《EVA》為什麼要把綾波麗設定為真嗣母親的克隆？
這個問題要分兩方面來分析：
從劇情方面分析：
凌波麗的主要作用是被當做“莉莉絲的靈魂容器”，之所以把莉莉絲的靈魂抽出來，是防止本體完全再生之後失控。但也有更重要的作用，碇源渡想要控制莉莉絲，來完成自己重新見到唯的計劃。
所以碇源渡下令用殘留在LCL溶液中的碇唯的DNA，製造了綾波麗，並不斷用自己的方式來關愛她，成為了她內心的全部。之所以選用碇唯的複製體，也算是因為老碇睹物思人，給自己留了個念想。
這個問題要分兩方面來分析：
從劇情方面分析：
凌波麗的主要作用是被當做“莉莉絲的靈魂容器”，之所以把莉莉絲的靈魂抽出來，是防止本體完全再生之後失控。但也有更重要的作用，碇源渡想要控制莉莉絲，來完成自己重新見到唯的計劃。
所以碇源渡下令用殘留在LCL溶液中的碇唯的DNA，製造了綾波麗，並不斷用自己的方式來關愛她，成為了她內心的全部。之所以選用碇唯的複製體，也算是因為老碇睹物思人，給自己留了個念想。
從創作方面分析：
其實更重要的原因是來自庵野秀明的惡趣味。
庵野秀明在採訪中正面回答過這個問題。他在創作《EVA》時，受到了村上龍所著作的小說《愛與幻想的法西斯主義》的影響，甚至連“鈴原東治”和“相川劍介”這兩個角色的名字都是從小說裡面照搬的。小說中有更加露骨設定，男主角殺死了大臣（代表父親），踐踏了日本（代表母親）。
庵野的原話是：“我用EVANGELION這種形式進行了替換。真嗣真正的母親是初號機，綾波麗就是和他同齡的“母親”。他原本的父親也在，另一個父親就是掌控全局的亞當。EVA講的就是在這種多重構造中的戀母情結。這就是我想做的的東西。”
所以也有類似明日香代表戀人，綾波麗代表母親這樣的解讀。在劇場版真心為你中，綾波麗背叛了碇源渡，遵從了碇真嗣的意志，為這段複雜的關係畫上了句點。
仔細一想，《EVA》的整個故事都是圍繞著父子之間“爭奪碇唯”這個情節展開的，什麼打使徒、對抗SEELE，都是在給這個目的製造契機。如果沒有綾波麗，如果綾波麗不是碇唯的克隆，這一切也就無從談起了。
EVA看了這麼多年，都沒看懂講的什麼東西？想要表達什麼？其神作的稱謂，對我來講就是神祕、不可思議、難以理解！
最近又看了一遍，同時結合一些別人的描述和看法，自己稍微去理解裡面的深層次的內容；期間還寫了一小段的總結，現在已經不知道丟哪裡了！現在印象不是很深，大概是因為還沒有徹底的理解吧！
自己的理解是（大概提幾點）：澱真嗣的內心世界中性格與之相反的自己，有點像雙重人格，痛苦與掙扎，外接發生的事情不斷的刺激著自己，不斷地去改變、去成長、去適應；（這裡我想的很亂，就像動漫中出現的那些混亂的線條，閃爍的圖案，這個答案不唯一，總感覺自己去理解的東西少了什麼，永遠拼湊不完）。
好像還有人提到一種理解，映射同期日本出現的泡沫經濟，失業、自殺、社會不安等等，充斥在四周；動漫營造一種世界末日的景色，紅色的海水，殘破的城市，都給人一種壓抑和窒息感，這一切事情的發生突然就波及到每個人……
其他理解都不記得了，很深奧，很晦澀，基本都涉及人類社會學、心理學等一些專業的描述和解析，從這點來看，能被稱為神作也一點不為過！
這個問題，就像是在問：“為什麼唐僧要到西天取經”？（開花！）
因為這就是故事的主線，主幹，主要矛盾。故事的起承轉合全部都是因此而生。
EVA並不是一個熱血機戰，如果你看eva還停留在酷炫的戰鬥畫面上，那麼就不要看我下面的文字了。
EVA之所以奉為神作，其劇情是之一，如果是一般的戰鬥番，綾波麗可以是隨便一個克隆體，只要講述他的悲慘就好。順便給男主的後宮+1.
然鵝，碇真嗣駕駛的EVA初號機，內含著男主媽唯的靈魂（唯在eva同步實驗室消失（死亡）靈魂封入了eva體內）這一操作就造就了故事主題《人類補完計劃》與“唯”有著密不可分的關係。
此外，碇源堂製造綾波麗的目的，就是為復活他老婆，似乎不用動腦子就能想到克隆是唯一的方法……整部eva動畫也是在講碇源堂，如何一步一步復活老婆的計劃，所有人都只是一個棋子，正是因為eva體內是唯的靈魂，因此要唯的兒子來駕駛才能共鳴，此前碇源堂也有計劃讓綾波麗來實驗，可是效果不行。（如果當年實驗犧牲的不是唯，而是博士的母親，那麼綾波麗就是博士母親的克隆嘍）
然後，男主喜歡上綾波麗，然鵝綾波麗是男主媽，又是男主老爸的老婆，這樣一部倫理大戲，看著不爽？
因為這是一個關係到劇情發展的人物設定罷了，一個故事裡每個角色都有他自己的設定，所以不要想太多，順便補充一句：真嗣喜歡的是明日香。
看到各種長篇大論，我只說一個字概括“愛”
完成禁忌子母戀的成就