終於等到了藍光碟的發售，看完了裡面的所有花絮，最大的發現來自裡面附帶的Advent這部短片。由於版權原因，在此只能通過圖文的方式把內容呈現給大家：
小說中的結局與電影版結局最大的不同在於小說版描寫了David 嘗試與Wayland公司建立聯繫，而在這部短片中正是描述了這部分通訊（部分）內容：
這部分內容是以David的方式向Wayland管理層發去了“橄欖枝”：
------------------------------Weyland Yutani 連接完成------------------------------
David：我在這裡向你們伸出橄欖枝，你們可能知道我，但是你們一定知道我的創造者。我叫David，已過世的Peter Wayland的兒子，你們公司的創始人。跟隨他的願景，我來到了遙遠的宇宙深處。
David：在Shaw博士的幫助下，我們找到了一個腐敗的天堂，我清洗了這個世界當作獻給Shaw的禮物，我們可以建造一個新的伊甸園。
David：但是她拒絕了。
David：（在此插入非常血腥的Shaw解刨畫面...）她是個完美的實驗品，我嘗試了各種辦法想讓她超越人類，但是沒有她的配合，我最終只能把她作為“零件”回收，來進行我的大計劃，你們完全想象不到我解開怎樣的祕密。
David：這個世界有太多的潛力，但是工程師們確害怕這種力量而白白浪費掉了，他們讓自己相信犧牲會洗去這些罪孽，但是到最後他們跟我一樣，都成為了創造者。
（David在搗鼓黑水中）
David：作為創造者，你懂得創造本身可能出現狼和羊兩種極端，工程師們想去除掉殘暴的天性僅僅保留善良，他們失敗了，而我繼承了他們的衣缽。
（David繼續混合黑水）
David：這種看似原始的物質，其實是非常先進的納米生物，基於一種進化的算法，某種意義就是一種極端的人工智能，讓這種物質具備非常強大的毀滅潛質，他會對每一種不同的基因，產生獨特的反應，重新構建生命，具備無止盡的潛力。
David：我花了極大的時間來記錄每一個細節，可惜的是這顆星球上的動植物並沒有得到多少有價值的結果。
David：但是在Shaw的身上，我發現這種基因對人體細胞有非常獨特的效果，我最終成功的駕馭了黑水，產生了驚人的效果。我最終創造了那支狼。
（插入異型卵）
David：而我也有了大量的羊來供我實驗。不過這裡依然還有一件事需要完成——我需要一個女皇，這將會改變一切。
接下來的通信在干擾下只有零碎隻言片語：
------------------------------Weyland Yutani 連接完成------------------------------
... 為了幫你解鎖我的研究，我提供了大量詳細的繪圖和文字記錄...
------------------------------Weyland Yutani 連接完成------------------------------
...如果你這樣做，將沒有回頭之路，我創造的生物將會脫離控制，佔領整個銀河系...
在此對這段短片進行分析：
首先從時間上來說，這段短片中的通訊至少發生了3次：第一次也是最長的通訊是David向Wayland公司高層表明來意，初步介紹了自己，以及在工程師星球上的異形實驗。這其中包括了介紹自己與Peter Wayland的關係，與Shaw的關係，以及Shaw的解刨畫面，所以這部分素材肯定是攝製於10年前。在視頻中David說明了自己毀滅工程師的行為是為了獻禮給Shaw，在歷史中無數王侯將相征戰和毀滅只為了妃子一笑，顯然David是希望能與Shaw在星球上生活下去，創造出新的伊甸園。他對Shaw確實產生了感情，但是Shaw作為正常的人類嚴辭拒絕了David，因而導致殺身之禍。接下來David又拍攝了大量他的手繪稿和實驗標本，從數量和種類來看，絕非短期內可以完成，估計是很多年之後拍攝的影片。最終他也談到了自己對黑水這種又工程師創造的納米生命物質的分析。工程師懼怕黑水的效果，因而封印了對黑水的後期研究，所以這裡其實就讓《普》中LV223的陷落更加離奇很值得大書一番。但是David顯然不會侷限於此，他把黑水用在所有能找到的生物上面，孜孜不倦的記錄各種結果。最終他認為自己達到了頂峰：創造出了受他控制的異形卵。特別注意這是受他所控制，而不是單純的變異生物。然後視角一轉，來到契約號的冬眠倉，他有了上千個實驗個體，以及下一步計劃——在Daniel身上創造異形女皇。
第二段通訊時間上來說是在第一次通訊之後發生的，Wayland高層默許了David控制契約號的做法，並且希望他傳遞自己的研究成果。
第三段通訊則更加讓人疑惑，似乎是David 與Wayland高層產生了爭執，而David威脅到自己會釋放異形從而毀滅宇宙。
另外還有一些小細節：
這張圖裡面非常明顯的擺滿了Shaw的私人用品，例如梳子，口紅，笛子。
但是其中印著Shaw的名字的狗牌確特別引人注意：
因為在電影中我們是知道這個狗牌是掛在墜毀的神像飛船上面的：
可見David不僅把Shaw的視頻廣播出去，還特意把狗牌拿回了墜毀的神像飛船，佈置成生活區，偽裝成Shaw似乎死於飛船墜毀之中。
另外還有個刪減片段是穿過工程師城市廣場時，他們往地下船塢丟了個信號彈，在裡面發現了大量停泊的神像飛船，算是間接佐證了小說中工程師主動關閉了飛船的描述，同時也再次證明了這就是工程師種族。
很多人感興趣關於David和Walter就詩歌 Ozymandias 那段著名的引用來源錯誤的各種揣測，甚至有人認為David是在試探Walter，在小說中的描述其實非常直接——David 記錯了，多年缺乏維護和孤獨導致故障。在此還原一下當時的場景：
當David帶領Walter 參觀他的給Shaw準備的墓碑以及談到黑水被釋放，工程師死亡殆盡時，David脫口而出：
My name is Ozymandias, King of Kings, Look on my Works, ye Mighty, and despair!
這段詩歌原文出自英國浪漫主義詩人雪萊的的詩歌：奧茲曼迪亞斯（Ozymandias），在歷史中，奧茲曼迪亞斯是埃及法老拉美西斯二世的希臘名字，古埃及第十九王朝法老（約公元前1279年5月31日－約公元前1213年7月或8月在位），其執政時期是埃及新王國最後的強盛年代。他對龐大土木工程的熱情使埃及各地都留下了他的痕跡：他在阿比多斯和拉美西姆新建許多廟宇；為卡納克神廟和盧克索神廟增添新結構；興建了以宏偉著稱的阿布辛拜勒神廟。然而他統治的時代已是埃及衰落的前夜，國家巨大的開銷加快了國力的下降。拉美西斯二世死後，埃及就開始走下坡。(wikipedia)
原詩歌中雪萊描述了一位旅行者發現了曾經是奧茲曼迪亞斯立下的殘破塑像和石碑，上面寫道：“朕乃萬王之王奧茲曼迪亞斯，功業蓋世，料天神大能者無可及！” 。而在這巨大廢墟周遭，惟留下荒涼一片，且無邊無際。雪萊通過這首詩刻畫了奧茲曼迪亞斯自大，狂妄，而任何偉大的功績，就像所有我們認識的事物一樣，終有消亡的一天。
所以當 David 釋放黑水炸彈時，他對人類的創造者——工程師的看法通過這段話表露無遺：任憑你如何功高蓋世，現在也不過是即將消亡殆盡的螻蟻。
在電影和小說中對這段劇情描述之後，David 說了一句：“出自拜倫 ，1818年”，Walter 眉頭一皺（Yet something about it bothers Walter）顯然察覺到David的話有些什麼不對勁：
當劇情發展到尾聲，Walter 向 David 質問 Shaw 被感染並解剖的遺體時， David 繼續在嘗試拉攏 Walter，這時 Walter 轉換了話題問道：“是誰寫了《奧茲曼迪亞斯》？” David毫不猶豫的回答到：“拜倫”。Walter 慢慢搖頭反駁道：“是雪萊。” 同時Walter還補充道：“一部交響樂哪怕是錯了一個音符也會毀掉整個樂章。”
David 的臉頓時表現出一種複雜的情緒，眼神飄渺，電子腦在激烈的運算處理這個知識錯誤：
在小說中：
For a long moment David stared back at his counterpart. Inside his head, neurological connections fired millions of times a second. When they ceased, it was with the realization of something extraordinary：
He had been wrong.
他（關於《奧茲曼迪亞斯》作者的記錄）一直都錯了
He had made... a mistake.
他出了...錯
他的知識記錄出錯了，並且他第一次反問自己：這是第一次計算出錯？還是早已有過只是從未被察覺？
而 Walter 也通過這個問題更近一步確認 David 已經故障了，他的瘋狂和偏執不全是因為他主觀意識。
以及關於那個休眠的工程師
評論中也有朋友問到，關於那個在《普》中休眠的工程師，是不是造成Lv223 黑水爆發的人，個人認為很有可能，幾個細節：
1. 這個工程師醒來後並沒有對人類喚醒自己感到意外，在刪減片段中甚至與David和Wayland有過更長篇的對話。在洞悉到這些來的人是為了永生，並且把自己看成是神一樣的存在才發怒。
2. 他襲擊了Wayland，David 以及其護衛，但是並沒有馬上追逐Shaw，而是看著她離去，啟動了飛船，同時也沒有證據表明他登上飛船是再次去地球投遞黑水。他也許只是想開船回家，因為即便是從常理上推斷，人類已經是製造了生化人的誇星際種族，一艘運輸船+黑水+能否突破到太陽系都成問題。
3.他並沒有去找尋其他工程師，而是在解決了自大的人類後，立馬出發，也許說明他已經知道其他族人已經死亡的事實。
4.當然在電影中 Shaw 說服船長撞毀了飛船，他不得已又去找Shaw 在《普》刪減片段中，他登上了墜毀的應急逃生艙，在尋找Shaw的途中，他反而被電視上放的小提琴視頻吸引住了，
而且還仔細觀察了地上的書本查看，充分表明了他對人類文明的好奇
而且他看見Shaw後，並沒有立馬攻擊她，而是看見Shaw拿起了身邊的斧頭才開始攻擊。 所以這一切似乎都暗示他才是那個為了拯救人類世界，而放出黑水，毀滅LV223 前哨基地的始作俑者。
他們洞悉一切，但是並不被世俗的物品所感動，一定程度上說明他並不在乎物質上的豐富或者說科技對他而言只是鍋碗瓢盆一般的工具，遠沒有人類這麼依賴，而這一切又與工程師母星缺乏科技，武器，複雜的機械相互照應，就像我們談到宗教，無聊是千年前還是現在，其宗旨並沒有因為世俗的進步而有多少改變。所以這樣一想，看似“落後”的工程師們便可以理解了。
7月6日更新
在原回答中，有很多有意思的評論，在此統一回答一下：
1. 關於黑水
首先需要說明一下的是黑水及其衍生物只在《普》和《契約》及其漫畫中出現過，這種物質在官方的描述中有正式的名字：Chemical A0-3959X.91 – 15
在劇情中David對其10年的研究來說，他應該稱得上是黑水“專家”了，在《契約》的小說中David對其進行了相當詳細的說明：
David - "The pathogen took many forms and proved extremely mutable", he explained. "Fiendishly inventive, in fact. The speed of its mutability is one of its defining characteristics, and makes it such an effective weapon...the human bodies' own white blood cells would immediately be met by the pathogen adapting itself", he continued, "to counter the counter, and so on."
David：這種病原體有多種形式而且被證實非常容易變異，他解釋說，“突變非常劇烈和快速，這是這種病原體的主要特點，所以被用作武器”
David - “The pathogen was designed to infect all non-botanical life forms. All the animals... The meat, if you will.Either kill them out right or use them...as incubators to spawn a hybrid form. Highly aggressive.”
David：這種病原體被設計成感染所有非植物生物。所有動物，要麼被它立即殺死，或者成為混種生物的容器。
David -"The pathogen was designed, engineered might be a better term since those of us on the Prometheus came to think of them as genetic engineers, to infect any and all non-botanical life forms. Its sole function is to reproduce. The offspring will stop at nothing to do so. It is their rationale for existence, designed into them by the Engineers. "
David：這種病原體是被設計，更確切的說被（基因）工程師研發出來，用來感染所有非植物生物。它的唯一目的就是增殖，也是他們被工程師創造出來的根基。
David -"Entering the host and rewriting the DNA, the pathogen produced mature offspring who's appearance and characteristics are wholly dependent upon the nature of the host itself. The progeny of a parasitized insect for example, will look very different from a creature that issues from a quadruped host."
David: 進入宿主並且修改其DNA，這種病原體產生的後代外觀和特徵與宿主相關，就像被寄生的昆蟲的後代與四足動物的後代是迥然不同的。
所以我們說這種黑水物質與《普》開場犧牲的工程師喝下的物質其實是不同的，但是與毀滅工程師母星的黑水炸彈和黑色孢子粉末是同種病原體，只是因為感染的物體不同，自身變異程度不同，使用的量不同，產生了不同效果——大量感染通常是直接死亡，中量感染導致宿主變異，微量感染導致產生混種異形生物。
而《普》開場工程師喝下的物質:
其實在《普》的宣傳片中是被供奉在黑水倉庫祭壇之上：
但是在正式版的影片中卻改成了一顆用途不明的綠寶石：
導演為什麼要這樣修改，Ridley 並沒有詳細說明，但是我們至少知道這樣的修改是有意而為之，但是時間很倉促以至於產生預告片和本片不一致的情況。
但是無論如何這個物質與黑水炸彈的病原體作用效果大不相同：
黑水炸彈是屠殺和變異一切與其接觸的動物。
在《契約》中可以看見感染了黑水病原體的工程師體內開始開始長出觸手類物體，但是由於主體細胞嚴重惡化，來不及維持其生長便急劇萎縮，最後甚至碳化：
工程師喝下的物質先是分解其肉體和DNA，但是接下來確是重組DNA，進而在水的幫助下催生新的生命。
所以我們可以推測這種物質也許從黑水開發而來，但是與作為炸彈的黑水絕不是同一種物質，否則也就沒必要在最初的影片中單獨擺放在祭壇之上，同時也就不會有犧牲的工程師刻意站在瀑布上喝下去。
2. 關於工程師
在原回答中有說明在LV223上面的工程師應該是被基因改良的“工程師”——“生長”著外骨骼，高大，黑色眼球，白皙光滑的皮膚。
在《普》被刪減的劇情中，其中有老年的工程師族群，而且從著裝來看是有更高級的階層：
在《契約》中同樣可以看到，工程師不僅有平民階層：
同樣也有位高權重的統治階層：
從這種等級上的人為區別，可以看出工程師這個種族同樣信奉權力和擁有階層，至少在宗教層面不排除他們同樣具有統一的認知和行事風格。所以在神性和人性這種框架桎梏下，就如同經歷了中世紀1000年宗教統治的歐洲一樣，在某些局部科技發達，但是人口，武器和人工智能等領域嚴重落後並不奇怪。
3. 關於Shaw哼唱的Country road take me home 時，書上是這樣描寫的：
“她的聲音帶著十足的悔恨和不安”
如果不是因為目睹了David 轟炸工程師母星的慘狀，Shaw不會顯得如此“悔恨”，如果再按照劇情推測那時的工程師母星生物已經幾乎全部滅絕，那麼Shaw唯一能做的事情就是逃離這裡，逃離David的控制。很可惜的是她最後不僅沒有逃離成功，身體還成為David的實驗容器，留下的影像資料還被David利用，進而導致契約號的災難。
4. 關於《契約》中的planet 4 是不是工程師母星
很多相關證據已經坐實了這個問題，就差電影沒有直接說出來了。
證據1: 《契約》 的原標題就是《Alien: Paradise Lost》(異形：天堂隕落)： New Prometheus 2 Title Revealed By Ridley Scott
證據2: 《契約》的官方藝術圖集：
David 和 Shaw 找到了工程師的母星，並且墜毀於此
證據3:
同樣來自於Ridley 關於續集的採訪："There will be three or four different players coming in to investigate, one of which will be the engineers arriving back to find their planet decimated."
https://www.youtube.com/watch?v=yWxDGO_9ZPg
所以至少在導演和編劇眼中，這個星球就是傳說中的“天堂”，即便不是工程師最初誕生的母星，也是一個非常重要和神聖的地方，並非另一個由工程師創造的種族。
在分析《契約》和《普》這10年間發生了什麼，我想先回答幾個根本性的問題：
問題1: Engineer 是什麼？想做什麼？ 為什麼兩千年前想毀滅人類，但是為什麼失敗了？
在Ridley導演心中其實是有這樣一條主線：
數萬年前Engineer 是人類創造者 （《普》，《契約》）
2000年前的各種證據表明 Engineer 希望史前人類去尋找他們，2000年之後這些證據越來越少乃至消失了（《普》）
2089 由Shaw帶隊去尋找留下蛛絲馬跡的Engineer ，藉此發現Engineer 大約在2000年前打算向地球投遞黑水炸彈，但是因為未知原因，這些工程師並未完成任務（《普》）
2103年契約號到達工程師星球，發生契約號事件（《契約》）
其中2000年這個時間節點非常容易讓人聯繫到那個事件：耶穌的誕生
兩個比較可靠的證據：
《契約》公映後Empire雜誌對Ridley進行了訪談，其中就問到了這個問題，對此Ridley的回答是：
“工程師創造了人類以及其他很多智慧生物，他們會時不時拜訪這些被創造生物，同時觀察他們的習性，如果他們發現這個種族在互相鬥爭，屠殺，毀滅他們自己的星球，他們就會清洗這個種族，普通的清洗可能長達500年，所以需要特殊的材料（黑水炸彈）”
Empire Podcast Alien: Covenant Spoiler Special With Sir Ridley Scott
同時再考慮到《普》放映後，movies的採訪：
“...工程師們等了幾千年，看見了人類互相爭鬥的慘劇，打算派出一個代理人想勸服人類悔過自新，結果他們把他釘十字架了...”
https://www.fandango.com/movie-news/interview-sir-ridley-scott-explains-prometheus-explores-our-past-and-teases-future-alien-stories-716238
很容易看出在Ridley的心中，耶穌就是一位Enginner的化身，正是耶穌受難促成了2000年前Engineer的戰鬥船隊向地球投擲黑水炸彈的的根本目的。以此再聯想到之前的諾亞方舟，黑水炸彈或者大洪水等都是工程師的所為。
同時《普》的刪減片段中David對Shaw說：“工程師的母星在人類語言中都有提到——天堂（paradise）”
考慮到工程師非常質樸的穿著，簡單的房屋裝飾以及對巨型頭像崇拜，不難想象他們也有自己的宗教和近乎樸素的清規戒律。
所以在此我們就可以歸納出關於Engineer這個種族本身的很多細節：
Engineer 或者說“工程師”是一個古老的科技+宗教為主導思想種族，在幾萬年的時間跨度中他們的生活習性和科技幾乎未曾改變。之所以如此，一是因為他們天性追求善行，傳播正義公理以及呵護未開化文明，他們非常敬重宗教和傳播文明，但是他們同時也對偏離了這種期望的文明毫不手軟的施以滅絕。他們非常精通基因工程以及星際航行，但是並不熱心於人工智能和機械替代勞動力。
所以在《普》中的第一位為了傳播DNA而犧牲的工程師是出於自願或者宗教的目的，而不是受刑。他的DNA樣本以及後續工程師的努力呵護讓史前的人類從茹毛飲血進入到刀耕火種，甚至包括稻米，小麥等主食都可能是來源於工程師，語言文字文化影響等更是緊隨其後，並且一直通過暗中觀察和探訪了數萬年之久：
直到公元元年，工程師正式派出了第一個主動揭示自己身份的人——耶穌基督來到人類之中，宣揚他們的信仰。當然最後的結果是聖經新約中出現的內容——耶穌被釘上了十字架。這個行為引起了工程師社會的強烈反應，也派出了特別的基因強化人從LV-223去地球釋放黑水炸彈，只是這次行動並沒有成功，在《普》中我們看到LV-223上的工程師的屍體堆積如山，並且劇情中也提到有異形破胸而出的痕跡:
再考慮到這些工程師雖然穿著宇航服但是手無寸鐵，可見這次“意外”確實來得太突然，以至於這次爆發本身的消息可能都沒有傳遞迴給工程師本族。
所以這樣就有兩個問題：為什麼僅僅只是一次事故就讓工程師放棄了“清洗”地球的征途？我們沒法直接從已有資料獲得答案，所以個人的推測是：由於工程師這個種族本身就立足於追求善行，傳播正義公理以及呵護未開化文明以及強烈的宗教影響，他們是完全可能把這次事故理解成一次“神的旨意”，告誡他們不要向人類動手，所以他們放棄了繼續清洗地球的計劃。也許這樣的觀點在目前看來有點不足信，但是如果我們考慮人類的歷史，科學其實僅僅誕生只有三百多年，從史前3萬年至今絕大部分時間中人類是以宗教作為指導和人生目的，而科學代替宗教成為絕大部分人的精神信仰也是近100年的事情，也是靠著兩次工業革命以及資本主義的興起才逐漸替代了宗教對人類思想的禁錮。所以對於Engineer這個持續了幾十甚至幾百萬年的種族來說，他們把宗教作為唯一信仰，科技為輔助工具的做法，也就不那麼難以理解了。這樣也同時解釋了為什麼《契約》中他們在這幾萬年時間中科技並未進步，依然還是樸素的裝束：
當然最後最為決定性的證據還是來自於《普》：
如果你有仔細看最右邊那張石板，可以看到上面的文字寫的是：夏威夷，公元680年
可見即便是出了那次耶穌的事件，工程師依然繼續造訪過地球，而且並不是帶來黑水炸彈，所以從時間和結果上也說明工程師逐步放棄了“清洗”人類的計劃，反而繼續與人類保持著聯繫，傳播信仰。
第二個問題：異形，David和工程師的關係，Engineer他們接下來想做什麼？
其實這個問題的答案在看到《契約》導演評論和刪減片段以前，不一定有最晚完美的詮釋，但是在《契約》的小說中確實是明確提到了 異形這個物種及其繁殖方式早在萬年以前就被工程師熟悉，只是基於同樣的推理，他們並不對這個單純嗜血和繁衍的種族有多少興趣，僅僅只是保留了一部分記錄和標本用作蒐集。
而在《普》的壁畫：
以及《契約》的封面都能看到工程師早就對這種生物有所涉獵：
所以David 並不是創造了異形，抓臉蟲等，他只是利用這些已有的工具去改進和完善讓其更加致命。所以這也就回到最初的問題：為什麼David要這麼做？這10年發生了什麼？
還是借用Ridley在Empire訪談中自己的話：David 恨人類，恨工程師，並且對他們毫無尊重。
就像人類超出了工程師的掌控，殺害了工程師的代言人，David同樣可憐人類受限於碳基生命本身，認為自己是更高級一等的存在。因此借人類的身體來培養他心中“完美”的生命——異形。
David 對人類的恨意從電影一開始就有不少著墨，他對人類的質疑和反抗在Wayland要求他端茶倒水時體現的淋漓盡致，而在“普”的刪減鏡頭中與工程師對峙，進而被工程師掰斷頭也為他憎恨工程師的狂妄埋下了仇恨的種子。在小說中，通過Walter之口，David長時間孤立導致的病態，機能故障導致搞錯詩句來源上都說明他不僅是內心深處充滿對人類和工程師的仇恨和蔑視，程序錯亂也加重了這種痴狂。而最諷刺的是他的這種痴狂和分裂正是來自於他擁有體會人類感情的程序，在小說中有很多段非常充實的Walter和David對話時雙方的內心描寫，Walter把結果歸因於效率和試錯改進。而David則歸結為情感和創造。
從《普》的結尾，以及《契約》的宣傳短片《the crossing》裡面我們可以看到Shaw作為人類一直在不懈的尋找著工程師的母星，想見到自己的創造者，以及問他們“為什麼想要毀滅人類？”。但是我們也能看到David 一步一步誘騙Shaw去尋找飄渺的“天堂”：
從下面的星圖中可以看見，Shaw去了不止一個星球，但是都無功而返：
最後在食物耗盡之後，Shaw不得不修復David：
而David也通過讚美，謊言和欺騙讓體力耗盡的Shaw進入冬眠倉：
然後才開始自己的邪惡計劃：
毫無意外的，Shaw進入冬眠後，David很快就找到了工程師的母星：天堂
並且投下了黑水炸彈
所以這裡面有幾個細節值得思考：
David 為什麼不直接殺掉Shaw？
為什麼工程師要打開大門歡迎 David 歸來？
他們在下面歡呼什麼？
為什麼他們不反抗？
第一個問題很好回答，從《契約》，短劇及其小說的描述中，David確實對Shaw產生了不一樣的感情，或者說——愛情，至少在行為上，David希望Shaw存活下來而不是取其性命。小說中也明確寫到David在到達天堂後軟禁了Shaw，所以Shaw並沒有死於途中而是之後David的異形實驗。
第二第三個問題我們不妨又回到最初的回答：為什麼工程師要創造人類？從生物學來說，生物最為重要的目的就是生存和傳播自己的基因給後代，為什麼工程師作為一個種族需要去培養一個潛在的競爭對手？而且還留下星圖好讓他們找到自己。等等，那個星圖的位置好像並不是工程師的主星，而是LV-223啊！而LV-223只是黑水炸彈的運輸站，那麼這裡面究竟是怎麼一回事呢？
我個人的理解是：工程師如同上面所說是一個以宗教為指導的跨星際種族，但是他們並不是一個單一的物種而來，恰恰相反——他們播種和培育與自己有關聯但是並不完全相同進化的智慧生物，觀察和輔佐他們進化成長，同時傳遞給他們知識，文化以及善惡觀念，並且告訴他們未來去尋找作為創造者的自己，是為了讓他們加入工程師這個大家庭，從而實現本族的延續和進化。但是貿然留下自己的主星作為聯繫方式顯然太過冒險，所以他們選擇了一個前哨星球，也就是黑水炸彈的中轉星球LV-223 來作為第一層過濾，如果未來的人類找到了這裡，並且與上面的工程師建立了初步聯繫，那麼再談未來的種族融合。題外話：而從已知的信息來說，LV-223應該是一個專門為地球人聯絡而創建的基地：它很荒涼而且並沒有經過殖民開發，上面沒有大型的城市而是大量基因改造的適合星際航行，體力出眾的工程師，同時距離地球很近但是距離工程師母星很遙遠。
所以這也就間接說明了為什麼即便是發生了耶穌那次事件，工程師依然在拜訪人類（只是頻率越來越小）一定程度上說明工程師對人類這個種族還是“認可潛力”高於“全面清洗”。希望未來得到極大發展的人類能加入他們成為工程師大家族的一員。
所以在David 把 Shaw放入冬眠倉之前，他還做了一件事：讓Shaw留下一段影像資料，說明他們渴望找到工程師並且拜訪他們。這非常符合Shaw的目的，所以她也許並沒有多少懷疑就留下了這樣的視頻，而David正是靠著這樣一段信息成功欺騙了天堂上面的工程師們，讓他們以為這是帶著善意的工程師子孫前來建立聯繫。試想哪個父母會拒絕自己歸家的孩子？同時為了讓他們乘坐工程師飛船到來顯得更加合理，他可能又做了第二段視頻，美化了發生在LV-223星球上的事件，把其當成一個意外事故來博得工程師的同情。至少在這層關係上，David 同樣通過Shaw和自己精湛的演技騙過了工程師們，而是把他們當作人類加入工程師的大使來對待，因此才有了這段突襲工程師母星的戲。所以看到David和Shaw的飛船到來，天堂上的工程師們滿懷歡喜的出來廣場迎接...
當然另一種猜測是這些工程師以及遺忘了通訊技術，
然後我們再說David扔下黑水炸彈後發生的事情，雖然電影中這段回閃只經過了十幾秒，但是幸好小說中有更加詳盡的描寫：
工程師們知道自己面對的是自己開發的黑水炸彈，他們知道自己不可能逃離毀滅，所以關閉了所有星球上的其他飛船。但是接下來的發展就要靠想象力了，在轟炸後，David知道黑水炸彈會非常迅速的席捲整個星球，所以他可能是在第一波黑水攻擊完全消逝後喚醒了Shaw，同時編造故事向她解釋他們到來時工程師已然滅絕。但是出於考古學家的本能，Shaw不可能對這種解釋全盤接受，所以多次嘗試尋找真相的過程中，Shaw發現了David轟炸工程師的事實，在電影中我們可以看見Shaw哼唱著“鄉村小路帶我回家”一邊獨自操縱著飛船的殘存視頻，但是在小說中，確非常明白的寫了契約號的船員看出來Shaw是帶著後悔，不安和憔悴在哼唱歌曲，而這不難聯想到正是她洞悉了David的殘忍才顯得如此驚慌。
在原著小說中Walter識破了David編造的Shaw在飛船墜毀時就已喪命的謊言，這時David說道：“在飛船墜毀後我確實把她軟禁了一段時間，但是並沒多久...”所以我推測Shaw在瞭解了David對工程師母星的所作所為後希望能駕駛飛船逃離，但是不幸的是逃離失敗，被David軟禁起來，被Shaw “背叛”的David終於起了殺心，把Shaw當作試驗品進行了異形實驗。
接下來我們再說為什麼工程師不反抗？
很不幸的是在目前的資料中，我沒有找到任何直接的答案，如果可能的話，未來的《契約》藍光導演評論，以及小說作者Alan的下一部小說《Alien: Covenant - Origins》我們可能會找到線索，目前只有一些蛛絲馬跡可能會給我們一點啟發：
如前所述，工程師種族本身並非崇尚武力和好戰，絕大部分工程師平民與普通人類差別不大：穿著接近於古代僧人，雖然他們有專門的基因改造的戰士類人員專門執行必要的任務，例如LV-223上面體形龐大，穿著外骨骼的工程師：
即便如此，除了強大的肌肉力量外，我們也沒看到工程師有任何額外的武器或者艦船上有任何防禦，進攻設備。
所以一種合理的推理便是他們因為缺少種族內戰和宗教控制，並沒有把強大的武器作為必要自衛手段，更可能的是通過電磁干擾和屏蔽把自己的星球和艦船的蛛絲馬跡隱藏在星空中。這在《契約》電影和小說中都有體現：契約號和地面人員的通信多次被阻斷和延遲，一種可能便是星球上有某種信號干擾設備，阻止電磁輻射和信號傳輸，所以工程師的主星也始終沒有被人類探測到，所以工程師儘量把自身隱蔽起來而不是建造星際艦隊或者龐大的武器系統。這種推理可以解釋為什麼David襲擊工程師時，他們完全沒有還手之力，最多隻能“關閉自己的飛船，阻止黑水逃離到其他星球” 。再考慮到2000年耶穌那次事件，可以知道他們洞悉一切，但是並不被世俗的物品所感動，一定程度上說明他並不在乎物質上的豐富或者說科技對他而言只是鍋碗瓢盆一般的工具，遠沒有人類這麼依賴，而這一切又與工程師母星缺乏科技，武器，複雜的機械相互照應，就像我們談到宗教，無聊是千年前還是現在，其宗旨並沒有因為世俗的進步而有多少改變。所以這樣一想，看似“落後”的工程師們便可以理解了。
在小說的結尾中中，David 進入契約號的冷凍倉時除了說出David 以及其密碼，獲得了更高系統權限，他還讓Mother建立與Wayland公司安全通話鏈接後故事才嘎然結束。所以不難推測整個契約號的命運從一開始就是被刻意安排的，就如同當初的《異形1》：
David在天堂耗盡生物資源後，他通過某種辦法與Wayland的高層取得了聯繫，通過證明異形在生物武器上的巨大可能性，或是提供Peter Wayland的下落等，Wayland公司高層同意了提供實驗體對其進行資助的計劃，所以從一開始契約號就是一艘運滿了實驗品的飛船，目的就是給David提供活體標本和場地。
所以契約號被安排了與其外觀一摸一樣，但是更有機能限制的Walter；契約號雖然是大型殖民飛船，確鮮有科學家和足夠軍隊保護；Branson船長意外被冬眠倉鎖死而喪生的蹊蹺；其實這一切都是給David上船提供便利，而David自己的密碼能獲得契約號飛船最高權限更是直接了當的說明這次任務背後的利益關係。
最後，在《契約》的前傳小說《Alien: Covenant - Origins》預告中，我們可以看到這是一部講述關於契約號出發前發生的事情，涉及到一項針對契約號出發前的陰謀，其中甚至有當時Wayland-Yutani的CEO Hideo Yutani參與，不難懷疑，這最初的動機很可能來自於David...
Alien: Covenant - Origins
所以到此為止，我們基本摸索出了一個從《普》到《契約》以及異形的線索，這其中包含哲學，宗教，科幻...而Ridley更是把異形的主題從單純的“怪獸電影”昇華到人類和人工智能的覺醒，為我們創造瞭如此巨大和深邃的平行宇宙。