二級分支機構指不具有獨立法人資格的下屬機構，如分公司、經營部等。有納稅人詢問，二級分支機構所在地主管稅務機關能否自行對其實施稅務檢查？
《國家稅務總局關於印發〈跨地區經營彙總納稅企業所得稅徵收管理辦法〉的公告》（國家稅務總局2012年第57號公告）第二十八條規定，二級分支機構所在地主管稅務機關應配合總機構所在地主管稅務機關對其主管二級分支機構實施稅務檢查，也可以自行對該二級分支機構實施稅務檢查。
二級分支機構所在地主管稅務機關自行對其主管二級分支機構實施稅務檢查，可對查實項目按照《企業所得稅法》的規定自行計算查增的應納稅所得額和應納稅額。
計算查增的應納稅所得額時，應減除允許彌補的彙總納稅企業的以前年度虧損；對於需由總機構統一計算的稅前扣除項目，不得由分支機構自行計算調整。
二級分支機構應將查補所得稅款的50%分攤給總機構繳納，其中25%就地辦理繳庫，25%就地全額繳入中央國庫；50%分攤給該二級分支機構就地辦理繳庫。具體的稅款繳庫程序按照《財政部、國家稅務總局、中國人民銀行關於印發〈跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理辦法〉的通知》（財預〔2012〕40號）第五條等相關規定執行。
彙總納稅企業繳納查補所得稅款時，總機構應向其所在地主管稅務機關報送經二級分支機構所在地主管稅務機關受理的彙總納稅企業分支機構所得稅分配表和二級分支機構所在地主管稅務機關出具的稅務檢查結論，二級分支機構也應向其所在地主管稅務機關報送彙總納稅企業分支機構所得稅分配表和稅務檢查結論。
因此，二級分支機構所在地主管稅務機關應配合總機構所在地主管稅務機關對其主管二級分支機構實施稅務檢查，也可以自行對該二級分支機構實施稅務檢查。可對查實項目按照《企業所得稅法》的規定自行計算查增的應納稅所得額和應納稅額。對於需由總機構統一計算的稅前扣除項目，不得由分支機構自行計算調整。比如，分支機構當地稅務稽查部門檢查過程中，發生超稅法規定限額列支業務招待費的情形，經由總機構統一計算後仍超過規定限額，需要補繳稅款，二級分支機構應將查補所得稅款的50%分攤給總機構繳納，50%分攤給該二級分支機構就地辦理繳庫。
需要注意的一個問題是，協調稅法的剛性與徵管實務中對政策理解不同的矛盾。
如果分支機構所在地稅務機關檢查時適用國家統一的稅收政策，如業務招待費、職工教育經費、工會經費、會議費、廣告費和業務宣傳費、補充養老保險和補充醫療保險、公益性捐贈等這些《企業所得稅法》明確規定比例的政策時，將不會產生不同的理解。但是，涉及諸如福利費、通訊費、取暖費等各地理解或是地方政策不同的問題，就會發生總機構與各分支機構扣除規定不一，檢查時會出現究竟以哪裡的政策為準的矛盾。通常情況下，二級分支機構稅務檢查人員為了減少當地檢查補稅的責任和應對成本，以當地偏緊的政策口徑調整，總機構彙總時也區別對待。那麼，在總機構的調整計算中，各地的標準也不同，這會給總機構的檢查人員帶來困惑。因此，建議財稅部門對於共性問題予以明確，以便於稅務檢查執行的統一性。
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