天正十年五月二十八、二十九日，明智光秀參拜了愛宕（dàng）神社，在與文人雅士舉辦的和歌會上，發表了內容耐人尋味的和歌“今日時節，細雨紛飛五月天”（原文“時は今、雨が下しる、五月哉”）。由於在日文中，“時”的發音（toki）近似明智家的祖名“土歧”，“雨が下しる”一句也可解讀為“拿下天下”雙關語，故後世對明智光秀這首和歌的言外之意有諸多揣測。
天正十年五月二十九日織田信長為了支援羽柴秀吉，帶領了百餘人的年輕侍衛從安土城出發，進駐京都的本能寺，計劃在此處集結部隊。同時，嫡子織田信忠駐紮在妙覺寺。
錦繪本能寺燒討之圖
天正十年六月一日，信長在本能寺舉行茶會。
當天下午，明智光秀率領13,000餘士兵從丹波龜山城出發，號稱“接受信長公的檢閱”，向京都移動。
次日凌晨，在橫渡桂川的時候，明智光秀向全軍大喊“敵人就在本能寺！”（原文“敵は本能寺にあり！”），起兵謀反並討伐信長。
翌日早晨，明智軍完全包圍了本能寺。在廣為流傳的傳說中，聽到兵器聲響的信長，一開始以為是衛兵武士的醉酒吵鬧，結果近侍森蘭丸打探報告：“好像是惟任日向守（明智光秀）大人發動了叛亂！”信長遠望見敵軍打出水色桔梗家紋的旗幟，冷冷說道：“沒有辦法。”（原文：“是非も無し”，另有一解釋認為是指“現在不是深究原因的時候”），便喚侍從取長槍出外迎敵。然而敵軍人多勢眾，信長也在亂軍中負傷，侍衛忙喚信長逃脫。信長以大勢不妙為由，不肯離去，於是回到殿內自盡（死法不明，因是武士，通說切腹）。
“真書太閣記本能寺燒討之圖”明治26年(1893)
當時身在距本能寺約200米教堂內的傳教士路易斯·弗洛伊斯也曾記錄下目擊信長從側門親自以弓箭射殺明智士兵、指揮小姓持槍拒敵與負傷後退入寺中的過程，不過由於在本能寺被襲擊的信長一行人幾乎沒有生還者，因此一些流傳甚廣的細節的真偽實際上難以求證。
根據信長家臣太田牛一著作的《信長公記》，混戰時寺內發生火災，而本能寺地下儲存的大量火藥（本能寺僧侶在赴種子島傳教時接觸了來自歐洲的鐵炮，之後成為日本戰國時代鐵炮推廣的重心之一，故設有存放火藥的倉庫）更進一步助長了火勢，信長的屍體隨灰燼下落不明。
錦繪本能寺森蘭丸討死之圖
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