根據《房屋登記辦法》第八十二條：依法利用宅基地建造的村民住房和依法利用其他集體所有建設用地建造的房屋，可以依照本辦法的規定申請房屋登記。
因此，農民在宅基地上自建的房屋是可以依照該辦法申請房屋登記。
依照該辦法第八十三條：因合法建造房屋申請房屋所有權初始登記的，應當提交下列材料：
1、登記申請書
2、申請人的身份證明，需提交身份證及相應複印件
為了以防萬一，記得在複印件上註明“僅用於申請房屋所有權初始登記”的字樣。
3、宅基地使用權證明或者集體所有建設用地使用權證明
4、申請登記房屋符合城鄉規劃的證明
5、房屋測繪報告或者村民住房平面圖
6、其他必要材料
如果是申請村民住房所有權初始登記的，還應當提交申請人屬於集體組織成員的證明（可由村委會開具）。
公告期：
房屋登記機構受理登記申請後，應當將申請登記事項在房屋所在地農村集體經濟組織內進行公告。經公告無異議或者異議不成立的，方可予以登記。
提醒：出現以下5種情況是拿不到“房產證”的
1、違章建築：沒有報建經政府批示、私建的房子。
2、超出政府批示面積的。
注：所謂“超標”就是向政府申請報建遞交的材料圖紙註明的面積是這麼多，但實際建房時的面積超過申請時註明的面積。
3、非本集體成員(或城鎮戶口)，在農村流轉宅基地建造房屋或購買房屋的。
4、買別人的房子，但沒有辦過戶手續。
5、一戶只有一個房產證
如果你家一處農村房產已辦理“房產證”，那麼另一處農村房產想辦理“房產證”是不可以的。
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