝國東部站穩了腳跟，在首都羅馬也有相當的發展。但發展與阻撓並存，帝國政府一直在迫害基督教，公元3世紀末，迫害達到了頂峰，教堂被摧毀，基督徒被迫向異端朝拜，不服從者慘遭屠戮。
東西羅馬帝國版圖
4世紀初，被迫害了三個世紀之久的基督徒贏來了春天。此時，羅馬帝國陷入皇位爭奪戰，公元312年，君士坦丁大帝繼位，據說在戰鬥中因為十字架庇佑打了勝仗而皈依了基督教，是第一個信奉基督的羅馬皇帝。從此基督教從一個受壓迫的窮人宗教變成了富裕的權貴的宗教。380年，基督教正式成為羅馬帝國國教。君士坦丁問鼎九五之尊後，為了穩定帝國的東部，於公元330年將都城從羅馬遷至博斯普魯斯海峽邊的拜占庭，稱之為“新羅馬”，這就是君士坦丁堡。羅馬帝國就此分為東西兩半（東羅馬帝國又稱拜占庭帝國），隨著帝國的分野，以羅馬為根據地的西方教會和以君士坦丁堡為總部的東方教會也逐漸分道揚鑣。
希臘語是早期基督徒的主要語言，羅馬帝國的官方語言是拉丁語，但這並不妨礙說希臘語的基督徒在羅馬帝國傳教，儘管拉丁語是官方語言，但羅馬有大量從東部遷過來的希臘語公民，而帝國的中上階層也一直尊崇希臘文化，學習希臘語。所以在羅馬帝國，拉丁語和希臘語並行不悖。
西方教會使用的是拉丁語，雖然東羅馬帝國直到7世紀官方語言依然是拉丁語，但其文化主體是希臘文化，通用語言是希臘語，東方教會也以希臘語為主。西方教會認為，耶穌十二門徒之一的彼得是教會的基石（彼得一詞在拉丁語和希臘語中都是“石頭”的意思，英語中石油petroleum同源）。他親自建立教會，是羅馬第一任教宗，統領各地教會。但隨著歷史發展，君士坦丁堡牧首統治的東方教會威望與權力逐漸上升，開始與羅馬分庭抗禮。
西羅馬帝國頻繁遭受西歐的蠻族侵襲。公元410年，西哥特人洗劫羅馬。476年，西羅馬帝國滅亡後，西方教會並沒有隨之滅亡，反而是吸收了入侵的蠻族，6世紀至7世紀，他們先後歸信羅馬教會。8世紀，法蘭克王國崛起，公元800年羅馬教宗里奧三世為查理曼大帝加冕。
東西羅馬帝國分裂後，東西教會之間的罅隙日益增大，但尚未鬧到決裂的地步，直到1054年。
因為政治環境變遷，語言隔絕，地理分割，東方教會和西方教會漸行漸遠。公元8世紀到9世紀的聖像破壞運動加大了二者的分歧，西方教會始終堅持偶像崇拜，與大搞偶像破壞的拜占庭格格不入。7世紀中期，崛起穆斯林已經佔領了三分之二的拜占庭領土。大馬士革、安條克、耶路撒冷三大牧首區都被穆斯林奪去。伊斯蘭軍隊曾兩次兵臨君士坦丁堡城下。拜占庭帝國開始懷疑，上帝是不是站在他們這邊。他們發現穆斯林從來不畫先知的肖像，《古蘭經》確實明確禁止信徒繪製先知肖像，所以，邏輯不大好的拜占庭人覺得，正是因為穆斯林不畫神祇肖像，才能戰無不勝，屢次擊敗基督教治下的拜占庭，必須消滅聖像，才能贏回上帝的眷顧。公元726年，拜占庭皇帝利奧三世下令搗毀帝國境內所有聖像。私藏聖像者甚至有性命之虞。此後一百年多裡，聖像破壞運動對拜占庭帝國造成了深遠影響。公元843年，聖像破壞運動才正式廢止。
8世紀後期，查理大帝統一了德國、法國和意大利北部。此時已經皈依羅馬教會的查理派遣傳教士向斯拉夫人傳教。但拜占庭帝國不想看到臨近的斯拉夫人變成羅馬的信徒，想讓他們歸信東方教會。公元862年，拜占庭帝國皇帝米海爾三世派遣會斯拉夫語的西里爾和美多德去斯拉夫地區傳教。但斯拉夫地區只有斯拉夫語，沒有文字，西里爾和美多德以希臘字母為藍本，創造了新的文字，便於傳教，這就是西裡爾字母，俄羅斯、保加利亞、塞爾維亞等國現在使用的便是西里爾文字。
1054年的大分裂是東西教會矛盾的終極體現，東西教會分裂成了天主教和東正教兩支。拜占庭帝國被滅後，東正教北上，在俄羅斯和斯拉夫地區找到了歸宿。
在基督教誕生的頭一千年裡，基督教始終致力於保持一個教會，儘管時常產生分歧，但始終沒有決裂。
“和子說”是東西教會紛爭的重要一環：聖靈是由聖父而出，或是由聖父和聖子而出？東方教會和西方教會共同信奉的《尼西亞信經》中說聖靈由聖父而出，但查理大帝在9世紀時，在其中添加了“和聖子”，變成了：聖靈由聖父和聖子而出。這句話在接下來的數個世紀裡，引發了東西教會間的諸多矛盾。東方教會認為，修改信經內容是極大的褻瀆。
除了教義上的矛盾，東方教會和西方教會在宗教儀式、羅馬主教的地位等方面也存在諸多差異。矛盾在11世紀初年達到頂點，皈依了天主教的諾曼人侵擾了意大利南部，強迫那裡的東方教會教堂採用拉丁儀式，為了報復，君士坦丁堡牧首米恰爾一世則禁了城內的拉丁宗教儀式。為此，羅馬教宗派遣特使樞機主教宏伯特前往君士坦丁堡，與東方教會就二者分歧商談。但矛盾已經到了不可調和的地步，雙方劍拔弩張。
1054年7月16日，在聖索菲亞大教堂的一次禮拜儀式上，宏伯特宣佈將君士坦丁堡牧首逐出教籍，牧首還以顏色，也宣佈開除羅馬教宗。東西方教會分裂成西方的天主教和東方的東正教，史稱“大分裂”。其實這並不是基督教第一次分裂。公元431年第三次大公會議，第一次分裂，聶斯脫利派遭逐，創立了亞述教會教會。公元451年第四次大公會議，亞歷山大港和安條克被判絕罰，基督教第二次分裂，形成東方正統教會。
君士坦丁堡的聖索菲亞大教堂是東正教教堂，被穆斯林攻破後淪為清真寺
大分裂之後，拜占庭帝國式微，東方的穆斯林再度扣關，拜占庭被迫向西方的天主教求救。1095年，教宗烏爾班二世發起了第一次十字軍東征。這本該是東西教會聯合起來，共同對抗外敵，修復裂痕的絕佳契機，但天主教並不只是東征異教徒。1204年春，君士坦丁堡被攻陷，這座千年古城被洗劫了，凶手不是穆斯林，而是第四次東征的十字軍。儘管57年後，東正教奪回了君士坦丁堡，但經此一役，天主教與東正教和解無望。此後，拜占庭帝國也一蹶不振，1453年，奧斯曼土耳其入侵君士坦丁堡，滅了拜占庭。東正教的象徵聖索菲亞大教堂，淪為清真寺。五大牧首區（羅馬、君士坦丁堡、亞歷山大港、安條克、耶路撒冷）中有四個淪陷於穆斯林之手，只剩羅馬一棵獨苗。
但拜占庭的覆滅並不是東正教的終結。在故國淪陷後，一部分東正教教徒負重北上，來到西里爾和美多德曾經傳教的斯拉夫地區。曾經依傍於拜占庭帝國的權貴宗教再一次深入地下，在苦寒之境隱忍待發。很快，他們又傍上了權貴。
1472年，莫斯科公國的伊凡三世迎娶了末代拜占庭皇帝的侄女，將拜占庭的雙頭鷹標誌納為己用，並稱自己為“沙皇”（羅馬帝國皇帝凱撒之意）。用神學家迪爾梅德·麥卡洛克的話說，“第一個羅馬，被野蠻人佔領，淪為羅馬天主教異端，第二個羅馬（即君士坦丁堡）陷入穆斯林之手，而俄羅斯正教會承襲了第三個羅馬的稱號。”儘管俄羅斯正教源自拜占庭帝國的東正教，但帶有鮮明的俄羅斯特色。如今，東正教在俄羅斯及巴爾幹地區追隨者眾，在全球也有超過1.5億信眾。
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