抗精神病藥物在緩解患者的精神病性症狀的過程中，不可避免給身體帶來或輕微或嚴重的不良反應。由於精神疾病的治療週期長，通常需要長期服用抗精神病藥，因此，不良反應的防治對患者的藥物依從性、療效及生活質量改善方面有重要意義。
Su Ling Young等人系統回顧了臨床常見9大不良反應的相關研究及臨床干預，包括EPS、鎮靜、性功能障礙、高泌乳素血癥、代謝綜合徵、體重增加、Ⅱ型糖尿病、血脂異常和心血管影響。共有53項研究符合標準，揭示了以下情況：
1）抗精神病藥物多藥聯用與不良反應增加有關；
2）治療時間越長，嚴重程度越高（如BMI值越高）；
3）與其他藥物相比，氯氮平與較多的代謝異常有關；而奧氮平則與體重增加有關；
4）相比於男性患者，女性更容易出現高催乳素血癥；但男性性功能障礙發生率（50%）要高於女性（20-50%）；
5）儘管有臨床指南建議，但在基線處監測脂類和葡萄糖的比率較低；
6）他汀類藥物可以明顯減少血脂異常。
具體不良反應如下圖（點擊查看大圖）
不良反應的管理
共通的副作用：由於可能存在潛在或顯著的鎮靜作用，服用所有抗精神病的藥物均避免開車，或從事高空作業等高危工作，用藥期間禁止飲酒。
氟西汀、度洛西汀、舍曲林：常見的是輕度噁心，腹瀉。在服藥第一週明顯，後可自然緩解。如出現嘔吐可服維生素B6，而且暫時減少藥量，緩慢增量。
艾司西酞普蘭：和上述反應相似，個別人睏倦，可半個月內逐漸減輕消失，如持續不緩解，可晚飯後服藥。
帕羅西汀：除了上述的輕度胃腸反應，可能有一定鎮靜作用，如果白天睏倦，可以晚上服藥，長期服用有可能體重增加，所以吃藥期間需要監測體重，如發現增重傾向，及時控制飲食增加運動，如引起明顯的體重增加應及時向醫生彙報，看看有無必要換藥。
文拉法辛：除了早期的胃腸反應，可見多汗，如顯著可找醫生換藥。對於高血壓患者劑量超過150mg應監測血壓是否輕度升高。
安非他酮：可能輕微出汗，體重減輕，體重減輕的作用在抗抑鬱藥中獨一無二，適合肥胖或服藥後體重增加的患者。
米氮平：食慾體重增加，對抑鬱症食慾體重下降來說是好的作用，如體重有超出正常傾向應控制飲食增加運動量，如果體重增加顯著應及時彙報。有些人會出現白天嗜睡，一般1-2周可減輕，如長期不緩解可換藥。
喹硫平：第一次服藥不要超過25mg（1片），否則可能引起突然站立後的低血壓暈厥，尤其對於老年患者容易摔傷骨折，服藥期間尤其初次服藥和每次加量後起床動作務必緩慢，要先在床邊坐一會兒，再緩慢起身，對於意識不清晰，躁動的老人，務必小心突然起床引起暈倒、骨折，在患者床邊應加護欄或其他障礙防止患者自己下地，夜間尤其須小心。緩慢加量一般可減少出現這一問題。長期服用可能增加體重，量越大越明顯，對於25-50mg的量可能不明顯。服藥期間如體重增加應隔1-3個月檢查血壓血脂血糖。
奧氮平：嗜睡和體重增加是常見的問題。嗜睡1-2周可逐漸減輕，但是奧氮平是體重增加最明顯的藥物，雖然不是一定會增加，但是頻率較高。一定要每週監測體重，每個月監測血壓血脂血糖，控制飲食，注意運動。合併應用褪黑素睡前1-2粒可以抑制一定體重增加。如仍然無效可配合降糖藥二甲雙胍，可以控制體重增長。除了體重的副作用，這是一個效果非常好的藥，無論對於分裂症、躁狂、雙相抑鬱，還是作為抑鬱症的增效劑。體重增加部分是由於它的抗組胺作用引起胃部鬆弛和促進睡眠造成的。奧氮平同樣可以引起突然起身低血壓暈厥，服藥期間起床動作務必緩慢，要先在床邊坐一會兒，再緩慢起身，對於意識不清晰、躁動的老人，務必小心突然起床引起暈倒、骨折，在患者床邊應加護欄或其他障礙防止患者自己下地，夜間尤其須小心。
利培酮：嗜睡和體重增加較上兩個藥少見，如出現也應該進行飲食和運動控制。對某些女性可引起閉經，或乳房泌乳，此時應停藥，可很快消失，及時換其他藥。每個月監測血壓血脂血糖。體位性低血壓也可能出現，處理方式見上述兩種藥物。
阿立哌唑：副作用較小，不影響體重和血脂，極個別人於服藥初期出現舌頭硬，流口水，說話口齒不清，可將劑量減半緩慢加量或配合安坦一日二次一次一片口服，或靜坐不能，坐立不安，可服心得安一日三次一次一片。對藥物適應後這些反應都會消失。
坦度螺酮，丁螺環酮：可能存在輕微頭痛，頭暈或噁心，幾天後可消失。
碳酸鋰緩釋片：初期可能有些胃腸反應。此藥應每月監測血藥濃度，防止超量或藥效不夠，同時定期監測甲狀腺激素水平。
丙戊酸鈉緩釋片：初期可能有輕微睏倦，長期服用個別人體重增加，個別人可出現短暫的肝功異常，服藥一個月後應監測肝功能，個別女性出現月經改變，如出現應聯繫醫生換用其他藥物此反應可消失。
阿普唑侖，艾司唑侖，奧沙西泮，勞拉西泮，地西泮，氯硝西泮等：這些都是安定類藥物，存在鎮靜作用，服藥期間要注意緩慢起床（尤其老年人）避免跌倒，避免駕車及高危操作，不可飲酒，此類藥物只能短期（1-4周）用於治療初期，不可長期服用，長期服（超過1個月）存在成癮性，同時可能對注意力，判斷力，記憶力有影響。如已長期服藥，不可突然停藥，需請醫生處理。
右佐匹克隆，唑吡坦：新型催眠藥，服藥後可能存在口苦，依賴性雖較安定類小，仍不建議應用超過一個月。
此外，他汀類藥物治療可降低甘油三酯和總膽固醇水平。非藥物干預措施，包括身體鍛鍊、飲食計劃和心理健康的團體治療，可減輕體重、減少BMI指數。