1894年，日本為了滿足本國利益，對中國實行了侵略。
1895年甲午戰爭，在反侵略的戰爭中，中國海軍輸得一敗塗地，因此，我國的此次反侵略鬥爭以失敗告終。此時，與南海相鄰的東北大門洞開，日本不僅想要佔領中國東北三省這片領土，連我國的南海它也不想放過。南海礦產資源豐富，唯利是圖的日本便把魔爪伸向了它，日本打出“殖產興業”的旗號，想攫取南海的資源。
在一次巧合之下，一位名叫西澤吉次的日本商人在海上航行，突遇大風，商船便隨風飄蕩，最後飄到了東沙島。東沙島在東沙群島中是首屈一指的大島，島上隨處可見的都是鳥糞。好奇心極強的西澤吉次將它們帶回了臺灣，並對其進行了測驗。
測驗結果讓他大吃一驚，這些鳥糞攜帶著磷礦資源，於是，他從中發現了商機。第二年，他帶領一些人再次登上東沙島，與前一次不同，這次是有備而來。他看準島上的磷礦資源可以為他帶來可觀的收入，於是便想著竊取這些資源，帶回臺灣出售。
西澤吉次的這一舉動自然沒有逃過清政府的法眼，為了預防不法分子再次潛入東沙島，盜取島上資源，清政府便派兵到島上巡查。不僅如此，清政府還在島上豎立了紀念碑，證明此島屬於中國，表示中國是在維護國家的主權。
五年後，日本變本加厲，打著“水產南進”的旗號，光明正大地入侵東沙群島。他們將原本居住於此、在此生活的中國漁民全部趕走，將主權碑搗毀，就連漁民們的信仰——廟宇也被一一拆除。最喪心病狂的是，日本人將中國居民墳墓中的屍骨挖出，將之焚化後投入海中，以此來毀屍滅跡，消滅東沙群島是中國領土的證據。
日本漁民看中中國海域魚類資源豐富，開動大量漁船，從東沙群島南下，直到南沙群島，不斷掠奪中國的漁業資源。更可氣的是，日本海軍竟然為日本漁民和商人“保駕護航”，他們以日本漁民的利益為幌子，維護商人和漁民的侵略活動。他們的這一做法嚴重威脅到了中國漁民的生存，於是中國漁民奮力反抗。
清政府知道這個消息後，立即與日本協商，雖然日本並不想放下到手的這塊肥肉，但是迫於壓力，他們還是撤回自己的艦船。
日本企圖侵犯我國領土，侵害我國利益，這自然是不被允許的。在此事件後，清朝外交部派出兩廣總督張人駿徹查此事。同時還派出軍艦對東沙群島和南沙群島等海域進行巡查，以防範日本再次侵略。
日本對於清政府的調查早已做好準備，在張人駿與日本領事交涉的時候，日本方面稱：如果中國要說東沙群島是中國的領地，就應該拿出相應的證據來證明。此前，日本已經完全搗毀了中國人在東沙群島上居住的痕跡，可以說死無對證。另外，由於日本的領事是一位中國百事通，據他了解，中國是不可能找到記錄來證明中國領海的。據此，他們以為這樣足以說明東沙群島是“無主之島”。
但是他們萬萬沒有想到，經過張人駿等人的努力，最後尋找到一部分歷史文獻，如王之春著《國朝柔遠記》、英國海軍海圖官局編《中國江海險要圖志》等和中文、英文的地圖。它們已經足以證明東沙群島歷史上就屬於中國。
保衛祖國疆土，人人有責。即使是在當時舉步維艱、屢戰屢敗的時候，也義不容辭地擔當起保衛東沙群島的重任。在海軍將領薩鎮冰巡查我國海域時，在此生活的漁民們紛紛拿出證據，證明他們的祖先在此生活居住，並把日軍之前掘墳墓、毀屍滅跡的暴行一一呈報上去。
鐵證如山，人證物證具在，就算日本人再狡猾，也容不得它不承認。日本侵犯了我國的領土主權，並對我國漁民造成了經濟損失，這些都是它應當賠償的。除此之外，還有日本侵佔東沙群島期間，我國損失的稅款也得進行賠償。
日本終於撤離東沙群島，使中國的領土重新恢復了完整。清政府終於在這一反侵略鬥爭中取得了完全的勝利，這一勝利在晚清時期是少有的。
在反抗日本的侵略的鬥爭中，中國軍民發揮自己的力量，團結一致，抵禦外敵，捍衛中國的領土主權。中國漁民為證明東沙群島是中國的領土，紛紛提供證據，控訴日本的暴行，中國海軍、中國外交機構密切配合，為此努力查閱歷史文獻，提供了東沙群島屬於中國的物證。它捍衛了中國的主權，堅定了中國人民保衛疆土的決心。
此後，清朝更加重視對南海漁業資源和中國漁民的保護，水師提督李準和副將吳敬榮、劉義寬等，率兵170人分乘“伏波”、“深航”諸艦，巡視西沙和南沙群島並於永興島升旗鳴炮，公告中外，重申南海諸島為中國領土。