EM菌被日本比嘉照夫教授發明之後,廣泛應用於畜牧及水產養殖行業，EM菌就是光合菌、芽孢桿菌、硝化菌、放線菌、乳酸菌等80多種有益菌按照各自的特性組合在一起，到達最佳作用。
目前市面上的EM菌五花八門，其區別在於：
一、EM菌原種，未經過擴繁的一代水產EM菌種就是原菌，其特點是含菌量高，菌活性強，使用後能迅速發揮作用。
二、擴繁菌，顧名思義就是經過繁育以後產生的菌，可能是二代、三代擴繁，也可能多次擴繁，擴繁菌活性低，含菌量少，價格極低，不懂的消費者會貪圖便宜而導致使用後基本無效果。
【適用範圍】適用於各種魚、蝦、蟹、海蔘、泥鰍等水產養殖領域。
【養殖各個環節】海水養殖、淡水養殖、養蝦育苗環節、水質調節淨水肥水。
【適用於各種養殖環境】例如網箱、水庫、湖泊、海水、淡水、池塘、大棚、硬池養殖。
【EM菌主要的功能】
EM益生菌能穩定和改善水質，水體顏色清爽，不臭不腐，無硫化氫、氨氣等異味，能見度在25－50cm時間長且較穩定，換水時間可延長2倍以上。魚蝦糞、池底雜質和下腳料不會變成淤泥而呈散沙狀。 在養魚蝦池中施放有益微生物EM益生菌，能及時降解進入水體中的有機物，如動物屍體、殘餌等，減少有機耗氧，穩定pH值，同時能均衡地給單細胞藻類進行光合作用提供營養，平衡藻相和菌相，穩定池塘水色。
1、池塘處理
池塘注水前1周，用50～100倍EM益生菌稀釋液代替石灰等均勻噴灑，消毒和淨化池塘。
2、水質淨化
EM益生菌培育後直接兌水潑灑魚塘，多種益生菌共同作用，有效降解亞硝酸鹽、氨氮，同時益生菌通過分解魚塘底沉積的餌料和魚糞，降解有機物含量，阻斷亞硝酸鹽、氨氮的再生，水體溶氧量增加，透明度維持在15-20cm，延長換水時間。
3、製作發酵料
EM益生菌腐熟肥料過程中可以去毒、殺菌，腐熟動物糞便、下腳料、秸稈等製作肥料肥水效果極佳，為魚苗提供開口料，特別適合是鰱魚、鱅魚養殖。
EM益生菌拌入成品餌料可以提高餌料吸收率，降低料肉比。
4、魚飼料的處理
由於魚飼料為顆粒狀，可用200倍的EM益生菌液噴灑飼料噴溼為度，馬上投喂，以免散開。
5、發酵肥水
要投入水體的有機肥（青草液肥）和糞便（雞糞、豬糞、牛羊糞等均可）應先用EM益生菌處理，發酵後方可投入水面。
6、魚病防治
EM益生菌富含多種益生菌，可以殺滅魚塘中雜菌，對魚類細菌性皮膚疾病有很好的防治作用，患病嚴重的可用高濃度菌液浸泡數小時。 魚塘有機物過多，水發黑、水渾濁造成缺氧浮頭，直接潑灑EM益生菌即可緩解。
【EM益生菌在水產養殖中的作用】
EM菌種發酵液滲入水體後 ，能抑制病原微生物和有害物質，調整養殖生態環境，提高水中溶氧量，促進養殖生態系中的正常菌群和有益藻類活化生長，保持養殖水體的生態平衡；拌入餌料投喂，直接增強魚類的吸收功能和防病抗逆能力，促進健壯生長。EM菌種發酵液中的光合菌還能利用水中的硫化氫、有機酸、氨及氨基酸兼有反硝化作用消除水中的亞硝酸銨，從而淨化養殖池中的排洩物和殘餌，改善水質，減少魚病。
一、減少病原微生物和不良藻類；明顯增強養殖對象的免疫力和抗病性，降低發病率，提高成活率。
二、增加有益微生物數量。
三、穩定和改善水質，水體顏色清爽，不臭不腐，無硫化氫、氨氣等異味，能見度在25～50cm的時間長且較穩定，換水時間可延長2倍以上。
四、魚蝦糞、池底雜質和下腳料不會變成淤泥而呈散沙狀。
五、促進生長，增重率明顯提高。實踐證明，在同等環境下，用EM益生菌後，可提前10～15天上市，平均畝產提高20％～35％，產卵量增加25％，產卵時間延長。餌料不臭，改善了養殖環境。