如何搞好魚菜共生系統中養魚水質的管理呢？
一、水體體積
在魚菜共生系統中，不斷流動的水能將營養鹽送到作物的根系，使其吸收並淨化水質，同時也能利用水流將魚的排洩物濾除，維持水的潔淨。一旦水停止流動，首先影響的就是溶氧量的降低，時間一久還會導致魚的死亡，對於薄膜栽培系統 (NFT) 來說，會在短時間內乾涸導致作物死亡。水體體積也直接影響養殖數量，以魚的重量計算， 最好是1000L水容納20kg的魚。養殖密度過高必須在水中增加打氣設備，維持適當的溶氧量。
二、投餌餵食
餵食時間以白天為主，每天下午16時以後最好不要餵食，以免夜間魚活動量減少造成消化不良或者食物沉積。一般投餌後30分鐘水中仍剩餘餌料，就表示餵食量太多，須將剩餘餌料撈除以免影響水質。魚的健康與索餌活動息息相關，因此如果索餌情形變差或停止進食，最好停止餵食。魚索餌情形也與水溫相關，因此水溫大幅下降時，需降低投餌量甚至停止餵食。利用自動餵食器定時、定量餵食，可以簡化餵食工作。
三、水質檢測
魚菜共生系統中，溶氧量對浮筏栽培系統(DWC) 甚為重要，密集放置的水耕種植槽，作物根系吸收水中氧氣會造成養殖水體溶氧不足，進而導致根系褐化。因此DWC系統植槽水體必須維持至少5 mg/L的氧氣濃度，最簡單的方法就是直接在植槽中放入氧氣泵。藻類也會消耗水中的氧氣，使水中的溶氧量產生變化，防止藻類大量孳生也是不容忽視的。系統水體養分濃度可通過控制餵食量進行調整，如水中硝酸態氮濃度低於5 mg/L，就可慢慢增加每日的餵食量，而硝酸鹽的濃度高於150 mg/L，就必須降低餵食量或進行換水。氨離子及亞硝酸濃度高於1 mg/L 則表示硝化菌的活動出現問題，必須進行換水或停止餵食。總體而言，在魚菜共生系統中，養殖物、作物及硝化菌最理想的條件為：溫度18∼30℃；水的pH值6∼7；氨濃度小於1 mg/L；亞硝酸濃度小於1 mg/L；硝酸濃度5∼150mg/L；水中溶氧大於 5 mg/L。水的pH值偏高時，即使硝酸鹽濃度已維持穩定，作物仍可能發生微量元素缺乏。因此在系統中加入水之前務必檢測水質，尤其酸鹼度偏離中性太多時，需先調整後再使用。在魚菜共生系統中，微量元素的補充是無法避免的，不同作物也會有不同的需求。一般除了水質檢測外，我們也可觀察作物葉片顏色，判斷是否缺乏微量元素。水質檢測雖然有現成的儀器，但價格十分昂貴。一般利用試劑檢測較為簡單經濟，建議檢測的項目有：pH值、氨、硝酸及亞硝酸含量。為維持水質穩定、養殖物健康，作物栽培最好分批種植、分批採收。雖然自來水是最容易取得的清潔水源，但其中的氯對魚有毒性，添加自來水前必須先儲水至少3∼5天，使水中的氯自然散發，如果能用氣泵進行打氣，可縮短儲水時間。但使用自來水可能導致部分微量元素缺乏，影響作物生長，需配合栽培的作物品種及時進行適當補充。魚菜共生系統水分消耗主要為蒸發或被植物吸收，平均耗水僅約一般土耕栽培的10%，是十分節水的生產方式，但實際耗水量會因作物種類及地區而異。
四、養殖魚種
魚菜共生系統中魚的選擇非常多樣，包括羅非魚、鯉魚、鰱魚、草魚、金目鱸、寶石鱸、鯰魚、鱒魚、鮭魚、莫瑞鱈及大口鱸。一般適合養殖的食用魚有：羅非魚、鯉魚、鰱魚、草魚、鯰魚、鱒魚；觀賞魚則有：朱文錦、金魚、錦鯉、玉如意、孔雀魚、鰟鮍等。
五、投餌與栽培參數
以一般標準含32%蛋白質的飼料而言，每平米葉菜類每日約需餵食40∼50克的飼料，而每平米果菜類每日約需餵食50∼90公克的飼料。作物栽培密度：葉菜類每平米為20∼25株，果菜類每平米為4∼8株。養殖初期魚體較小，每日約可攝食體重10%的餌料。體重大於50克的魚，每日的攝食量約為其體重的1∼2%。
六、水溫
夏季水溫經常超過30℃，容易導致溶氧不足，因此需要適度增加打氣量。同時高溫的環境容易使魚類發生細菌性的感染，可增加養殖箱排汙的頻率並適度換水。冬季寒流容易發生冰凍造成魚只死亡，因此寒流來襲之際，必須要有加溫或利用塑料佈防風的禦寒措施，才能降低損失。
七、藻類孳生
藻類孳生通常無可避免，有藻類對養殖而言並非全然無益，但過多的藻類會影響水色，增加過濾系統的負擔，同時可能與作物爭奪養分。可在養殖箱上方以透氣材質覆蓋，避免陽光直射，栽培槽上的水面也儘可能利用浮板或作物進行遮蔽。
八、搖蚊 (紅蟲) 孳生
搖蚊成蟲幾乎不取食，雖然不會叮人但繁殖速度驚人，其幼蟲為一般所稱的紅蟲，其食物一般為沉積物中的有機物碎屑、藻類、細菌、水生動植物殘體等。在養殖箱內通常會成為魚的食料，而在過濾系統及栽培槽內則會大量孳生。密度太高時會造成過濾系統阻塞，並影響觀賞。除了可利用防蟲網遮蓋水面之外，也可放養孔雀魚、鬥魚或白條等魚種進行捕食。
九、計算栽培面積及水量
魚菜共生系統中作物主要的養分來源為魚類進食餌料後的排洩物，因此在計算栽培數量均以投餌量為準。假設DWC系統以1噸的水養20公斤魚，每日需餵食飼料20000g×1%=200g。可種葉菜面積200g÷40g/㎡=5㎡。栽培槽水量=5㎡×0.3m(深度) ×30%（栽培基質空隙）=0.5m³。過濾系統容積為養殖箱容積的10∼30%。總水量計算如下：總水量=1噸 (養殖箱)+0.5噸 (種植箱)+0.2噸(生化過濾系統容量)=1.7噸.
十、飼料的氨轉換
影響水中氨濃度的因子包括飼料中蛋白質及氨基酸的質與量，飼料的消化性、魚種、溫度及系統移除魚排洩物的性能。約有30%的蛋白質會留在魚體內，因此70%的氮會流失到水中，其中15%是無法消化或存於固態排洩物及殘留的飼料中。所以魚的消化過程會有55%的氮轉換成氨，約有60%的固態排洩物會被過濾系統移除，其餘40%會降解成氨留在水體中，總體而言餵食的飼料大約會有61%的氮變成氨留存在水中。蛋白質含氮量約16%，每克氮會產生1.2克氨。以200克飼料 (32%蛋白質) 計算，會產生7.5克的氨，計算公式如下：200g 飼料×32%×16%×61%×1.2=7.5g。
十一、生化過濾面積計算
硝化菌消耗氨的速率約0.2∼2g/㎡/天，但與水量、水溫、鹽度、pH、溶氧有關，為了簡化複雜的計算，通常使用較保守的轉換率，即0.57g / ㎡/天。因此7.5克的氨每日須有13.2 ㎡的硝化菌面積，才能完全轉換成硝酸鹽，計算公式如下：7.5g 氨 /0.57g /㎡/天=13.2㎡/天。
十二、生化濾材體積計算
過濾基材能提供給硝化菌棲息的面積，與體面積比(specific surface area(SSA)) 有關，計算所需基質量時，將所需硝化菌棲息的面積除以SSA，即得所需的基質體積。選用SSA較大的過濾基材能降低基質的使用量，但這類基材使用後容易造阻塞，不但影響水流也會影響硝化菌的生長，因此基材的選用必須針對水質、養殖密度、耐久性及操作性進行綜合考慮。在FAD（潮汐型）系統中作物栽培介質的量遠大於硝化反應所需的基材量，但卻有助於在不利的環境下維持足夠的硝化反應。以生化球(SSA=600)為例，僅需22L的生化球就能滿足每日200克餵食量的硝化反應需求，計算式如下：13.2㎡/ 600㎡/ m³=0.022m³=22L。
十三、生化過濾基質及用量計算 (以32%蛋白質的飼料為基準)
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