為了研究這些重複的玩意兒,科學家們竟然開發出了一款神奇的程序

約瑟夫·傅里葉 軟件 布拉格 陶瓷 中科院物理所 2019-04-14
為了研究這些重複的玩意兒,科學家們竟然開發出了一款神奇的程序

鑽石(圖片來源:ilovezuan.com)

什麼是晶體

看到漂亮的鑽石,我相信每個人都有擁有它的想法,特別是男同胞們,在對自己心愛的女子求婚的時候,特別希望有一顆大大的鑽石,戴在對方的手上,以表示自己的愛。其實鑽石就是晶體。晶體在我們生活中隨處可見,水凝固後形成的冰,一粒食用鹽,甚至是我們炒菜用的鍋(金屬),這些都是晶體。

那怎樣的物質才叫做晶體呢?

我們都知道,大部分物質都是由原子構成的,晶體就是原子按照一定的規則有序排列而成。打個比方,我們在學生時代都會站隊形,每一個人都相當於是一個原子,老師要求我們前後左右對齊有序排列,那麼看起來就是整整齊齊的,這就是一塊漂亮的晶體;如果有些同學站得完全不規律,那就從整體看起來不規則了,這就不是一塊晶體了。每塊晶體都有一個最小的重複單元,比如這裡的一個人,就是一個最小的重複單元。

晶體的用途

研究我們的晶體有什麼用呢?因為它給我們的生活帶來了很多便利。晶體的作用在我們的生活中是處處可見的。比如我們煤氣灶上的打火機,當我們按一下大火按鈕,打火機上的壓電陶瓷就產生比較高的電壓,形成活火花而點燃煤氣。其中的壓電陶瓷就是晶體。我們的液晶電視,中的液晶也是一種晶體。早在中國古代,人們就結晶糖和鹽。

我們研究晶體就是為了更好的為我們服務,當然不同種類的晶體用途也不一樣,為了尋找具有特定用途的晶體,我們就需要研究每種晶體的性質。

如何解析晶體的結構

要回答上述問題,我們首先得感謝倫琴先生,他發現的X射線能夠幫助我們回答這個問題。要知道,原子是很小的,我們用肉眼是無法看到的,但是,用X射線卻能“看到“!

提出用X射線來“看”晶體結構的是勞厄先生,但是第一個用X射線來解析晶體結構的卻是布拉格先生。布拉格第一次用X射線衍射解析了金剛石和氯化鈉結構,因此布拉格父子獲得了1915年的諾貝爾獎,並創立了一個新的學科——X射線晶體結構分析。

當我們的X射線照射到我們的晶體,入射光被散射,出射光光程差等於波長的整數倍時,晶面的散射將加強,此時滿足布拉格方程,我們就會看到一個一個比較強的出射光。當然這個只是知道了哪個晶面在哪個角度會有一個峰,而這個峰的強度信息卻沒有。此外,人們更關心的是晶體電荷密度和性質的關係,那麼衍射的峰強和位置是否能夠聯繫起來呢?

答案是肯定的,傅里葉變換給了我們這種可能。

因為晶體是由一個一個原胞週期排列而成,所以電荷密度也是一個周期函數,當我們講電荷密度做傅里葉變換後,我們既可以得到角度的位置,也可以得到角度的光的強度。因此,只要得到了角度位置和峰強,做個反傅里葉變換就應該得到我們的電荷密度了。

然而在實驗上,我們卻會丟失相位信息。要知道,相位在圖像中是很重要的,可以看看圖四的例子,當我們將貓和老虎的相位交換以後,貓也能變成老虎。在我們解晶體結構中相位同樣重要。所以現在的首要任務就是如何去解決丟失的相位問題。

為了研究這些重複的玩意兒,科學家們竟然開發出了一款神奇的程序

布拉格解析的金剛石晶體結構(圖片來源:oup.com)

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X射線衍射圖(圖片來源:維基百科)

為了研究這些重複的玩意兒,科學家們竟然開發出了一款神奇的程序

交換兩幅圖片的相位

實驗中相位的丟失不是沒有解決辦法的,比如Patterson方法,直接法等等,這些方法在這裡就不做過多的闡述。在這裡,我們就可以請出我們的主角Shelx了。

Shelx就是實現這些方法的一個程序,有了這個程序,解析晶體就變得容易多了。所以解晶體結構的步驟一般就是,收集衍射數據,把數據交給軟件解析,最後得到晶體結構,過程如圖:

為了研究這些重複的玩意兒,科學家們竟然開發出了一款神奇的程序

解金屬Ge晶體結構大致過程(圖片來源:專業課件)

在沒有Shelx之前,雖然有一些程序也是處理晶體結構的程序,但是用起來都十分費勁,解一個結構時常要浪費大把時間。但是George M. Sheldrick把直接法和Patterson方法程序化以後,我們就能更容易地得到晶體的微觀結構,知道原子是如何週期排列的。這對我們研究晶體的性質是至關重要的。

舉個簡單的例子,我們知道石墨和金剛石都是由C元素組成的,同樣都是由C元素組成,石墨很軟,金剛石很硬,這是由於他們在微觀上排布是不一樣的,這就導致了他們有不同的性質。因此,知道一個晶體中原子的排列順序是對理解晶體的性質是很重要的。

為了研究這些重複的玩意兒,科學家們竟然開發出了一款神奇的程序

石墨和金剛石的結構(圖片來源:ckcest.cn)

第一個shelx程序出現在1970年,安裝在劍橋大學的ICLTitan 計算機上。從開發以來,得到了廣大的科研工作者支持,也為學者們解決了很多的問題。據統計,shelx軟件的引用量已經接近7萬。當然現在解晶體結構的軟件已經不限於shelx了,一大批如Fullprof優秀的軟件逐漸出現在科研工作者視線裡。

總結

現在的很多研究都是基於晶體的,因此對晶體結構的解析顯得就格外重要。現在熱門的領域,如鋰離子電池、高溫超導,首先就是要知道樣品的晶體結構,有了晶體結構我們才能進一步研究材料的性質。

雖然Shelx不是第一個解晶體的軟件,不過它的出現,加快了科研工作者解晶體結構的速度,目前還是有大批科研工作者在使用。

總的來說,晶體學對我們的生活是很重要的,Shelx程序給科研工作者研究晶體性質帶來了很多便利,甚至間接也給我們帶來了更美好的生活。

參考文獻

[1] Sheldrick G M, SPEK A L, EMSLEY P, et al. A SHORT HISTORY OF SHELX[J]. CHEM REV, 2001, 101(6): 1629-1658.

[2] Charles Kittel, Introduction to Solid State Physics (seventh edition), John Wiley Sons, Inc.

[3] M.M. 烏爾福遜,X射線晶體學導論,科學出版社

[4] 樑敬魁,粉末衍射法測定晶體結構,科學出版社

[5] https://blog.oup.com/2013/08/100th-anniversary-first-crystal-structure-determinations-bragg/

出品 | 科普中國

製作 | 中科院物理所科學傳播協會

監製 | 中國科學院計算機網絡信息中心

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編輯:可樂不加冰、Cloudiiink

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