朱棣經過艱苦卓絕的奮鬥，終於當上了皇帝。但他要坐穩這個位子，還有很多的事情要做。
朱棣首先找到的是方孝孺，他知道方孝孺名滿天下，而且道衍早在他攻下京城之前就對他說過：殿下攻下京城後，方孝孺一定不會投降，但你一定不能殺他！如果殺了他，天下的讀書種子就會絕了！有了道衍的警告，朱棣自然不敢怠慢，他希望方孝孺能夠為他起草詔書，其實所謂起草詔書找其他人也可以，但如果是方孝孺親自寫的，能夠起到安撫天下人心等更好的作用。所以這份詔書非要方孝孺寫不可。方孝孺應召而來，並不是給他寫詔書的，而是來和他辯論的，或者說是來罵他的。
方孝孺哭著進了大殿，不理朱棣，也不行禮，朱棣十分尷尬，勸說道：“先生不要這樣了，我不過是仿照周公輔政而已啊。”這句話激起了方孝孺的憤怒，他應聲問道：“成王在哪裡？！”“自焚死了。”“成王的兒子呢？！”“國家要年長的君主。”“那成王的弟弟呢？！”“這是我的家事。”朱棣不想再和他廢話了，開始逼著方孝孺寫，方孝孺寫下“燕賊篡位”四字。“你不寫，不怕我滅你九族嗎？！”“誅我十族又如何！”朱棣這個人，面對他敵人的時候，從來就沒有仁慈這一說的。方孝孺的最終結局是：凌遲，滅十族。歷史上從來只有九族，朱棣為了湊數，在屠殺的目錄中加入了方孝孺的朋友和學生。由於下面的內容過於血腥殘暴，我將盡量用簡短文言表達，心理承受能力差者可以免觀。鐵鉉，割耳鼻後煮熟，塞入其本人口中，朱棣問：“甘否？”鐵鉉答：“忠臣孝子之肉，有何不甘！”凌遲，殺其子。黃子澄，凌遲，滅三族。齊秦，凌遲，滅三族。練子寧，凌遲，滅族。卓敬，凌遲，滅族。陳迪，凌遲，殺其子。此外，鐵鉉妻、女，方孝孺女，齊泰妻，黃子澄妹沒入教坊司為妓女。
很多人都據此判斷朱棣是一個殺人狂魔，其心狠毒一點不亞於朱元璋，這樣的人按理說應該成為一個暴君，老百姓似乎要倒大黴了。但從後來的歷史來看，朱棣對老百姓還是很不錯的，比楊廣和秦始皇要好很多。
為了證明自己是合法的皇帝，而不是大逆不道的反賊，他使用了兩個方法：第一、他頒佈了一道命令，下令凡是建文帝時代執行的各項規章制度與朱元璋的成例有不同的，全部廢除，以老祖宗成法為準，這倒不是因為朱元璋的成法好用。只是朱棣要想獲得眾人的承認，必須再借用一下死去老爹的威名，表明自己才是真正領悟太祖治國精神的人。第二、他命令屬下重新修訂《太祖實錄》，然後大量篡改實錄，如朱元璋生前曾反覆訓斥朱標和朱允炆，總是一副恨鐵不成鋼的樣子，而對朱棣卻總是讚賞有加，一看到朱棣就滿面笑容，十分高興。甚至在他死前，還反覆詢問朱棣的下落，並有意把皇位傳給朱棣。但是由於奸詐的朱允炆等人的陰謀行為，合法的繼承人朱棣並沒有接到朱元璋的這一指示。於是，本該屬於朱棣的皇位被無恥的剝奪了。這些內容讀來不禁讓人在極度痛恨朱允炆等奸邪小人之餘，對朱棣終於能夠奪得本就屬於自己的皇位感到欣慰，並感嘆正義終究取得了勝利，好人是有好報的。當然，朱棣做的這兩件事情都沒成功，他沒有能夠欺騙自己，也沒有騙到後來的人。但自欺欺人也好，自我安慰也好，畢竟皇位才是最現實的。
建文帝時期，朱棣是藩王，建文帝要削藩，朱棣反對削藩，最後造反，現在朱棣是皇帝了，他也要削藩，那些倖存下來的藩王自然也會反對，但與之前不同的是，他們已經無力造反了。最先被“安置”的是寧王，他被迫跟隨朱棣“靖難”，為了換得他的全心支持，朱棣照例也開給了他一張空白支票“事成中分天下”。靖難成功之後，他就把這句話拋在了腦後。寧王朱權也是個明白人，他知道所謂中分天下的諾言絕無兌現的可能，中分他的腦袋倒是很有可能的，於是他很務實的向朱棣提出，北方我不想去了，也不想掌握兵權，希望你能夠把我封到蘇州，過兩天舒服日子。朱棣的回答是不行。那就去錢塘一帶吧，那裡也不錯。還是不行，朱棣再次向他承諾：除了這兩個地方，全國任你挑！寧王朱權苦笑道：“還敢再挑麼，你看著辦吧。”於是，朱權被封到了南昌，這是朱棣為他精心挑選的地方。而被強行發配的朱權的心情想來是不會愉快的，一向爭強好勝的他居然被人狠狠地魚肉了一番，他是絕不會心服的，這種情緒就如同一顆毒芽，在他的心中不斷生長，並傳給了他的子孫，一直到後來王守仁與後來的寧王朱宸濠大打出手。
永樂四年（1406）五月，削去齊王爵位和官屬，八月，廢其為庶人。永樂六年（1408），削去岷王官屬及護衛。永樂十年（1412），削去遼王官屬及護衛。永樂十九年（1421），削去周王護衛。於是，建文帝沒有解決的問題終於由他的叔叔朱棣代為解決了。削藩這件建文帝時期第一大事居然是由藩王朱棣最終辦成的，這真是一個極大的諷刺。
公元1402年六月十三日，李景隆打開金川門，做了無恥的叛徒，放北軍入城，而朱棣卻不馬上攻擊內城，他的目的是等待建文帝自己自殺或者投降，他似乎認為建文帝除了這兩條路外，沒有別的選擇。然而建文帝註定是要和他一生作對的。他選擇了第三條路。當紮營於龍江驛的朱棣發現宮城起火時，他十分慌亂，立刻命令士兵進城，救火倒是其次，最重要的是要找一樣東西——建文帝，活的死的都行，活要見人！死要見屍！
朱棣十分清楚這件事的利害關係，即使建文帝死了，大不了背一個逼死主君罪名，自己的罵名夠多了，不差這一個。活著的話關起來就是了，也不怕他飛上天去。但最可怕的事情就是失蹤，皇帝不見了那可就麻煩了。朱允炆畢竟是合法的皇帝，而自己不過是佔據了京城而已，全國大部分地方還是效忠於他的，萬一他要是溜了出去，找一個地方號召大臣勤王，帶兵攻打自己，到時候勝負還真是未知之數。可是怕什麼來什麼，經過清查，真的沒有找到朱允炆的屍體！朱棣急得像熱鍋上螞蟻，命令士兵加緊排查，仍然一無所獲。這個人又是不能公開尋找的。總不能直接給大臣講，建文帝不見了，大家趕緊去找，找到了重重有賞吧。為解決這個問題，朱棣想出了一個絕佳的計劃，這個計劃分兩個部分：首先，向外界宣佈，建文帝已經於宮內自焚，並找到了屍體，那意思就是所有建文帝的忠臣們，你們就死了這條心吧。其次，派人暗中查訪建文帝的下落，具體的查訪工作由兩個人去做，這兩個人尋訪的路線也不同，分別是本土和海外。這兩個人的名字，一個叫胡濙，另一個叫鄭和。
胡濙開始忠實地履行他的職責，他“遍行天下州郡鄉邑，隱查建文帝安在”，這期間連自己的母親死去，他也沒有回家探望，而是繼續著自己的工作，探尋這個祕密已經成為了他人生的一個重要組成部分。他的努力並沒有白費，最終，他找到了答案，在十六年之後。
朱棣在位期間，也做了很多的大事，雖然後來人都認為這個人心狠手辣，甚至有點心理變態，但又不得不承認他於歷史還是做了很多有價值的事。第一件事是修書，“我要修一部古往今來最齊備，最完美、最優秀的書，要讓千年之後的人們知道我們這個時代的光輝和榮耀！”他確實做到了，他修成了一部光耀史冊，流芳千古的偉大書籍——永樂大典。永樂大典的主編者，是明代第一才子解縉。此書收錄上自先秦，下迄明初各種書籍七、八千餘種，共計一萬一千零九十五冊，二萬二千八百七十七卷，三億七千萬字。全部由人手一個字一個字地抄寫而成。它的內容包括經史子集、天文、地理、陰陽、醫術、占卜、釋藏、道經、戲劇、工藝、農藝，涵蓋了中華民族數千年來的知識財富，它絕不僅僅是一部書，而是一座中華文明史上的金字塔。更為難得的是，以解縉為首的明代知識分子們以廣博的胸懷和兼容幷包的思想，採集了幾乎所有珍貴的文化資料，為我們留下了一筆巨大的財富。朱棣的夢想終於實現了，他鄭重的為這部偉大的鉅作命名——《永樂大典》。
朱棣所做的另一件影響深遠的事情就是遷都，而遷都這種事情無論在哪個朝代都是一件大事。朱棣的這次遷都無疑是對後世影響最大的一次。今天的北京擁有上千萬人口，無數的高樓大廈，是我們國家的首都，也是世界上最繁華的城市之一，而這一切的起點就源自於朱棣的一個決定。
永樂九年（公元1411年），朱棣命令工部尚書宋禮治理會通河，以保證河道的暢通，宋禮是一個很有能力的水利專家，他完成了任務，此後漕運總督陳瑄進一步疏通了河道，從此南北漕運暢通無阻，所謂“南極江口，北盡大通橋，運道三千餘里”，糧食問題最終得到了解決。而遷都的其他工作也一直在緊張地進行之中，中央各部門的辦公單位早在永樂七年（1409）就已經修好，而京城的建設工作於永樂十五年開始，一直進行了三十餘年才結束。眼見機會成熟，朱棣於永樂十九年（公元1421年）正式下令：遷都！
原先的京師改名為南京，北京作為明帝國新的都城被確定下來，從此北京這個城市正式成為了明朝首都，並一直延續了二百餘年，但它的歷史卻並未隨著明朝的滅亡而結束，相反，它一直富有生氣的存在和發展著，並最終成為世界上最有影響力的城市之一。
朱棣在建設北京時，是有著相當的現代意識的，他十分注意城市的整體規劃，分別修建了數條主線和支線，把北京市區規劃成形狀整齊的方塊，並制定了嚴厲的規定，禁止亂搭亂蓋，還鋪設了完整的下水道系統。
而現在我們看到的故宮和天壇等北京著名建築，都是朱棣時代打下的基礎（此後清朝曾經整修過）。特別值得一提的是故宮，它佔地十七萬平方米，徵用無數勞力，用了二十年完成，它原先只是供皇帝居住的地方，老百姓絕對與之無緣，也沒有買票參觀這一說，但這並不能影響它在歷史上的地位。現在故宮已作為中華民族的歷史瑰寶成為我們每個中國人的驕傲。無可否認，這正是朱棣的功績，不能也無法抹煞。值得一提的是，當年的遷都決不是一帆風順，眾人響應的，實際上，根本沒有幾個人贊成朱棣的這一決策。“你們都不要再說了，遷都是我做的決定，一定要遷，我說了算，就這麼辦了！”朱棣遷都的行為招致了當時眾人的反對，很多人也斷言此舉必不可行，但十九年後站在北京城頭遙望遠方的于謙應該不會這樣想。歷史才是事物發展最終的判斷者，在不久之後，它將毫無疑問地告訴每一個人：朱棣的抉擇是正確的。
接下來朱棣做的這件事就家喻戶曉了，就是派鄭和下西洋，朱棣安排鄭和出海是有著深層次目的的，除了尋找建文帝外，鄭和還肩負著威服四海，胸懷遠人的使命，這大致也可以算是中國歷史上的老傳統，但凡強盛的朝代，必定會有這樣的一些舉動，如漢朝時候貫通東西的絲綢之路，唐朝時眾多發展中國家及不發達國家留學生來到我國學習先進的科學文化技術，都是這一傳統的表現。中國強盛，萬國景仰，這大概就是歷來皇帝們最大的夢想。他歷經坎坷，九死一生，終於實現了這一中國歷史乃至世界歷史上偉大的壯舉，他率領龐大船隊七下西洋，促進了明朝和東南亞、印度、非洲等國的和平交流，並向他們展示了一個強大、開明的國家的真實面貌。雖然他的個人生活是不幸的，也沒有能夠享受到夫妻之情和天倫之樂。但他卻用自己的行動為我們留下了一段傳奇，一段中國人的海上傳奇。
在靖難之戰後七年，朱棣再次披上了盔甲，拿起了戰刀，準備走上戰場去擊敗他的敵人蒙古人，與之前的那次戰爭之不同的是，上一次他是皇子，這一次他是皇帝，上一次是為了皇位，這一次是為了國家。八年未經戰陣的朱棣終於回到了戰場，一切似乎都是那麼的熟悉，在他看來，江南水鄉的秀麗和寧靜遠遠比不上北方草原的遼闊與豪邁。絲竹之音、輕柔吳語對他沒有多少吸引力，萬馬嘶鳴、號角嘹亮才是他的最愛！這就是朱棣，一個沉迷於戰場搏殺，陶醉於金戈鐵馬的朱棣，一個真正而徹底的戰士。朱棣率領著他的大軍不斷向北方挺進，當軍隊經過大伯顏山時，朱棣縱馬登上山頂，遠望大漠，唯見萬里黃沙，極盡蕭條，二十年前，他曾經遠征經過此地，那一年他三十歲，這裡還有很多人家，是繁華之地，如今卻變成了一片荒漠。朱棣感嘆良多，對身邊的大臣說道：“元興盛之時，這裡都是民居之地啊。”戰勝敵人後，朱棣正在馬上俯視著這片剛剛經過大戰的土地，大風吹拂著一望無際的草原，斡難河水在陽光的照耀下，映出迷人的光彩，剛發生的那場惡戰似乎與這片美麗的土地毫無關係。勝利喜悅已經消退的朱棣突然想起了什麼，他沉思了一會，對身邊的侍衛感嘆道：“這裡是斡難河，是成吉思汗興起的地方啊。”
兩百年前，就在斡難河畔，鐵木真統一了蒙古部落，成為了偉大的成吉思汗，朮赤、窩闊臺、拖雷、哲別等後來威震歐亞大陸的名將們環繞在他的周圍，宣誓向他效忠。之後他們各自出徵，將自己的寶劍指向了世界的各個角落，並最終建立了橫跨歐亞的蒙古帝國。轉眼之間，兩百年過去了，草原上的大風仍舊呼嘯，斡難河水依然流淌，但那雄偉的帝國早已不見了蹤影，而就在不久之前，偉大的成吉思汗的子孫在這裡被打得落荒而逃。一切都過去了，只有那遼闊的草原和奔流的河水似乎在向後人敘說著這裡當年的盛況。百年皇圖霸業，過眼煙雲耳！