水質Ph對養殖品種和水體的穩定起著相當大的影響，最主要的是由水中游離的二氧化碳和碳酸鹽的平衡系統決定。
養殖水體Ph值的日變化規律是：一般情況下，日出時Ph值開始逐漸上升，到下午4：30-5：30左右達最大值，接著開始下降，直至翌日日出前至最小值，如此循環往復。Ph值日常變化幅度是1-2，若超出此範圍，則此水體有異常情況。
經測試，魚生長的水質pH值小於6.4或大於9.4以上，都不能孵化出仔魚苗。證明pH值過高或過低，都會使親魚生殖系統受到抑制和影響性腺發育。
魚蝦適宜的pH值為6.5～8.5，魚蝦最適宜的pH值是7.5~8，呈弱鹼性。超出這個範圍魚蝦就會受害。pH值高於8.5，時間超過24小時，會使魚鰓組織因受腐蝕而患爛鰓病;低於6.5，會使魚蝦血液循環受阻，酸性增加，降低載氧能力，造成因缺氧、消化力差而出現浮頭病。
調節水體的pH值除直接加入化學藥物中和外(如生石灰、PP粉)，最簡易的方法是增大溶氧量，為浮游植物、水生微生物的生長繁殖提供適宜的環境;其次是經常檢查pH值的高低，做到及時調節，保證魚蝦生長的良好環境。
EM菌在水產養殖中的使用效果被廣泛認可。但是EM菌發酵好的原液使用起來成本較高，而且經過廠家經銷商長時間儲存，菌的活力也會下降。近幾年市場上比較受到養殖戶歡迎的是EM菌菌種。養殖戶購買回去後可以自己擴培。自己發酵的EM菌菌液使用起來成本低，而且現發酵的的菌液數量多活性好。那麼在選擇EM菌菌中的時候大家要關注菌種的好壞。一般而言，判斷菌種好壞有一個最簡單的指標pH值。因為EM菌種的乳酸菌含量最多，EM菌菌液的Ph值較低說明乳酸菌含量豐富，也就意味著整體的EM菌活性較高。一般而言Ph值在3.5以下就算是好菌種，如果可以達到3以下就算是質量特別好的EM菌種了。
一、pH值過高的處理措施
pH值過高或上升過快會造成水體中氨氮轉化為分子氨，毒性成倍增加(尤其pH達到10以上時)；pH值過高能腐蝕魚蝦蟹的鰓部組織，使粘液凝固，嚴重時體粘液成絲狀；而且pH高的水體中易形成藍綠藻水華；pH值過高的水體同樣也會形成難溶的磷酸三鈣，從而導致水體中的營養物質和能量循環減緩。
對於水體中pH值過高(如淡養對蝦池高於8.5時)，可採用如下措施：
1. 用滑石粉(主要成分硅酸鎂)調節，用量為每畝1－2kg。通常滑石粉以1.5－2.5g／m3全池潑灑，可使水體pH降低0.5－1；
2. 每畝用0.5－1kg明礬，全池潑灑；
3. 對pH過高或升幅太快的水體也可用稀鹽酸或醋酸潑灑，少量多次潑灑後，並及時測定水體的pH值；
4. 多施有機肥，以肥調鹼。
此外，在一些鹽鹼地進行水產養殖，鹽鹼地區通常pH值偏高，通常的參考措施有：
1. 儘量不使用高pH值和較高鹼度的水源，如有條件可採用換水的辦法，防止池水的pH值過高；
2. 鹽鹼底質土壤的魚池，不宜施用生石灰進行清塘和消毒，防止pH值上升；
3. 漁池中要除去大型藻類如眼子菜、聚草和輪藻等。減少光合作用，避免pH值大幅度增高；
4. 控制浮游植物的過度繁殖，可用0.5－0.7ppm雙硫合劑進行全池潑灑或在下風口殺滅過多的藻類；
5. 不宜以鰱鱅作為主養魚，應以鯽、鯉、草魚、魴魚、羅非魚等為主；
6. 緊急解救措施可適量潑灑醋酸或有機酸解毒液或解毒活水素，以中和pH值，防止鹼中毒與氨中毒。
市面上的有機酸林林總總，建議大家選擇含量高的，且最好濃縮，使用時一般用量較多，方便攜帶。
二、pH值過低的處理措施
pH值過低、下降幅度過大通常是水質變壞、水體中溶解氧降低、硫化氫等有害物質增加的綜合體現。
1、pH值過低或下降過快都會降低和削弱水產動物血液的載氧能力，造成其生理缺氧和應急；2、亦會降低水體中磷酸鹽的溶解度，進而導致浮游植物的繁殖減弱，有機物分解速率降低；3、在酸性的水體中魚類更容易感染寄生蟲病。
遇到上述情況可參考採用如下措施：
1. 可以將池中老水排掉，注入新水，反覆2－3次，以調節水體中的pH值；
2. 每半個月潑灑生石灰水(如淡養對蝦池pH值低於7.8，每畝用量5－15kg)，既可以調節水體酸鹼度，又可以防治病害發生；
3. 對於pH值下降過快或過低的水體，也可用NaOH或小蘇打進行調節，採用1％NaOH溶液，一定要進行稀釋(比如稀釋1000倍)，少量多次均勻潑灑，並及時測定水體的pH值，以確定效果；
4. 加速培植浮游植物，形成新的藻相，對於形成的藍綠藻要及時控制，必要時追施無機肥料，促使優良藻類繁殖茂盛；
5. 充分增氧，控制還原型物質的生成。
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