據說，瞿曇寺創始人三羅喇嘛選擇這塊聖地時，羅漢山松柏參天，瞿曇河畔楊柳蔭濃，一泓清泉流於石山，水光接天，明徹半壁。三羅面對靈地，歇杖憩息。臨行時忘攜禪杖，回去取時，禪杖已在泉邊紮根生長，後來就成為象徵高貴的珍珠樹。寺的正門叫山門，寬三間，面積150平方米。在前院左右兩側分佈著兩座御碑亭，藏語叫“四門碑亭”。院西側還建有金剛殿，他是前、中院的分界和過道，十分幽雅。
瞿曇的意思是釋迦牟尼的族姓，釋迦牟尼原名喬達摩·悉達多，是佛教創始人。瞿曇寺始建於1393年，距今已有600多年的歷史了，是我國西北地區迄今為止保存的最完整的一組明代建築群，自建寺以來，得到明王朝歷代皇帝的高度重視，明13代皇帝中就有7位皇帝為瞿曇寺下達敕諭，頒給金、銀、象牙圖章及封西天佛子大國師等。
瞿曇寺風景幽雅，山水宜人，寺院依山傍水，總體佈局為一長方形。西寧的友友們可以利用十一中秋小長假去瞿曇寺一遊。