中國高等航海教育發軔於上海，1909年晚清郵傳部上海高等實業學堂（南洋公學）船政科開創了我國高等航海教育的先河。1912年成立吳淞商船學校，1933年更名為吳淞商船專科學校。1959年交通部在滬組建上海海運學院。2004年經教育部批准更名為上海海事大學。為更好地服務上海國際航運中心建設和國家航運事業發展，根據上海市高校佈局結構調整規劃，2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。2009年學校舉行百年校慶系列活動。

上海海事大學是一所以航運、物流、海洋為特色，具有工學、管理學、經濟學、法學、文學、理學和藝術學等學科門類的多科性大學。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。

學校設有2個博士後科研流動站（交通運輸工程、電氣工程），4個一級學科博士點（交通運輸工程、管理科學工程、船舶與海洋工程、電氣工程），23個二級學科博士點，16個一級學科碩士學位授權點，60個二級學科碩士學位授權點，12個專業學位授權類別，48個本科專業。擁有12個省部級重點研究基地。現有1個國家重點（培育）學科，1個上海市高峰學科，2個上海市高原學科，9個部市級重點學科，工程學科進入ESI全球前1%,港航物流學科保持全球領先。5個國家級特色專業，1個國家級綜合改革試點專業，6個教育部卓越工程師教育培養計劃專業，17個上海市本科教育高地。現有2個國家級實驗教學示範中心，2個國家級虛擬仿真實驗教學示範中心，5個國家級實踐教學示範中心，1個全國示範性工程專業學位研究生聯合培養基地。設有水上訓練中心，擁有萬噸級集裝箱教學實習船“育鋒”輪，4.8萬噸散貨教學實習船“育明”輪。

在2004年教育部本科教學工作水平評估和2006年教育部英語專業教學評估中獲得優秀。2018年，年度科技總經費達到3.7億元，獲一批國家級科研項目及部市級以上科技進步獎。

實行校院二級管理體制，現設有商船學院、交通運輸學院、經濟管理學院（設亞洲郵輪學院）、物流工程學院（設中荷機電工程學院）、法學院、信息工程學院、外國語學院、海洋科學與工程學院、文理學院（設馬克思主義學院）、徐悲鴻藝術學院、物流科學與工程研究院、上海高級國際航運學院等二級辦學部門。在24000餘名學生中，有本科生16500餘人，各類在校研究生近5000人，留學生近700名。在1200餘名專任教師中，有教授160餘名，具有博士學位的教師比例約63%。學校致力於培養國家航運業所需要的各級各類專門人才，已向全國港航企事業單位及政府部門輸送了畢業生逾16萬，被譽為“高級航運人才的搖籃”。

學校2013年成立中國（上海）自貿區供應鏈研究院和上海高級國際航運學院。中國（上海）自貿區供應鏈研究院將自貿區建設與供應鏈研究有機結合，以提升自貿區產業鏈建設水平，促進自貿區貨物貿易向服務貿易的轉型發展，同時推動政府監管職能的轉變。上海高級國際航運學院採取國際上先進的商學院運作模式，與全球優秀教育機構資源共享，著力打造國內領先、國際知名的航運金融教育品牌，構築具有影響力的航運高端人才輸出基地。

2008年，上海市教育委員會、上海市城鄉建設和交通委員會、上海海事大學、虹口區人民政府等20多家單位共同發起成立上海國際航運研究中心。中心掛靠上海海事大學，是國際航運業發展的研究和諮詢機構，為政府和國內外企業與航運機構等提供決策諮詢和信息服務，是上海市教委首批建立的“高校知識服務平臺”之一。 2014年，市教委將該平臺掛牌為“上海市協同創新中心”。

學校與境外100餘所姐妹院校建立了校際交流與合作關係，開展教師交流、合作辦學、合作科研、學生交換等。與聯合國國際海事組織、波羅的海國際航運公會、挪威船級社等國際知名航運組織/機構建立了密切聯繫。自2010年起開設“國際班”，邀請美國、韓國、波蘭、俄羅斯、德國等國家航海院校的學生來校學習“航海技術”“航運管理”等專業。2011年，經教育部批准，學校與加納中西非地區海事大學合作舉辦“物流管理”本科教育項目，並開始在非洲招生，這是上海市地方高校第一個頒發中國高校本科文憑的海外辦學項目。2012年，學校獲教育部批准正式成為“接受中國政府獎學金來華留學生院校”。