大體上說，三者都屬於投資品種，股票和債券屬於直接投資，即直接拿錢在二級市場上買賣；而基金屬於間接投資，即大家把錢給基金經理，代為在二級市場上買賣。它們三者的區別可以從很多方面考慮：
一、關係性質：
股票：反映的是一種所有權關係，即你在二級市場上買了A公司的股票，你就成了A公司的股東，你有權利享受A公司經營良好而帶來的資本利得和分紅派息。
基金：基金反映的是一種信託關係，即我把基金託付給你管理。基金經理是受託人，而我們則是基金的受益人（享受基金份額帶來的收益）
債券：債券反映的則是債權債務關係，即你買了某個債券，就成為了該債券發行方（如公司、金融機構，政府機構等）的債權人，債券發行方有義務還本付息。
二、風險
股票：高風險，高回報
基金：風險與回報適中
債券：低風險、低迴報
三、信息披露
股票：股票的信息披露程度相對較高。像每一家新上市融資、披露財務報表、重大事項、定向增發等的上市公司，都會在其招股說明書、財報和公告中披露資金的使用明細、使用進度等。
基金：基金的信息披露程度略遜於股票。基金的披露主要體現在兩個方面：投資明細和淨值。基金會在募集說明書和定期及非定期報告中分別披露基金大致的投資方向和每個報告期持股明細，但具體的動態調倉換股我們卻無從知曉。另一方面，如果是開放式基金，淨值會每日披露一次，而封閉式基金則至少每週披露一次。需要注意的是，我們可以在上市公司的股東名單和報表上，查看基金的具體投資金額和投資去向。
債券：債券的信息披露程度是比較差的。除了在發行時披露資金的大致投資方向外，之後的投資明細、投資期限等等，基本不會再做任何披露。
四、買賣方式：
股票：在證券公司開立股票賬戶，用現金購買
基金：目前大部分基金，尤其是開放式基金，購買非常方便。手機上綁定銀行卡後，註冊賬戶，就可直接購買。
債券：在證券公司開立債券賬戶，可購買公司債和金融債等，或者在銀行櫃檯購買國債。
五、投資方向
股票：股票的投資方向要根據上市公司的用途所定。通常來說，在上市初期時，股票募集的資金主要用於償還債務，擴大再生產、分紅擴股等。而之後的話，主要有補充日常營運資金、再融資等等與主營業務相關的業務，具體根據上市公司的公告而定。但目前證監會規定了，上市公司不允許拿募集的資金用於委託貸款、投資二級市場、提供給控股股東和實控人使用等。
基金：基金的投資方向比較簡單。主要會投資於股票，債券和央票、國債等其他貨幣市場工具。由於基金算是間接投資，因此，具體的資金投資明細，需要查看被投資公司的信息披露了。
債券：債券的投資方向主要投資於實業，具體的方面要根據債券發行方而定，像金融債券可能投資於小微企業的信用貸款體系建設，公司債可能投資於生產線。需要注意的是，像某些特殊債券，如基建債，則直接用於該項目的基礎建設。
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