高昌回鶻同蔥嶺西回鶻一樣也曾風雲一時，到北宋初期，轄地已經東起河西，西達蔥嶺，南臨大漠，北越天山。 也是在公元12世紀30年代，他們像蔥嶺西回鶻兄弟一樣淪為西遼的臣屬。西遼在高昌回鶻派駐了一名少監，就地為西遼徵稅。 歷史的時針指向公元13世紀的時候，西域出現了比西遼更加勇猛強悍的蒙古騎兵。長期遭受契丹人重壓的高昌回鶻國主巴爾術·阿而忒·的斤審時度勢，及時殺掉西遼少監，向成吉思汗上表歸順。
元太祖鐵木真六年（1211），這位國主親自到克魯倫河上朝，要求做成吉思汗的第五個兒子。成吉思汗欣然答應，並且把心愛的公主阿勒·阿勒屯賞賜給了他。從此，他成了成吉思汗的乘龍快婿，而且做了蒙古西征的先鋒。 估計是對回鶻人的明智選擇十分滿意的緣故，成吉思汗稱他們為“畏兀兒”（意為聯合、協助），原高昌舊地仍由他們統治。
巴爾術·阿而忒·的斤的後代更加知趣，他的孫子馬木剌·的斤率1萬名回鶻勇士參加了蒙哥的合州之戰。他的曾孫火赤哈兒·的斤對忽必烈的元朝忠心不貳，在篤哇、八思巴與忽必烈的戰爭中，始終站在忽必烈一邊，面對篤哇、八思巴12萬聯軍的圍攻，死守火州不降，事後被忽必烈獎賞了一名公主。他不僅贏得了和爺爺一樣的英名，更重要的是同樣實現了做蒙古大汗女婿的夢想。 忽必烈外孫紐林·的斤仍然備受寵愛，他儘管沒有多少戰功，但還是娶到了蒙古公主，並被元仁宗冊封為“高昌王”，世代承襲了“高昌王·亦都護”的名號。
到了明朝，他們的地位並沒有實質性下降。溫和的明朝於明成祖朱棣永樂四年（1406）設立了哈密衛，仍舊任用哈密當地的首領為各級官吏。 只是，他們再也娶不到皇帝的女兒。因為在明朝史書上，我只查到了明朝公主漢麗寶嫁給馬六甲蘇丹的記載，根本沒有漢家公主嫁給少數民族首領的任何記錄。蒙古首領也先還因為沒有娶到明朝公主惱羞成怒地挑起了戰爭。