因為二者的份量不同，帶來的威脅程度也不同。
鰲拜是滿清入關定鼎的功臣之一，無論他後來如何後飛揚跋扈不把康熙放在眼裡，首先都必須承認他的功勞和地位。從軍事角度看，鰲拜算不上一流的帥才，但卻是頂級的猛將，在清朝初期的許多戰役中，無論對手是明軍還是農民起義軍，鰲拜都時常扮演先鋒的角色，他的看家本領就是身先士卒一往無前敢打敢拼，令敵方將領聞風喪膽，往往不戰而潰，這也是他號稱“滿洲第一勇士”的由來。從政治角度看，鰲拜一生對皇太極忠心耿耿，為了維護皇太極一脈的皇權，始終站在對抗多爾袞的第一線，是順治帝得以順利繼位的關鍵人物之一，並在此後遭遇了多爾袞殘酷的打壓與迫害。
因此，作為順治的繼承人，康熙對於鰲拜的功勞和貢獻心知肚明。正所謂皮之不存毛將焉附，沒有順治當皇帝在前，何來日後的清聖祖康熙？
從威脅程度看，經過金庸老先生和星爺的包裝宣傳，鰲拜權臣形象可謂深入人心，但實際上，當年他威脅到的，只是康熙的親政權，而非皇權。鰲拜的目的是繼續享受輔政大臣那種大權在握的快感與好處，而非把康熙從皇帝的位子上趕下來。與前朝那位著名的“九千歲”一樣，鰲拜同樣明白他的一切權力歸根結底還是來源於皇帝，自己篡位不可能，換一個人當皇帝不划算，還不如繼續想辦法拖延康熙親政的時間，守住自己一人之下萬人之上的地位。
康熙扳倒鰲拜的根本原因，是因為他也是權力慾望很強的人，不可能接受當傀儡的命運。臥榻之側豈容鼾睡，康熙想要乾綱獨斷，就必須把最大的攔路虎鰲拜拿下。但康熙也清楚，鰲拜並不是想換掉自己，皇帝寶座跟生命安全實際上不存在危險；再考慮到鰲拜對祖父跟父親的忠心，康熙決定留鰲拜一命，但再也不會給他任何的政治機會了。正如史書所記載，康熙念及鰲拜資深年久，屢立戰功，且無篡弒之跡，遂對他寬大處理，免死禁錮。最關鍵之處，就在於“無篡弒之跡”這五個字。
再來看索額圖，妥妥一枚“官二代”、“壕二代”，外戚集團代表人物。他的父親索尼是與鰲拜同等級的“四大輔臣”之首，份量只在鰲拜之上，可到了索額圖這裡，就不可同日而語了，在鰲拜眼中，索額圖不過屁孩一個，對康熙來說，本質上也就是奴才一名。索額圖的最大功勞，是協助康熙打倒鰲拜，奪回親政權，但康熙本身是主導力量，索額圖充其量算是雪中送炭、錦上添花。至於後來所謂的各種出謀劃策，對於康熙而言，不過是一名優秀下屬應盡的職責，不存在需要對其感恩戴德的心態。若不是因為索額圖作為康熙摯愛孝誠仁皇后親叔叔的特殊身份，康熙不可能對其容忍許久。
索額圖真正該死的原因就在於他沒有擺正臣子的位置，插手儲君之爭，離間康熙父子，對皇權造成了嚴重的威脅。一方面，他開啟了康熙深惡痛絕的“黨爭”模式。相當長的一段時間內，“索相”與“明相”之間的黨爭愈演愈烈。剛開始康熙出於帝王權術的考慮，利用二人平衡朝中力量，加上國事未平，正值用人之際，就採取了靜觀其變的做法。後來索額圖與明珠變本加厲，不但插手官員的選拔任用，更介入太子允礽與大阿哥允褆的儲位之爭，這已經觸及康熙的底線，故而只能出手，強制叫停了這場黨爭。考慮到索額圖的身份地位資歷貢獻在明珠之上，且畢竟是孝誠仁皇后以及太子允礽的至親，康熙在這件事的處理上還是偏向索額圖居多。
然而，不作死就不會死。索額圖並沒有從中吸取教訓，反而變本加厲，積極向太子允礽靠攏，為其謀劃如何打壓其他皇子，如何順利繼位，並組建了新的小團體組織——“太子黨”。這就徹底犯了康熙的大忌。自古以來，天大地大，皇位最大，歷史上不乏皇帝父親被兒子架空甚至害死的先例，太子著急上位，最大的阻礙是誰，這不是顯而易見的嗎？
此時，索額圖的所作所為，不止動搖到康熙的皇權，更威脅到了康熙的生命，萬一太子意志不堅，在索額圖唆使下發動宮廷政變，康熙會有什麼下場可想而知。而以索額圖多年經營，黨羽之眾、勢力之廣，篡位的成功性絕對不低。
又驚又怒的康熙沒有一絲猶豫，雷霆出手，迅速拿下索額圖，幽禁至死不算，還徹底將其釘在恥辱柱上——“索額圖乃本朝第一罪人也！”
綜上所述，索額圖本身功勞份量不如鰲拜，卻又觸及了康熙的最後底線，他的下場自然要比鰲拜慘的多。