朱元璋以放牛娃當上了大明開國皇帝，除了他自己擁有超乎常人的能力之外，也少不了那些死心塌地跟隨他打天下的功臣宿將們。不過，歷史總是那麼巧合，成功的男人背後定有一位賢明的女人，劉邦有呂雉，李世民有長孫皇后，而朱元璋的成功同樣離不開馬皇后。
《明史》記載馬皇后：“仁慈有智鑑，好書史”。確實，馬皇后是中國古代皇后中最為仁慈的一個，而丈夫朱元璋在歷史上則是一位出名的喜歡殺功臣的皇帝。按照《明史》的記載，馬皇后對朱元璋的做法並不認同，曾經勸他平定天下以不殺人為本，並且還從朱元璋的手裡救出了好幾條人命。
朱元璋喜歡殺人，史學家對此多有評說。當時大概只有馬皇后才敢勸他不要多殺，而且也只有馬皇后的話朱元璋才能聽進一些。非但如此，他還每每對臣下稱讚馬皇后的賢惠，將她比做唐太宗的長孫皇后。
朱元璋登基稱帝后，鑑於前朝皇宮內廷興風作浪，因此諭令：“治天下者，正家為先。正家之道，始於謹夫婦”這話的意思是說，后妃們雖然母儀天下，然而不能參與政事。儘管朱元璋不想讓后妃們參預朝政，可對於馬皇后他似乎又“網開一面”。
有一次，馬皇后問朱元璋：“現在天下安定嗎？”朱元璋認為這是政事，不是皇后該過問的事。馬皇后卻不依不饒說：“陛下是天下人之父，我就是天下人之母，子民是不是安定，為什麼不可以問問？”可見，朱元璋的禁令對其他人可能起作用，對馬皇后作用不大。
當然，馬皇后行事也是有限度的。有一次朱元璋前朝議事，散朝後百官要留在宮中吃飯，馬皇后要太監取來他們所吃的飯菜親口嘗一嘗，結果感到不好吃，她就對朱元璋說當皇帝的對待自己要薄，奉養賢者要厚。一番話下來，將朱元璋說得無地自容，趕緊讓御廚更換可口的飯菜。
在很多影視劇作品中，都故意塑造出朱元璋怕馬皇后的一幕。其實，這種藝術加工是不符合歷史實情的。馬皇后當初嫁給朱元璋的時候，利用自己是郭子興養女的身份給予了丈夫很大的幫助。朱元璋被冤枉囚禁的時候，馬皇后從廚房偷來炊餅藏在懷中，身上的皮膚都被燙傷了，這讓朱元璋深為感動。
其後，在朱元璋起兵時，馬皇后又與將士家屬同心協力縫製衣甲鞋襪輔佐軍用。或者可以說朱元璋是男中豪傑，馬皇后則無愧於女中魁首。等到富貴之時，朱元璋依然對這位相濡以沫的髮妻敬重有加。顯然，對於馬皇后，朱元璋怕是談不上的，更多的是體現出患難真情和相互尊重。
在馬皇后身上還有一點也尤為可貴，她從不為孃家人謀利益。朱元璋想尋訪馬皇后的家人賜給他們爵位，馬皇后不肯，認為爵祿賞賜外家不符合國家法度，竭力加以推辭。此事後來沒有實現，只是封了她的父親馬公為徐王，母親鄭氏為夫人。這些不過是封號而已，馬皇后的孃家並未得到任何實惠。朝廷上下，對此當然是很佩服。
洪武十年（1377年）八月，馬皇后病重，大臣們請求禱祀儀式。馬皇后卻很通達，對朱元璋說：“死生命中註定，禱祀有什麼益處。”臨終前，朱元璋問她有什麼話要交代，她說出了自己的遺願：“願陛下求賢納諫，慎終如始，子孫皆賢，臣民德所而已。”不久，馬皇后病逝，終年51歲，死後葬於孝陵，諡孝慈皇后。
馬皇后的去世對朱元璋的打擊很大，他大哭了一場，原本性格剛強的他如此痛哭，想來也是真情流露。這一年朱元璋50歲，之後，他一直虛懸皇后之位，算是對糟糠之妻的一種悼念吧。
馬皇后去世傷心的不僅僅是朱元璋，更絕望的還是淮西集團的那些功臣們。他們知道，朱元璋喜歡殺人，以前有馬皇后在還能勸住他。如今，馬皇后一死，皇上更是隨心所欲，無人替他們從中周旋了。因此，在馬皇后的大喪儀式上，哭的最情真意切的就是這些功臣宿將們，其實他們也是為自己將來的命運哭泣。