1503年(明弘治十六年),仁蚌巴家族的權力人物頓月多吉在拉薩附近的薩納瑪地方為噶瑪噶舉派興建了規模很大的圖丹曲科爾寺,以此來壓倒黃教的色拉寺、哲蚌寺、甘丹寺三大寺廟。格魯派失去了靠山,在仁蚌巴家族和噶瑪噶舉派的打壓下舉步維艱,只能在暗地裡對他們進行詛咒也許是詛咒應驗,仁蚌巴家族很快遭到了"報應"。靠架空主家得勢的仁蚌巴家族又被自己的屬臣辛廈巴家族捅了一"刀"。
1563年(明嘉靖四十二年)辛廈巴家族的首領才旦多吉對仁蚌巴家族發動叛亂,並屢屢戰勝仁蚌巴家族的軍隊。到1565年(明嘉靖四十四年),才旦多吉利用仁蚌巴屬民的不滿,激起屬民起義,推翻了仁蚌巴家族在日喀則的統治,並將屬地擴大到西藏其他地區。格魯派的大敵仁蚌巴家族倒臺了。可前門走了狼,後門來了虎,辛廈巴家族比仁蚌巴家族更推崇噶瑪噶舉派。格魯派的危機不但沒有減輕,反而日益加深了。
也許是佛祖確實"眷顧"格魯派,正當他們對自己的將來深感憂慮時,蒙古土默特的阿勒坦汗開始頻送秋波。阿勒坦汗雖然將自己的部落經營得無比強大,連蒙古大汗都對其退避三舍,但因為只是旁支而無法獲得成為全蒙古大汗的合法性。在得知黃教的轉世說可以幫助自己達成心願後,立即表現出極大的皈依熱情。經過多次聯絡,1578年(明萬曆六年)五月十五日,阿勒坦汗與格魯派領袖索南嘉措在察卜恰勒廟會晤,舉行了有蒙古、藏等各族人眾多達10萬人參加的法會。
在會上,阿勒坦汗與索南嘉措互贈封號,索南嘉措尊阿勒坦汗為"轉千金輪咱克喇瓦爾第徹辰汗",這與當年八思巴贈與忽必烈的尊號相同(意即睿智賢明的轉輪王)。而阿勒坦汗也賜予索南嘉措"聖識一切瓦齊爾達賴喇嘛"稱號(意即法海無邊偉大的上師)。這便是黃教最高教主稱謂"達賴喇嘛"的由來,索南嘉措活佛往上追認兩世,自稱"三世達賴喇嘛"。
隨著這次會晤,黃教開始傳入蒙古各部,短短10餘年,便在蒙古各大勢力中生根發芽,成為最主要的教。而黃教也有了蒙古強大的軍事實力作為保障。阿勒坦汗便是黃教的第一個"持教法王"。1602年(明萬曆十年),既是阿勒坦汗之曾孫,又被指認為四世達賴喇嘛的雲丹嘉措在數千名盔名甲亮的蒙古騎兵的護送下進入西藏舉行坐床典禮的時候,可以想見噶瑪噶舉派的怨毒與無奈。但土默特部的強盛在阿勒坦汗去世之後很快就成了昔日黃花,持教法王的力量削弱,直接使得黃教再次陷入了危機。1605年(明萬曆三十三年),辛廈巴家族的軍隊佔據了拉薩北部的彭域,1610年(明萬曆三十八年)又切斷了前藏格魯派的勢力同山南帕竹政權的聯繫。到1611年,辛廈巴家族已經完全控制了後藏地區。
1616(明萬曆四十四年)年,年僅28歲的四世達賴喇嘛雲丹嘉措圓寂。如此年輕便離世而去,人們都在傳言,是辛廈巴家族的首領彭措南傑對他實行了暗殺。1618年(明萬曆四十六年),彭措南傑正式建立了噶瑪政權,設首城於日喀則,尊號為"第悉藏巴",意為"後藏上部之王",漢文史料翻譯為"藏巴汗"。原本就對黃教極為嫉恨的藏巴汗在獲得了正式統治權之後,立即下令中斷達賴喇嘛的轉世教主危機,不但西藏的黃教僧侶和信徒們憂心如焚,更讓信奉黃教的蒙古各部不能容忍。在禁令頒佈的同年,喀爾喀部確科爾兄弟率軍入藏,欲圖迫使藏巴汗解除禁令,被藏巴汗擊敗。
1619年(明萬曆四十七年),在青海駐牧的右冀土默特部首領拉尊和古茹率兵入藏,擊敗藏巴汗,禁止四世達賴靈童轉世的禁令才作廢。但拉尊和古茹也無法在西藏站住腳,很快撤回青海。不但如此,1632年(明崇禎五年、後金天聰六年),因為信奉紅教而被信奉黃教的外喀爾喀三部汗王排擠出漠北的綽克圖洪臺吉遠征青海,擊敗土默特諸首領控制了青海全境,自號"卻圖汗"。再加上統治康區的白利士司頓月多爾濟是一位虔誠的苯教教徒,對格魯派極為仇視。黃教的四周已經沒有可以依靠的武裝力量了。
1634年(明崇禎七年、後金天聰八年),隨著蒙古共主,信奉紅教的林丹汗被後金天聰汗皇太極擊敗,西撤至青海、甘肅邊境,為了重整旗鼓,林丹汗與綽克圖洪臺吉、第二任藏巴汗丹津旺布、白利土司結成了"反黃教聯盟"。危機迫在眉睫,黃教已經命懸一線。
土默特部作為持教法王,明顯已經不可依靠。黃教的五世達賴喇嘛環顧四周,將目光落在了西藏北面的天山草原,寄希望於在那裡遊牧的衛拉特蒙古。1635年(明崇禎八年、後金天聰九年),在五世達賴和扎什倫布寺法臺羅桑卻吉堅讚的授意下,郭隆寺僧人纖尼、納切化裝成其他教派僧人,作為密使攜帶密信前往衛拉特,將密信親手交給了四部衛拉特的盟主一一和碩特部汗王固實汗,希望他承擔起新一代持教法王的重任,拯救黃教。如命中註定一般,和碩特部要接替土默特部成為黃教的守護者，成為新一代持教法王。
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