江戶時代捕鯨集團的出現，標誌著漁網式捕鯨達到了頂峰。那時鯨魚油和鯨肉也實現了商品化，漁民把鯨肉作為普通飯食來享用。至今日本有些地區仍使用魚叉式捕鯨和圍捕式捕鯨。而一些保留食用鯨魚傳統的地區，還在通過捕獲擱淺的鯨魚和海豚進行被動式捕鯨。
最初捕鯨者出於道德因素，加上帶著幼崽的鯨魚反抗激烈，容易產生危險，所以會盡量規避捕殺母子鯨。在太地町的捕鯨史上曾發生過一起流血慘案——“大背美鯨事件”，也被稱為日本最大規模的海難。
1878年12月24日早上，當天下著雨且風勢強勁，並不是理想的捕鯨日。但因為臨近過年，捕鯨者都希望能滿載而歸回家過年，所以這個有著184名船員、19只船的捕鯨隊還是頂著風雨出海了。下午兩點左右，隨著一聲“發現鯨魚”，全體船員都歡呼雀躍起來。但是這次發現的鯨魚，是少見的體型巨大且帶著幼崽的背美鯨。當時的人們並不具備捕捉這類大型鯨魚的技術。
此外當地人還有一種說法“帶著幼崽的背美鯨做夢都不要夢到”，其危險程度由此可見一斑。因而指揮者當時表示反對捕捉，但大多數人還是想要冒險試一試。接下來上演了驚心動魄地一幕：受驚嚇的母鯨在海中瘋狂翻騰，沒想到船員們在歷經整晚的搏鬥後，竟然成功捕獲了巨鯨。正當他們歡呼雀躍時，不幸發生了，他們的捕魚船被背美鯨巨大的力量拖入逆流，落水的船員在絕望中死去。倖存者寥寥無幾。也正因為這場事故，日本捕鯨集團開始衰退，古式捕鯨也漸漸沒落。
到了江戶末期，英美等國家很多捕鯨船來到日本附近的海岸，開始“美國式捕鯨”。於是日本附近海洋裡的鯨魚數量驟減，日本古式捕鯨也受到了毀滅性打擊。明治時期以後，日本開始學習近代的捕鯨方法，而挪威式槍殺捕鯨法為日本捕鯨產業再次帶來生機。1934年以後，日本為了獲取鯨魚油還曾派遣船隊，遠赴南極去捕鯨。但很快國際上便出現了捕鯨管制公約，規定保護鯨類及其後代。二戰時期，日本的多數捕鯨船被軍隊徵用，捕鯨暫時中斷。
日本在二戰中戰敗後，很快陷入了前所未有的糧食危機，日本捕鯨協會顧問三崎滋子在《日本人為何執念於捕鯨》中這樣寫道：“第二次世界大戰後，糧食極度緊缺，當時預測每年大概有上百萬人可能會餓死，飼養的動物也不夠，無法補充人體所需要的動物蛋白。再加上佛教在日本的普及和影響，當時的日本人排斥吃陸地的四腳動物，因而畜牧業也沒能得到發展。國土面積狹小更是決定了日本無法大規模發展畜牧業，而戰爭也導致了日本各方面都發展緩慢，肉類產業更是凋零。”於是鯨肉成了日本解決糧食危機的救星。
此外，麥克·阿瑟下令盟軍司令部放鬆對日本漁船捕魚範圍的限制，允許他們在小笠原群島周圍捕鯨。日本還改造了美國海軍的油船，製造了兩艘捕鯨船前往南極海域。
從1946年開始，日本再次組建捕鯨船隊，由於鯨魚提供了肉食供給源以及外幣獲得源（鯨油輸出），捕鯨頓時成為重要產業。捕鯨船隊迅速擴充，最多時有7個船隊，日本從19世紀50年代末期成了世界上最大的捕鯨國。而19世紀40年代末到60年代中期，日本最主要的蛋白質來源就是鯨肉。1964年，日本捕鯨數量達到歷史最高——2.4萬頭以上。其中，絕大多數是巨大的長鬚鯨和抹香鯨。
隨著流通和儲存技術的進步，鯨肉很快成為重要食材。而且還擁有價格便宜、富含蛋白質等優點，在戰後日本人的飲食生活中佔據著重要地位，鯨肉變成了大眾食材。在捕鯨量達到頂峰的時期，在動物性蛋白的來源獲取上，日本國民對鯨肉的實際依賴達到70%。
此外，還有一點不得不提，那就是戰後日本學校的“給食”，也就是學校提供午餐的制度。“油炸鯨肉”在當時可謂是“給食”的代表性食物。1954年，日本學校午餐法要求在義務教育（小學和初中）階段提供鯨肉，以改善日本兒童的營養。但事實上，小學生們並不太喜歡吃鯨肉，據1951年東京都立衛生研究所進行的調查，小學生最討厭的“學校給食”肉類，選擇豬肉的佔16%，牛肉7%，而鯨肉是佔比最高的，達到23%。有人推測，可能是面對鯨魚，孩子們內心充滿了傷感和負罪感。鯨肉從孩子們的“給食”中消失，是從1986年開始，那一年，日本宣佈停止商業捕鯨行為。▲