生態養蝦應在改善養殖池塘的底質上下功夫，池塘底質的好壞不僅直接影響對蝦的健康生長，更直接關係到養蝦的成敗。
造成底質變壞的原因主要有：
1、大量的殘餌、排洩物、動植物屍體中殘餘的蛋白質、脂肪、澱粉等為病原微生物的生長繁殖提供營養條件造成病原微生物的大量繁殖。2、大量而頻繁的排換水使池塘泥土中礦物質和微量元素流失，造成塘底“沙漠”化，塘底滲漏，保水，保肥的功能減退；3、頻繁使用化學藥物消毒對有益微生物構成極大的危害，使病原微生物產生抗性，致使蝦塘逐步失去生態平衡，塘底的自淨功能喪失殆盡，底質日益惡化。
底質和水質有何關聯：底質的好壞直接影響水質，水質的好壞是底質的表現形式，通常人們是通過水質的變化再知道底質的變化，改善底質是改善水質的基礎。病原通過塘底的有機汙染物生長繁殖，再通過水體擴散傳播。因此，養水先改底。
改良底質的措施：
1、根據天氣、水質狀況進行合理投料，控制在投餌後1小時內吃完為宜。
2、前期每15天，中後期每10天施用一次微生物型底質改良劑，少用吸附型底質改良劑：
市場上很多底質改良劑多以沸石粉、木炭等吸附性物質為主，使用後大量吸附水體中的氨氮等有害物質，沉積池底，造成底泥中氨等有害物質迅速升高，進而發生底臭。
定期使用複合型微生物底質改良劑“底改霸王”或“清底王”，能充分利用複合微生物中各菌種的功能優勢，發揮其協同作用，將殘餌、排洩物、動植物屍體等影響底質變壞的隱患及時分解消除，不僅改善了底質和水質，而且控制了病原微生物及其病害的蔓延擴散。
3、在飼料中長期添加強效促長劑或魚蝦豐等微生物製劑，可利用益生菌代謝的生物酶補充對蝦體內的內源酶不足，促進飼料營養的吸收轉化，從而降低餌料係數，從源頭上解決對蝦排洩物對底質和水質的汙染，節約養殖成本。
4.延長增氧機的開機時間，通過增氧機的曝氣作用改善底部環境