工程結算審計是對施工單位在工程竣工或年度終了時，與建設單位所辦理的工程價款結算的審計。其主要內容：(1)中間結算(含跨年)檢查工程形象進度的工程量，施工產值和預算成本是否正確、真實、本期應結工程價款淨值是否與本期實際完成的施工產值或結算價值，扣除預收工程款、抵扣備料款、甲方材料款以及其他應扣款後的餘額相符；(2)竣工結算，應審查竣工質量驗收、竣工決算的合規性，未完部分尾工預提費用的合理性以及雙方經濟往來是否清楚，有無違反結算紀律行為。
1.審核竣工結算編制依據
編制依據主要包括：工程竣工報告、竣工圖及竣工驗收單；工程施工合同或施工協議書；施工圖預算或招標投標工程的合同標價；設計交底及圖紙會審記錄資料；設計變更通知單及現場施工變更記錄；經建設單位簽證認可的施工技術組織措施；預算外各種施工簽證或施工記錄；合同中規定的定額，材料預算價格，構件、成品價格；國家或地區新頒發的有關規定。審計時要審核編制依據是否符合國家有關規定，資料是否齊全，手續是否完備，對遺留問題處理是否合規。
2.審核工程量
(1)工程量是決定工程造價的主要因素，核定施工工程量是工程竣工結算審計的關鍵。審計的方法可以根據施工單位編制的竣工結算中的工程量計算表，對照圖紙尺寸進行計算來審核，也可以依據圖紙重新編制工程量計算表進行審計。一是要重點審核投資比例較大的分項工程，如基礎工程、混凝土鋼筋混凝土工程、鋼結構等。二是要重點審核容易混淆或出漏洞的項目。如土石方分部中的基礎土方，清單計價中按基礎詳圖的界面面積乘以對應長度計算，不考慮放坡、工作面。三是要重點審核容易重複列項的項目。四是重點審核容易重複計算的項目。對於無圖紙的項目要深入現場核實，必要時可採用現場丈量實測的方法。
(2)審核材料用量及價差。材料用量審核，主要是審核鋼材、水泥等主要材料的消耗數量是否準確，列入直接費的材料是否符合預算價格。材料代用和變更是否有簽證，材料總價是否符合價差的規定，數量、實際價格、差價計算是否準確，並應在審核工程項目材料用量的基礎上，依據預算定額統一基價的取費價格，對照材料耗用時的實際市場價格，審核退補價差金額的真實性。
(3)審查隱蔽驗收記錄。驗收的主要內容是否符合設計及質量要求，其中設計要求中包含了工程造價的成份達到或符合設計要求，也就達到或符合設計要求的造價。因此，作好隱蔽工程驗收記錄是進行工程結算的前提。目前，在很多建設項目中隱蔽工程沒有驗收記錄，到竣工結算時，施工企業才找有關人員後補記錄，然後列入結算。有的甚至沒有發生也列入結算，這種事後補辦的隱蔽工程驗收記錄，不僅存在嚴重質量隱患，而且使工程造價提高，並且存在嚴重徇私舞弊腐敗現象，因此，在審查隱蔽工程的價款時，一定要嚴格審查驗收記錄手續的完整性、合法性。驗收記錄上除了監理工程師及有關人員確認外，還要加蓋建設單位公章並註明記錄日期，防止事後補辦記錄或虛假記錄的發生，為竣工結算減少糾紛掃平道路，有效地控制工程造價。審查設計變更籤證。設計變更應由原設計單位出具設計變更通知單和修改圖紙，設計、校審人員簽字並加蓋公章，並經建設單位、監理工程師審查同意。重大的設計變更應經原審批部門審批，否則不應列入結算。在審查設計變更時，除了有完整的變更手續外，還要注意工程量的計算，對計算有誤的工程量進行調整，對不符合變更手續要求的不能列入結算。
(4)審查工程定額的套用。主要審查工程所套用定額是否與工程應執行的定額標準相符，工程預算所列各分項工程預算定額與設計文件是否相符，工程名稱、規格。計算單位是否一致。正確把握預算定額套用，避免高套、錯套和提高工程項目定額直接費等問題。
(5)審核工程類別。對施工單位的資質和工程類別進行審核，是保證工程取費合理的前提，確定工程類別，應按照國家規定的規範認真核對。
(6)審查各項費用的計取。建築安裝工程取費標準，應按合同要求或項目建設期間與計價定額配套使用的建安工程費用定額及有關規定。在審查時，應審查各項費率、價格指數或換算係數是否正確，價差調整計算是否符合要求，並在核實費用計算程序時要注意以下幾點：①各項費用計取基數，如安裝工程間接費等是以人工費為基數，這個人工費是定額人工費與人工合調整部分之和。②取費標準的確定與地區分類工程類別是否相符。③取費定額是否與採用的預算定額相配套。④按規定有些簽證應放在獨立費用中，是否放在定額直接費中計算。⑤有無不該計取的費用。⑥結算中是否按照國家和地方有關調整結算文件規定計取費用。⑦費用計列是否有漏項。⑧材料正負差調整是否全面、準確。⑨施工企業資質等級取費項目有無掛靠高套現象。⑩有無隨意調整人工費單價。
(7)審查附屬工程。在審核竣工結算時，對列入建安主體的水、電、暖與室外配套的附屬工程，應分別審核，防止施工費用的混淆、重複計算。
(8)防止各種計算誤差。工程竣工結算是一項非常細緻的工作，由於結算的子項目多，工作量大，內容繁雜，不可避免地存在著這樣或那樣的計算誤差，但很多誤差都是多算。因此，必須對結算中的每一項進行認真核算，做到計等橫平豎直。防止因計算誤差導致工程價款多計或少計。搞好竣工結算審查工作，控制工程造價，不僅需要審查人員具有較高的業務素質和豐富的審查經驗，還需要具有良好的職業道德和較高思想覺悟，同時也需要建設單位、監理工程師及施工單位等方面人員的積極配合。出據的資料要真實可靠，只有這樣，才能使工程竣工結算工作得以順利進行，減少雙方糾紛；才能全面真實地反映建設項目合理的工程造價，維護建設單位和施工單位各自的經濟利益，使目前我國的建築市場更加規範有序地運行。
3.審核施工企業資質
嚴格審核施工企業的資質，對掛靠、無資質等級及無取費證書的施工企業，應降低綜合單價或審計確定綜合單價及造價。
4.審核工程合同
工程合同審計是投資審計的一項重要內容，必須仔細查閱相關文件資料是否齊全、合法合規。
當雙方對合同文件有異議時，國內合同按國內合同文件順序解釋，國際工程，按照FIDIC合同文件順序解釋，特別是按FIDIC條款訂合同，索賠費用應重點審計。