美國獨立戰爭結束時，虛弱的美國中央政府急於解決債務和經濟蕭條問題，而同時又沒有能力征稅。因而，國會視美國海軍為奢侈品，命令其解散。至1785年，所有的美國戰艦都被賣掉或挪作他用。
美國海軍的官兵們只好從事商船上的職業，但他們很快發現，贏得獨立的同時，他們失去了以前作為英國臣民所享受的特權。美國人無法在英屬的殖民地進行貿易，同時英國也限制了從美國進口原材料的數量。
十八世紀，摩洛哥、阿爾及爾、突尼斯和的黎波里均受奧斯曼帝國控制。對他們來說，俘獲的船隻、俘虜的贖金和貢金是主要的收入來源。航海國家通過交納貢金可以使其商船免遭襲擊。甚至連有足夠強大海軍能摧毀這些強盜老巢的英國、法國和荷蘭也根據要求支付保護費，一方面是因為這樣做比護航或交戰更合算些，另一方面是因為這一制度阻礙了貿易競爭對手。那些窮得付不起錢和沒有力量報復的國家的商船一進入這些海盜出沒的水域往往是凶多吉少的。
1784年，摩洛哥人俘獲了一艘美國船。次年，阿爾及利亞人又俘獲兩艘，並使全體船員淪為奴隸。因此在海盜的威脅下，美國商人強烈希望自己國家建立一支海軍，來保護他們的商業利益。在政府中又分為兩派，一派是以華盛頓總統的財政部長亞歷山大·漢密爾頓領導的、主要代表東北部商界利益的聯邦黨人。他們願意也急於利用武裝力量保護其賺錢的買賣。另一派是與聯邦黨人相對立的是代表南方和內地手工業工人和地主的利益、由國務卿托馬斯·傑斐遜領導的共和黨人。對他們來說，海軍是耗資巨大的工程。另外，他們爭辯說，建立海軍將意味著向全國徵稅，而獲利的卻是新英格蘭的商人和貨主們。
儘管兩派意見截然分歧，國會內外爭論激烈，但是還是在爭吵中規定了《海軍法》，這部法規規定購買或建造6艘快速帆船。雖說大多數聯邦黨人看來，這部法規是不夠理想的，但它畢竟建立了美國海軍。
最終在實際操作中，美國國會容許自建3艘“快速帆船”，1797年“美國”號(44門炮)、“星宿”號(36門炮)和“憲法”號(44門炮)投入海軍服役。
法國大革命開始後，英國急於干涉法國革命，因此越來越依賴於美國的糧食和海運業來養活本土的人民和殖民地。1797年，英美兩國簽訂《傑伊條約》，條約中英國調整了他們之間的海事關係，英美關係趨於緩和。
法國在大革命開始後，同樣急需進口美國的糧食和原料，因此對於英美兩國的《傑伊條約》非常憤怒。法國督政府允許法國私掠船搶劫美國商船。在1797年這一年中，法國就扣押了300多艘美國商船。
而美國為了中立於英法之間的戰爭，曾派出外交代表與法國政府商談法國版的“傑伊條約”，但是因為法國外長的私自索賄行為，激怒了美國人，美國民眾聽說後提出了“寧願花幾百萬元進行防禦，也不進貢一分錢”的口號。
正因為這一外交事件，卻促成了海軍的建設，在1798年國會批准完成已經停工的“總統”號(44門炮)、“國會”號(36門炮)和“切薩皮克”號(36門炮)。美國海軍達到了6艘滿編的要求。在1798年7月，國會為了報復法國批准了美國戰艦或私掠船可以在公海上扣押和奪取法國的任何船隻。於是，美國投入到一場有限的未經宣戰的戰爭：對法國的準戰爭。
在1798年到1800年三年間，美國戰艦打敗了對手，俘獲了80多艘法國艦船，有說服力地向世界證明美國海軍是一支需要認真對付的力量。在1800年的總統大選中傑斐遜和他的共和黨人接管了政府，並在國會贏得多數席位，之後就宣佈停止戰爭，美法之間的三年對抗就此結束了。
上臺後的共和黨人，以戰爭結束為由，將海軍裁減到平時編制，除了“企業”號和13艘快速帆船以外，所有的美國戰艦都被賣掉。海軍軍官也相應減編，保留現役的軍官薪水則明顯減少。當人們以為美國海軍就此會銷聲匿跡之時，北非海盜國家的要求和傲慢態度再次挽救了海軍。
1801年的黎波里和突尼斯的統治者要求增加貢金。當美國快速帆船“喬治·華盛頓”號到達阿爾及爾交納歲貢，位於阿爾及利亞炮臺的大炮之下時，奧斯曼帝國官員強迫它暫時加入自己的部隊。同時由於 的黎波里帕夏沒有得到所要求增加的貢金，於是命令士兵砍倒美國領事館的旗杆，以這種北非海盜慣用的方式宣佈交戰。
共和黨人總統傑斐遜明白，這此得寸進尺的要求會越來越大，為了保護美國海運業，他於1801年春向地中海派了一個海軍分艦隊，由五艘戰艦組成。同時徵得英國總督的批准，可以在直布羅陀建立停泊基地。
1801年7月，裝備12門炮的“企業”號與海盜船、裝備14門炮的“的黎波里”號遭遇。經過3小時的交戰，“的黎波里”號失去了抵抗力，海盜們請求寬恕。他們中20人被擊斃、30人受傷。幸運的“企業”號無一人傷亡，船體和索具也未受損害。艦長安德魯·斯特里特上尉無權收繳戰利品，他僅給“的黎波里”號留下一根桅杆一張帆，任其在海上漂流。
1802年美國政府命莫里斯率領5艘快速帆船和幾艘小點的艦到達地中海，準備封鎖的黎波里。但是莫里斯行動不力，在年末被傑斐遜總統撤了職務。
1803年美國第三次派往地中海的海軍分艦隊僅有兩艘快速帆船：“憲法”號和“費城”號。來支援之前的美國艦隊。在與地中海的艦隊匯合後，與的黎波里經過長達一年的海戰，最終的黎波里帕夏主動提出只要15萬美元贖金，以後再不要貢金。但是被艦隊指揮拒絕，在經過了一年多的戰爭之後，帕夏終於投降了。
美國獨立戰爭十年之後，為保護美國擴展海上貿易，美國海軍誕生了。但是美國海軍的誕生主要是為了保護美國商船和船員免遭北非海盜船劫掠。但是英法之間戰爭的爆發及各自封鎖美國與另一方貿易的戰爭直接證明了建立美國海軍是正確的。
然而共和黨人的政策還是使海軍受到損害，但是美國海軍保留了兩方面的優勢：第一，美國海軍艦船是世界同型艦中最好的，如著名的“憲法”級快速帆船；第二，擁有一支訓練有素的軍官隊伍，他們滿懷職業理想。這些優勢使是美國曆史上最值得紀念的一頁。