一、中南同濟醫學院（1951.9—1955.8）
1949年8月1日，同濟大學成立了新一屆校務委員會，由15人組成，其中9人為常委。唐哲任校務委員會常委兼醫學院院長。
1950年2月，中央人民政府政務院決定，上海同濟大學醫學院及其附屬同濟醫院內遷武漢，與武漢大學醫學院合併，組建成中南同濟醫學院，由中南軍政委員會衛生部主管。同年5月，學校為做好遷校工作，組成了國立同濟大學醫學院代表團，唐哲任團長，林竟成任副團長，赴武漢實地瞭解情況。學校選址漢口航空路，原華商跑馬場，地域為沿航空路、解放大道、寶丰二路周圍走向和範圍（[1951]市建字第8938號文件附圖），總面積為363．335萬平方米。
6月，朝鮮戰爭爆發。10月19日，中國人民志願軍赴朝作戰。隨即全國開展了“抗美援朝，保家衛國”運動。翌年1月，同濟大學醫學院300多名師生報名參加上海志願醫療隊，經批准由同濟113人組成上海第一批志願醫療手術隊。林竟成任隊長，陶桓樂等人任副隊長，1月25日奔赴前方。8月8日，又組成第二批醫療手術隊，由洪寶源教授任隊長，由42人組成。全體醫務人員同全國人民一道勝利地完成了抗美援朝保家衛國的偉大歷史任務。
解放初期，上海市郊區流行血吸蟲病。1951年1月，上海市抽調1 260名醫務人員，組成血防大隊，由邵丙揚醫生任大隊長。同濟大學醫學院及附屬中美醫院抽調262人組成第二中隊，由洪寶源任中隊長，下設四個分隊，王辨明、王心禾、郝連傑、章燕貽任分隊長。其成員中有教授13人，講師5人，醫師22人，檢驗師2人，營養師1人，此外多為經過短期培訓的3、4、5年級學生。他們在太倉協助解放軍第9兵團二十軍五十八師開展防治血吸蟲病工作，經過4個月的緊張工作，共檢驗治療士兵10076人，治癒500多人。廣大醫務人員的出色工作，受到了中國人民解放軍的嘉獎，4月2日勝利返校。
1951年9月20日，中央人民政府高教部批覆，同意同濟大學醫學院遷來漢口，與武漢大學醫學院合併，組建成“中南同濟醫學院”，21日，正式啟用中南軍政委員會教育部頒發的新印章。學校實行院長負責制，唐哲任院長。
1952年12月31日，中南同濟醫學院、同濟醫院、中南軍政委員會衛生部、華東軍政委員會衛生部、上海市衛生局聯合簽署了《關於同濟醫院遷漢合約》，其要點有：①原則上同濟醫院全部遷漢；②自1954年秋開始遷院，於同年底遷移完畢，其中婦產科則於1953年秋遷漢；③遷院前醫院受上海市衛生局和中南同濟醫學院雙重領導。④簽約單位各派一人組成遷院工作組，協調辦理遷院的具體事宜。
1951年率先遷來漢口的有：解剖學館、細菌學館及病理學館的一部分；1952年的上半年又將細菌及病理學館的餘下部分，寄生蟲、生理、藥理、公共衛生六個學館全部遷移完畢。同年暑期又將原武漢大學醫學院留在武昌的部分學館，即基礎五科：化學、生物、數學、體育、外文等遷至漢口，9月份又將生化學館遷至漢口，至此兩個組成單位的前期部分——五科八館，於1952年9月全部遷移完畢。
1953年5月，中南衛生專科學校的一部分學生轉入中南同濟醫學院。
1955年3月同濟醫院由滬遷漢，同年6月原漢口協和醫院劃歸醫學院，至此標誌著遷院任務全部完成。
1955年5月13日，中央衛生部批准中南同濟醫學院建立衛生系、醫療系、基礎醫學部。原山東醫學院、浙江醫學院的衛生系師生一併調人中南同濟醫學院。
在遷院工作中，邊遷院邊發展，學院的規模日趨擴大，師資隊伍不斷壯大，據1950年年終統計，兩校共有教師230人，其中教授48人、副教授17人、講師24人、助教138人、教員3人。招生人數逐年增加，1955年實有在校學生1688人，是1951年遷校時在校學生492人的3.4倍。為適應新中國公共衛生事業發展的需要，1953年招收了首屆衛生專業本科學生。
二、武漢醫學院（1955.8—1985.7）
1955年6月14日，經高教部和衛生部批准，中南同濟醫學院更名為“武漢醫學院”。原附屬協和醫院和同濟醫院分別改為附屬第一醫院和附屬第二醫院。
1956年6月6日，中南衛生幹部進修學校的“環境衛生醫師”及“衛生檢驗技師”兩個專修班改為公共衛生醫師專修班，交由武漢醫學院接辦。
10月20日創辦《武漢醫學院學報》，1957年3月正式出版發行。
1955年後，學院的規模又有了新的發展，在辦好五年制本科的同時，1956年開始招收研究生，1958年增設兒科學系。這年招收新生970名，在校生達3107名，是1951年的6.3倍。
1962年，學院在全國醫學院校中第一批改為六年制。同年，在醫學系增設了德語醫學班，並在部分年級開設德語普通班。
1966年開始，“文化大革命”期間，學校連續5年未招收學生。直至1971年在鍾祥、保康、鄖西開辦三個教改試點班，恢復教學活動。1972年學院增設藥學系。1973年護校恢復招生。
1978年2月，在衛生系增設環境學專業。3月，國家恢復高考制度，學院招收學生532名，還試招了部分走讀生。衛生部批准學院建立心血管病、器官移植、計劃生育等三個研究所和臨床藥理研究室。從此，全院各學科恢復招收研究生。1980年，醫學系恢復德語醫學班，學制為六年。1981年11月，經國務院學位委員會批准，本院為首批博士、碩士和學士學位授予單位。1982年建立衛生管理幹部培訓中心，並開設三年制衛生管理幹部專修班。
1984年9月，開辦法醫學系，學制五年。
積極開展國際交流和恢復與德國的傳統關係。1980年12月，學院與聯邦德國埃森綜合大學建立校際合作關係；1981年3月，聯邦德國大眾汽車廠基金會贈送我院100萬馬克為實驗醫學中心購置科研儀器。同年5月，聯邦德國總統謝爾、駐華大使修德來院參觀，1982年10月22日，德國海德堡大學，授予裘法祖院長為該校名譽博士。1983年10月，學院與美國匹茲堡大學建立校際合作關係。1984年10月12日，聯邦德國總理亦赫穆特·科爾和夫人率德國代表來院參觀。
三、同濟醫科大學（1985.7—2000.5）
1985年7月10日，武漢醫學院正式改名為同濟醫科大學。
1985年的下學期，學校根據中央關於教育、科技體制改革的有關精神，結合學校實際提出了一系列的改革舉措。在管理體制方面：在調查研究廣泛徵求意見的基礎上，制定並實施了《管理改革的初步方案》、《擴大基層自主權試行方案》、《基金管理試行條例》、《財務管理辦法》等。調整了部分領導班子。在教學方面：①改變了過去“單一化“的狀況，形成了博士生、碩士生、本科生、專科生和夜大學、進修班、短訓班等多層次、多規格、多專業、多形式的辦學新模式；②在有條件的系和專業，試行了學年學分制；③開闢第二課堂，成立課外科研小組，開展科研和學術活動；④開展專業目錄論證和開辦七年制醫學教育的準備工作等。
在科研管理方面：改革了管理體制，設立校科研基金，資助重點項目，舉辦成果推廣學習班和新技術培訓班，積極開展國際學術交流活動。在醫療工作方面：積極開展創建文明醫院活動，為解決“看病難”、“住院難”等問題，採取了開設家庭病房，增加床位，延長看病時間等便民措施。
1986年3月1日，國家教委批示，同意同濟醫科大學增設醫學圖書情報專業，學制四年。籌建衛生管理專業，學制五年，前者同年7月開始招生，後者擬於1987年招生。同年8月，同濟醫科大學首次接受分別來自非洲和亞洲10個國家的11名外國留學生來校報到。
1988年4月，經國家教委批准，同濟醫科大學從當年起試辦七年制高等醫學教育。同年12月25日，經衛生部批准，我國第一家生殖醫學中心——同濟醫科大學生殖醫學中心正式成立，吳熙瑞教授任生殖醫學中心主任。
1990年8月17日，世界衛生組織西太區確認同濟醫科大學同濟醫院康復醫學科為“世界衛生組織康復培訓與研究合作中心”，南登崑為主任。1994、1998、2002、2007年先後得到再確認。
1991年，經有關部門批准，同意同濟醫科大學成立婦幼衛生系，並招收新生，學制五年。同年，還批准同濟醫科大學建立基礎醫學博士後流動站。
1992年11月，中國醫學科學院武漢分院正式成立，並在同濟醫科大學揭牌。1993年11月4日，中國預防醫學科學院武漢分院成立暨掛牌儀式在同濟醫科大學舉行。同年，成立了預防醫學系、環境醫學系、衛生管理系和教育技術中心。
1993年12月20日，經中國科學院學部委員選舉並經中國科學院學部主席團審批，同濟醫科大學名譽校長裘法祖教授當選為中國科學院（生物學部）院士。
1994年11月，批准同濟醫科大學建立臨床醫學和公共衛生與預防醫學博士後流動站。臨床醫學覆蓋的學科（專業）有10個（外科學、內科學、婦產科學、兒科學、傳染病學、耳鼻喉科學、眼科學、影像醫學、神經病學、麻醉學）；公共衛生與預防醫學覆蓋的學科（專業）有3個（環境衛生學、勞動衛生與職業病學、流行病學）。
1996年，國務院學位委員會批准同濟醫科大學為自行審定增列博士生導師的單位之一，首次自行審定增列博士生導師24名。
1996年決定由衛生部、湖北省共同建設同濟醫科大學，將省梨園醫院劃歸學校為附屬醫院。學校並獲得滾動進入“211工程”的資格。
學校進一步推進國際交流，並與德、美、日等國八所大學建交長期校際協作關係。
2000年5月，同濟醫科大學與華中理工大學合併，組建華中科技大學同濟醫學院。
（吳孟超，吳在德主編：《百年醫學同濟人》，同濟大學出版社2009年版，第12-15頁）
