芙蓉篇劇集 69到71，共3集
芙蓉篇講述的是機器人小玉的來歷以及她的故事
故事開篇是銀時半夜看了個恐怖的垃圾分類廣告，想到自己的jump雜誌放錯了類別，就叫神樂陪他下去把它放到正確的位置，神樂無情的嘲笑了他一番，然後他在垃圾堆裡面看到了一個人頭，嚇暈了過去。
第二天吃飯的時候發現神樂用人頭充當打蛋器才發現原來是個機器人頭，由於信息不全，機器人說話毫無邏輯可言。他們就將機器人頭拿到機械師源外老頭那修理，想要復原然後賣個好價錢，但是並沒有修好，只好無功而返。
此時電視上正好播到一則新聞，說製造小玉的研究所，也就是最近非常受歡迎的機器人女管家悅子小姐的發明人林流山博士被他的助手機器人偶芙蓉零號機殺害，目前芙蓉零號機正在逃亡中。
由於在逃跑過程中被人給破壞了，只剩下一個頭，記憶多數已被丟失。但是小玉說為了以防萬一，機器人頭設有備份的記憶區間，可是區間被嚴密的封鎖了，只要找機械師打開就可以，銀時他們決定再去一趟源外老頭那裡，弄清事實的真相。正好有人來敲門稱自己是警察，附近有人舉報他們有可疑的機器人，請他們協助調查，來者正是小玉研究所的副主任以及另外兩個機器人。銀時他們破門而逃，原來他們是來追捕小玉的，在去源外老爹店面的路上，他們遇到了大批機器女管家的追捕，在這過程中機器人頭小玉想起了流山博士居然流淚了，驚詫了眾人，於是他們決定幫助小玉去源外老爹那。新八帶著小玉先行離開，神樂和銀時拖住機器人大軍。
新八在被抓之前將機器人頭內的中樞電腦裝置扔在了店門前，源外老爹他們瞭解了事情的真相。原來流山博士是被副主任殺害，然後流山把自己也變成機器人。流山博士生前之所以突然改變是因為獨生女兒的去世。他把人類的人格做成了數據，想把他們複製到機器人裡面去，他將自己的女兒選為實驗體，他女兒原本就體弱多病，無法承受實驗不久便死了，他女兒的名字就叫芙蓉。他實行芙蓉計劃的真正目的就是為了讓死去的芙蓉復活，機器人頭小玉的體內輸入了被稱為“種子”的數據，是為了讓芙蓉開花的種子，也就是流山的女兒，芙蓉的人格數據。為了繼承死去的女兒的人格數據而開發機器人，這才是芙蓉計劃的真正意義所在。但是人類製造人類，這已經是完全踏入了神之領域的禁斷技術，遲早會失敗。他們還原了流山被殺時的錄像，發現副主任也被殺，原來流山早已將自己的人格數據放在機器人五零一號體內，流山也變成了機器人。
嚴格意義上說流山博士已經死了，在初期階段五零一號的人格數據能夠和流山博士的人格數據保持一致，但是機器人逐漸出現拒絕反應，流山博士已經完全變成了另外一個人，這一切都是他的計劃，讓目黑副主任以為自己掌控了計劃，而讓他暫時逍遙法外，目的是為了讓分佈在各處的問題機器人女管家能以強制回收處理的名義集中到江戶同一地點，然後發動叛亂。
五零一號控制了整個江戶，勒令銀時他們儘快交出小玉。他們在江戶能源中樞站的地下同五零一號交戰。
銀時將五零一號機打入了能源站中，五零一號和博士徹底身死。由於在地下作戰波及範圍廣，能源中樞站即將爆炸，擁有了芙蓉人格的小玉在源外老爹的指示下捨身修好了中樞站。
後來，他們陸續找齊了小玉的身體相關部件，但是信息丟失。銀時把她送到登勢婆婆那裡去了。
芙蓉篇經典語錄
孕婦忍著好像要把西瓜從鼻孔里拉出來的痛苦生下小孩，藝術家忍受著好像要把宇宙從肛門裡擠出來的痛苦作出藝術品。無論是誰都有想要撞牆而拋棄一切的時候，但是痛苦中有著非常重要的東西，這一點決不能忘記。大家都是揹負著麻煩的機械，是不停翻滾而生的。雖然那也有漏油的時候，想流多少就流多少吧！