南通所轄千年古縣共三座，兩座設於東晉，現均為縣級市
南通市，位於江蘇省東南部、長江入海口北翼，與上海市隔江相望，是江蘇唯一沿海沿江的城市，現為江蘇省地級市。南通曆史悠久，古稱“通州”“靜海”，五代後周時設始設靜海軍，後因是“據江海之會、扼南北之喉”之地並因此而得名“通州”。南通在我國近代史上有重要地位，有“中國近代第一城”之稱，是國家歷史文化名城。
民國初，南通因與北通州同名而改稱南通，現在南通為江蘇地級市，轄3區5縣（含代管縣級市4座），這五個縣中如皋、海安、海門等三座縣級市為千年古縣，其中如皋、海安更是設縣於東晉，早於南通設建制五百多年。
如皋市，位於長江三角洲北翼、南通市西部，為江蘇省縣級市，由地級南通市代管，與蘇州市隔江相望，是我國著名的“長壽之鄉”。如皋歷史悠久，《左傳》留名，東晉設縣，是南通市境最早的縣份之一，為江蘇歷史文化名城。
如皋古屬揚州，古稱雉水，漢時為海陵縣（今泰州）地，東晉時置如皋縣，屬廣陵郡，有一千六百多年的建縣史。如皋縣隋時併入寧海縣（今海安市），南唐時復置後沿襲至今。宋、元、明及清初，如皋均隸屬於泰州，清雍正之後改屬通州。如皋建國初屬泰州專區，1950年改屬南通專區後先後為南通專區、南通地區、地級南通市轄縣，1991年升格為縣級如皋市。
海安市，位於江蘇省中南部、南通西北部，瀕臨黃海，南望長江，是江蘇省縣級市，由南通市代管。海安縣是南通最早成陸的地區之一，為江海文化的起源地，歷史悠久、文化燦爛，古稱寧海，現名海安，均寓“海水永不揚波”之意。
海安市古為揚州地域，古稱海陽，漢屬海陵，東晉置寧海縣，此為海安建制之始。南北朝時曾析寧海設海安縣，後又併入寧海，唐初寧海併入海陵縣，唐中期於此曾短暫設海安縣，此後千年未設縣且今市域隸屬多變。1943年，新四軍於此設紫石縣，1948年改稱海安縣，2018年升格為縣級海安市。
海門市，位於江蘇省東南部、長江三角洲北翼，是江蘇縣級市，由南通市代管。海門地處萬里長江入海口，古為大大小小的沙洲，後逐漸成陸，五代後周時設縣，為千年古縣，有“江海門戶”之稱，與上海隔江相望，被譽為“北上海”。
海門市域成陸較晚，古為沙洲到唐末逐漸連成片成陸且人口漸多，後周顯德五年（958年）於東洲鎮設海門縣。海門濱江臨海且由沙洲成陸，屢遭風潮災害且深受長江泓道影響導致縣境漲坍無常，到明朝中期大片土地坍沒而縣廢。清朝時期，海門市境又大片成陸設海門直隸廳，直屬於江蘇省，民國初廢廳設海門縣。1914年，江蘇全省設五道，海門隸屬於滬海道。
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