福州高新區產業基地是上街-南嶼-南通城市組團的重要組成部分，具有發展高新技術產業得天獨厚的區位、地理、自然和人文條件，將規劃定位為福州城市副中心與福州生態科學城。該產業基地位於福州中心城的西側，毗鄰旗山腳下，北靠大學城，東臨烏龍江，西、南為旗山和五虎山，大樟溪從中穿過。隨著洪塘大橋、金山大橋、浦上大橋和灣邊大橋等重大交通基礎設施陸續建設開通，上街-南嶼-南通區域與福州中心城區的聯繫更加緊密，將成為未來幾年內福州中心城區重點開發建設的區域之一。
高新區產業基地北起316、324國道連接線，東至大樟溪，西南至山體，與福州主城區僅“一江之隔”，擁有閩江、烏龍江、大樟溪水運之便利。公路方面，福銀高速公路、瀋海高速公路、316國道、324國道、101省道穿境而過，交通異常便利。此外，外福鐵路、溫福鐵路都從該區域經過，這裡到長樂國際機場也不過35公里，至福州港只有57公里。
該產業基地緊鄰福州大學城，周圍有福建醫大、福建中醫學院、福建農林大、閩大和福建工程學院等十幾所高校和科研機構，可充分發揮大學城科技、人才優勢，推動產學研一體化，為建設研發中心、孵化高新技術項目，實現高新技術成果商品化、產業化、國際化創造有利條件。
同時，產業基地周邊自然環境優美，同時區內水系豐富，很適宜打造成“山、江、溪、河、城”相融合的生態型高科技產業基地。
為鼓勵和促進高新技術產業在高新區產業基地的積聚，政府陸續出臺了諸多優惠政策，入駐高新區產業基地的高新技術企業在土地安排，國家、省級項目資金配套，科技人才購房和子女入學，企業稅收減免及補貼，企業引進人才補助等方面將享受一系列政策扶持。市政府還承諾，對產業基地內重大領軍項目實行“一事一議”的特別優惠政策。福州高新區管委會擁有市一級的項目審批權限。管委會實行全程跟蹤的免費代辦制，為入駐企業提供“一站式”的優質便捷服務，並提供相應的金融服務保障、人才及勞務資源保障等。
按照規劃，福州高新區產業基地產業區面積約20平方公里，一期用地為10平方公里，起步區先開發5000畝。基地內初步劃分為電子產業園、機電產業園、生物醫藥產業園、軟件產業園、軟件&工業設計產業園、物流基地等。一期重點建設平板產業基地。
高新區力爭打造兩岸高新產業合作的平臺，進一步密切與臺灣新竹、臺北內湖科技園區的產業對接與合作，努力建設海峽兩岸科技創新和高新產業對接與合作的“先行區”。2009年1月，簽訂了福州高新區和臺北內湖科技園區交流合作協議。
自2013年7月1日，福州高新區正式接管閩侯縣南嶼鎮及上街鎮5個村。
2014年3月5日，國務院向福建省人民政府印發《關於同意福州市科技園區更名為福州高新技術產業開發區的批覆》（國函〔2014〕31號）。《批覆》內容為：你省《關於懇請將福州市科技園區更名為福州高新技術產業開發區的請示》（閩政文〔2013〕233號）收悉。現批覆如下：同意福州市科技園區更名為福州高新技術產業開發區。