洪武元年(1368)，朱元璋於南京稱帝，國號大明，年號洪武。
太子病故 孫子繼位
洪武二十四年(1391)，朱元璋意欲遷都西安，遂派太子朱標巡視關中。然而，世事難料，朱標自秦中視察返京後不久患病，第二年就病逝了。
太子朱標壯年而逝，白髮人送黑髮人，年近七十的朱元璋受到沉重的打擊，再也沒有精力和心情考慮遷都的事情。
朱元璋對朱標寄予厚望，從朱標出生的那一刻起，朱元璋就把他當做繼承人來培養，為他聘請了宋濂等名士當他的老師。為了這個兒子將來能繼承大統，朱元璋著實費了一番功夫。長大後的朱標也著實有仁主風範，《明史》裡這樣評價朱標，“太子為人友愛“，“其仁慈天性然也”。
朱元璋一生共有26個兒子，朱標死後，只剩下鎮守北平的燕王朱棣最有可能。
朱棣是朱元璋的第四個兒子，元至正二十年(1360年)四月十七日出生於應天府(今南京)。朱棣出生時，朱元璋與陳友諒正打得不可開交，沒有時間給兒子起名字的。
到了至正二十七年(1367年)，朱元璋大局已定，就要準備登基當皇帝了，就決定要給7個兒子取名字了。他祭告太廟：仰承先德，自舉兵以來，渡江生子七人。今長子命名曰標，……曰棣……。這時朱棣已經7週歲了，朱棣10歲，受封燕王。
太子死後，朱元璋選擇了自己的孫子，朱標的次子朱允炆來繼承皇位。朱允炆因生性"穎慧好學，性至孝"，而深得朱元璋的喜愛，稱讚他:"而誠純孝，顧不忘我乎。"
不過，對於這位"仁柔少斷"的皇太孫將來繼任帝位，朱元璋並不放心。
洪武三十一年(1398)朱元璋病故，皇太孫朱允炆即位為帝。儘管有朱元璋的遺詔，不許諸王"入臨、會葬"，但燕王朱棣仍直奔京城建康(南京)，朱允炆聞訊後，立刻派人持敕，令朱棣返回燕京(北京)，對此朱棣十分不悅。
建文削藩
朱元璋為禦侮防患，在位期間曾兩次分封諸子為藩王。藩王各擁重兵，坐鎮一方，其中尤以秦、晉、燕、寧諸王勢力最強。太子朱標病故後，朱元璋對皇太孫的朱允炆對諸王勢大難制深感憂慮。
朱棣20歲就開始就藩燕京北平，之後多次受命參與北方軍事活動，兩次率師北征，屢立戰功，在北方軍隊中的頗具影響。
朱元璋晚年，功臣宿將被誅殺殆盡，北方軍事均以諸王主之。長子太子朱標、次子秦王朱樉、三子晉王朱楓先後去世，朱四子朱棣不僅在軍事實力上，而且在家族尊序上都成為諸王之首。
而燕王朱棣與周王朱橚及齊、代諸王均擁兵自重，多行不法，朝廷孤危。
朱允炆即位後，即與與兵部尚書齊泰、太常卿黃子澄等密議削藩。在削藩順序上，先找有問題的親王下手，先後廢除了五位親王。
因周王朱橚是燕王同母兄弟，朱允炆怕他與燕王沆瀣一氣，於是決定先廢周王。洪武三十一年(1398年)七月，建文帝削周王朱橚。將周王全家押回南京，廢為庶人，遷往雲南蒙化。
次年四月，削齊、湘、代三位親王，廢為庶人。湘王朱柏不堪受辱舉家自焚。
由於朝廷削藩激化矛盾，藩王與朝廷開始決裂，此時實力最強的燕王就成了真正的眾藩之首。而朱允炆與朱棣之間的博弈亦逐漸激化。
靖難之役
為圖朱棣，朱允炆令張昺為北平布政使，謝貴、張信掌北平都指揮使司，以謝貴控制北平(今北京)，另以都督宋忠、徐凱、耿瓛屯兵開平、臨清、山海關一帶，並調檢燕府護衛軍士，加強防燕措施。
建文元年六月，齊泰密敕張信逮捕朱棣。張信是朱棣的舊部，他投降向了朱棣並把消息告訴了朱棣。七月，朱棣以計擒殺張昺、謝貴，乘夜攻奪北平九門，佔據了北平。然後以尊祖訓、誅“奸臣”齊泰、黃子澄，為國“靖難”為名，誓師出征。
所謂“靖難”來自於朱元璋的一條成法。朱元璋當國時，恐權臣篡權，規定藩王有移文中央索取奸臣和舉兵清君側的權利，他在《皇明祖訓》 中說:"朝無正臣，內有奸逆，必舉兵誅討，以清君側。"朱棣以此為理由，指齊泰、黃子澄為奸臣，須加誅討。故而靖難之役中朱棣的口號是"清君側，靖國難"。這其中，"靖難"的意思:"靖"指平息，掃平，清除。"靖難"代表平定禍亂，平息戰亂，掃平奸臣的意思。
不過太祖的成法裡面還有一條就是皇帝先召喚藩王，藩王才能起兵，且成功剷除奸臣後要五日之內離京。所以這不過是朱棣想要奪取皇位的一個藉口而已。
朱棣初起兵時，燕軍只據北平一隅之地，勢小力弱，朝廷則在各方面都佔壓倒性優勢。所以戰爭初期，朝廷擬以優勢兵力，分進合擊，將燕軍圍殲於北平。但北方諸將多朱棣舊部，降朱棣從戰者甚多。且朱棣軍事才能了得，逐步佔據了主動。
至建文四年(1402年)六月十三，燕軍抵達金陵。守衛金川門的朱橞和李景隆望見朱棣麾蓋，開門迎降。歷時四年的"靖難之役"以燕王朱棣的勝利而告終。
朱棣登基
明成祖朱棣
燕王進入京城，文武百官紛紛跪迎道旁，在群臣的擁戴下即皇帝位，是為明成祖，年號永樂。朱棣繼位，但不是繼承朱允炆的帝位，而是繼承明太祖朱元璋的帝位，他廢除了建文年號，改稱建文四年為洪武三十五年。
燕王進京後，因宮中起火，建文帝則下落不明。有的說建文帝於宮中自焚而死，有的說建文帝由地道出逃，落髮為僧，雲遊天下。又有說建文帝逃至東南亞，鄭和下西洋的其中一個目的就是尋找建文帝。建文帝的真正下落已不可確考，成為明史上的一大懸案。（非常歷史 老農）