事業單位中，差額事業單位是指使用差額編制，由地方財政按比例部分供給人員經費和工資待遇的事業單位。事業單位之所以成為差額供給，是因為事業單位承擔著一部分生產經營職能，或者是收費職能、中介服務職能，有經營收入。同時，也承擔著一部分公益服務和管理職能，不能完全由市場配置資源，或者完全自供自給。
在事業單位分類改革中，差額事業單位，除鄉鎮衛生院被劃分為公益一類外，其他基本上都是公益二類，有的甚至是生產經營類。改革要求，公益二類要剝離出公益服務職能和生產經營職能，公益服務職能劃轉到其他事業單位承擔，生產經營職能和生產經營類事業單位一起，改製為企業，推向市場，自由競爭，自負盈虧。
事業單位改革後，原公益二類和生產經營類事業單位中，由組織、人事部門調任擔任管理人員等崗位的正式職工，可以隨公益職能，劃轉到其他事業單位任職。所有的合同制管理人員，包括臨時工、合同工、勞務派遣工等，一律隨企改制，到新成立的企業重新就業，或者按照《勞動合同法》規定領取經濟補償後，自主擇業。
改革以後，事業單位不再承擔行政和生產經營職能，只承擔公益服務職能，由財政全額供給。因此，對於差額和自收自支人員來講，如果能轉到其他事業單位任職，就會改為全額事業編制，如果隨企改制，就會成為合同管理人員，自主經營，自負盈虧。
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